以上數(shù)據(jù)提示，miR-934異常高表達(dá)與結(jié)直腸***進(jìn)展及肝轉(zhuǎn)移***相關(guān)。生存分析顯示，與miR-934表達(dá)較低的患者相比，miR-934表達(dá)較高的患者總生存期(OS)和無(wú)病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達(dá)與CRLM進(jìn)展和預(yù)后不良呈正相關(guān)。
2、miR-934存在于CRC細(xì)胞衍生的外泌體中
miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達(dá)***高于其它細(xì)胞（Fig.2a）。隨后，研究發(fā)現(xiàn)HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達(dá)***高于細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達(dá)不隨RNaseA的處理而改變，而隨RNaseA+TritonX-100的處理***下降（Fig.2d），這表明細(xì)胞外的miR-934被膜包裹，而不是直接分泌。因此，推測(cè)miR-934可能是被外泌體傳輸。電鏡和納米顆粒追蹤分析表明，miR-934表達(dá)水平較高的CRC細(xì)胞分泌的外泌體比miR-934表達(dá)水平較低的CRC細(xì)胞分泌的外泌體更多（Fig.2e,f）。各組外泌體標(biāo)志物CD9，ALIX，TSG101均被WB檢測(cè)到（Fig.2g）。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。線粒體
接著作者為了進(jìn)一步證明YTHDC2與LUAD的關(guān)系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到Y(jié)THDC2 mRNA和蛋白的***下調(diào)(圖1E-G)，組織芯片檢測(cè)(TMA)評(píng)估cohort #1中YTHDC2的表達(dá)，結(jié)果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達(dá)下調(diào)(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達(dá)下調(diào)與更大的**直徑和更晚期的分期相關(guān)(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進(jìn)LUAD的**進(jìn)展。
2.過(guò)表達(dá)YTHDC2抑制細(xì)胞活力和**發(fā)生
為了探索YTHDC2在體內(nèi)的m6A解讀器功能，作者構(gòu)建AAV5表達(dá)系統(tǒng)(KPYWT、KPYΔYTH和對(duì)照KPE)(圖2A)。與KPE小鼠***25周后的**相比，KPYWT和KPYΔYTH小鼠的**證實(shí)了YTHDC2持續(xù)上調(diào)(圖2B)，這表明AAV5表達(dá)系統(tǒng)具有持久的效率。雖然YTHDC2不能阻止**的發(fā)生，但**發(fā)生時(shí)間延遲，**負(fù)荷明顯受到抑制，KPYWT小鼠的生存時(shí)間比KPE小鼠和KPYΔYTH小鼠更長(zhǎng)(圖2C-F)。 血清/血漿芯片表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。
創(chuàng)傷性腦損傷（TBI）是重要的健康問(wèn)題，每年有超過(guò)5000萬(wàn)新發(fā)TBI病例。在TBI的病理生理過(guò)程中，會(huì)發(fā)生各種形式的細(xì)胞死亡，包括細(xì)胞凋亡，壞死，程序性壞死，自噬，焦亡和鐵死亡。目前尚未充分挖掘TBI中鐵死亡的發(fā)病機(jī)理。***我們講一篇蘇州大學(xué)團(tuán)隊(duì)在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF=14.526）期刊發(fā)表的題名為Deletion of ferritin H in neurons counteracts the protective effect of melatonin against traumatic brain injury-induced ferroptosis的文獻(xiàn)。該文獻(xiàn)主要講述褪黑素通過(guò)FTH調(diào)節(jié)TBI中鐵死亡。
為了進(jìn)一步確定過(guò)表達(dá)的Caspase-11是否足以加重MCD誘導(dǎo)的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對(duì)照組小鼠的脂肪變性評(píng)分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過(guò)表達(dá)小鼠的脂肪變性評(píng)分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對(duì)照組小鼠的腫脹評(píng)分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過(guò)表達(dá)Caspase-11小鼠的這些指標(biāo)沒(méi)有明顯影響。綜上所述，過(guò)表達(dá)Caspase-11足以促進(jìn)MCD誘導(dǎo)的小鼠脂肪性肝炎的嚴(yán)重程度。
結(jié)論MCD處理后Caspase-11缺陷小鼠的肝損傷、纖維化和炎癥明顯減輕。Caspase-11缺失可改善NASH患者的肝細(xì)胞焦亡。 我們使用抗體陣列評(píng)估了表達(dá)PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。
隨后，作者研究了YTHDC2是否通過(guò)SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當(dāng)YTHDC2在H1299細(xì)胞中過(guò)表達(dá)時(shí)，并過(guò)表達(dá)SLC7A11完全恢復(fù)了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，ATF4在H1299細(xì)胞中上調(diào)SLC7A11(圖4H、I)。過(guò)表達(dá)YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴(lài)于SLC7A11的胱氨酸攝取。結(jié)合臨床分析，YTHDC2表達(dá)下調(diào)，而SLC7A11表達(dá)上調(diào)(圖4K、L)，并且它們?cè)?*中呈負(fù)相關(guān)(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴(lài)的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
作者為研究YTHDC2是否在轉(zhuǎn)錄被阻斷后調(diào)控SLC7A11mRNA的穩(wěn)定性，通過(guò)泛轉(zhuǎn)錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)YTH結(jié)構(gòu)域?qū)τ赮THDC2縮短H1299細(xì)胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關(guān)重要(圖5A)。在H1975細(xì)胞中，CRISPR/Cas9技術(shù)使YTHDC2功能喪失，然后YTHDC2重構(gòu)，進(jìn)一步證實(shí)YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶，負(fù)責(zé)3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失，減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學(xué)水平上，用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細(xì)胞，也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 高通量分子實(shí)驗(yàn)的后續(xù)標(biāo)書(shū)申請(qǐng)指導(dǎo)服務(wù)。佝僂病大鼠模型
了解客戶(hù)的研究方向以及所能提供的樣本類(lèi)型和樣本量確定研究思路。線粒體
如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細(xì)胞流量和炎癥標(biāo)志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調(diào)節(jié)(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調(diào)節(jié)(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質(zhì)代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進(jìn)行比較(圖5A-5D)。這些結(jié)果表明，d-flow***了致***的內(nèi)皮反應(yīng)，同時(shí)通過(guò)改變轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性水平上的基因表達(dá)來(lái)抑制抗***通路。
三、體內(nèi)血流依賴(lài)TF結(jié)合基序的鑒定
使用Signac和ChromVar軟件包通過(guò)我們的scATAC-seq數(shù)據(jù)集來(lái)識(shí)別流敏感的TF結(jié)合基序(圖6)。在每個(gè)內(nèi)皮聚類(lèi)(E1- E8)中識(shí)別出前20個(gè)TF結(jié)合基序，并繪制成熱圖(圖6A)。圖6B和6C顯示了TF結(jié)合基序和它們被發(fā)現(xiàn)的各自的細(xì)胞簇。 線粒體
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)