四、TEA-seq轉(zhuǎn)錄本、表位和可及性的三峰測量
A.隨著從單個(gè)核中同時(shí)捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業(yè)平臺的發(fā)布，我們推斷通透細(xì)胞可以用于同時(shí)捕獲三個(gè)主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質(zhì)表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經(jīng)過試驗(yàn)和關(guān)鍵步驟的優(yōu)化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達(dá)平臺上獲得文庫，該平臺使用46個(gè)低聚標(biāo)記抗體組合了數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的所有三種測量結(jié)果.
B.D.在對裝入4孔的細(xì)胞進(jìn)行初始數(shù)據(jù)處理后，我們鑒定出29264個(gè)通過上述scATAC-seqQC標(biāo)準(zhǔn)的細(xì)胞條形碼，有2,500,500個(gè)獨(dú)特的ATAC-seq片段(中值=8762個(gè)獨(dú)特的ATAC片段)，有>500個(gè)基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個(gè)RNAUMIs;中位數(shù)=檢測到129,249個(gè)基因)，500個(gè)ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質(zhì)豐度測量允許檢測許多附加的相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細(xì)胞上表達(dá)的趨化因子受體和CD38，一種表達(dá)于多種免疫細(xì)胞表面的糖蛋白. 生物素標(biāo)記的miR-127-3p比陰性對照探針捕獲的circSDHC.肝損傷標(biāo)書上海
褪黑素不能挽救Fth 敲低HT-22細(xì)胞中機(jī)械性損傷引起的鐵死亡
為了進(jìn)一步證實(shí)褪黑素對Tth小鼠在Fth- KO小鼠中的上述作用，將HT-22細(xì)胞系用siRNA轉(zhuǎn)染，然后在體外進(jìn)行機(jī)械刮擦損傷。siRNA敲低Fth可以降低Fth的蛋白質(zhì)水平。鑒于脂質(zhì)過氧化是鐵死亡的標(biāo)志，使用DCF和BODIRY 581/591 C11作為評估了溶質(zhì)ROS。與對照組+刮擦損傷組相比，siFth +刮擦損傷組細(xì)胞的熒光強(qiáng)度顯著增加，表明siFth增強(qiáng)了HT-22細(xì)胞中機(jī)械刮擦損傷引起的ROS產(chǎn)生的上調(diào)。重要的是，與未經(jīng)***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞未能顯著減少刮擦損傷后ROS的上調(diào)。
大連凋亡 標(biāo)書為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對PCOS大鼠的有益作用.
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標(biāo)記Mab414，它可以識別包括Nup62在內(nèi)的幾個(gè)Nups的FG結(jié)構(gòu)域，我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個(gè)主要的同質(zhì)的環(huán)狀標(biāo)記。非腦外傷對照組的腹神經(jīng)索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規(guī)則，顯示核形態(tài)紊亂。我們在腦外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團(tuán)塊)的出現(xiàn)(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細(xì)胞百分比明顯高于非TBI對照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細(xì)胞質(zhì)共聚集，而對照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結(jié)果顯示，與對照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽性細(xì)胞百分比***升高(圖2D)。
C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數(shù)回歸識別為有意義的分裂節(jié)點(diǎn)用于aGvHD預(yù)測。沿分枝的數(shù)目表明變異的分裂值穩(wěn)定了細(xì)菌豐度。終端節(jié)點(diǎn)顯示來自aGvHD分級為0I級和IIIV級患者的樣本比例(n=樣本數(shù)量)。D.箱形圖描述了在0級aGvHD患者和II級IV級患者移植前各時(shí)間點(diǎn)預(yù)測ASVs的log轉(zhuǎn)化相對豐度。在aGvHD0級I和II級IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識別，包括asv3和asv128，它們可以預(yù)測aGvHD(粗體線).腸道緊密連接已被證明與腸道屏障完整性有關(guān)。
值得注意的是，與對照組相比，NOX4的升高增加了鐵的積累，這是鐵死亡的特異性標(biāo)志(圖7D)。接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調(diào)后人星形膠質(zhì)細(xì)胞細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導(dǎo)了細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)特征，包括細(xì)胞質(zhì)面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態(tài)死亡細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7F)。與形態(tài)學(xué)分析結(jié)果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細(xì)胞毒性水平(圖7G)。這些結(jié)果表明，NOX4通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過氧化促進(jìn)了鐵死亡。
結(jié)論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用促進(jìn)星形膠質(zhì)細(xì)胞的鐵死亡，這是AD期間星形膠質(zhì)細(xì)胞損傷的一種重要分子機(jī)制。 短鏈脂肪酸與運(yùn)動(dòng)恢復(fù)/腸屏障通透性的相關(guān)性。RNA PULLdown標(biāo)書國家自然科學(xué)基金
FMT處理促進(jìn)神經(jīng)元存活和突觸重建。肝損傷標(biāo)書上海
5.ORF長度潛在的開放閱讀框（ORF）的長度是編碼RNA與非編碼RNA的共同預(yù)測指標(biāo)。通常在非編碼RNA中找不到長的ORF，數(shù)據(jù)庫將ORF長度>20aa作為circRNA編碼肽的比較低要求。值得注意的是，ORF長度是一個(gè)相對較弱的預(yù)測因子，因?yàn)?*近發(fā)現(xiàn)許多小肽是由人類轉(zhuǎn)錄組中的“非編碼”RNA編碼的，而具有長ORF的circRNA更有可能成為編碼RNA。
6.翻譯產(chǎn)物的序列組成所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因?yàn)橹挥幸恍〔糠中蛄锌梢孕纬煞€(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強(qiáng)有力的預(yù)測指標(biāo)，以鑒定隨機(jī)氨基酸序列中的真實(shí)蛋白質(zhì)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評分。 肝損傷標(biāo)書上海
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)