然后利用SCENIC通過分化軌跡識別出HSPCs和成熟血細(xì)胞中162個(gè)調(diào)節(jié)子，其中HLF和HOXA9是HSCs/MPPs中的主要調(diào)節(jié)子，且HSC/MPPs簇在轉(zhuǎn)錄上為高度未成熟的細(xì)胞群(圖2D)。鑒定了一個(gè)增殖的MEMPs- cycle群體，92%的MEMPs處于G2M/S期，而65%的MEMPs處于G2M/S期(圖2E)。此外，研究者對HSCs/MPPs- cycle和HSCs/MPPs進(jìn)行DE分析，結(jié)果顯示HSCs/MPPs- cycle增加了糖酵解相關(guān)基因的表達(dá)，除了HSCs/MPPS-Cycle簇中存在轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)外，HSCs/MPPs和HSCs/MPPs-Cycle之間沒有其它轉(zhuǎn)錄差異。高通量測序的后續(xù)成文服務(wù)。國自然課題CRO
表觀基因組學(xué)(ChIP-Seq)模塊
ChIP-seq模塊目前包含大量染色質(zhì)免疫沉淀測序(ChIP-seq)數(shù)據(jù)，反映了特定的衰老相關(guān)基因座是如何受組蛋白修飾和轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)的。這些數(shù)據(jù)有助于闡明調(diào)控因素如何在全基因組范圍內(nèi)影響衰老過程中的基因表達(dá)。ChIP-seq數(shù)據(jù)來自已發(fā)表的與衰老相關(guān)的文章，并使用相同的分析方法處理原始數(shù)據(jù)以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點(diǎn)不同轉(zhuǎn)錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。
蛋白質(zhì)組學(xué)（蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用）模塊
衰老過程中蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)受損是典型的，蛋白質(zhì)相互作用隨著年齡的增長而發(fā)生顯著變化。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用模塊（PPI）旨在允許查詢感興趣的蛋白質(zhì)及其與衰老相關(guān)的相互作用蛋白。結(jié)果以兩種方式呈現(xiàn)：交互式表格和網(wǎng)絡(luò)圖。前者提供了更詳細(xì)的信息，包括相互作用蛋白的數(shù)量、細(xì)胞/組織類型和支持相互作用的出版物；后者允許蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的可視化，并提供使用在線工具對選定數(shù)據(jù)執(zhí)行基因本體或 KEGG 通路分析的選項(xiàng)。因此，PPI 將成為分析細(xì)胞衰老過程中關(guān)鍵蛋白質(zhì)相互作用的有用模塊，從而可以在蛋白質(zhì)水平上更好地了解人類衰老。 深圳課題實(shí)驗(yàn)檢測服務(wù)英拜生物對整體實(shí)驗(yàn)實(shí)施的全局把控。
四、HSCT前通過腸道微生物組成預(yù)測急性GvHD 嚴(yán)重性
基于機(jī)器學(xué)習(xí)，hsct前腸道微生物群組成預(yù)測aGvHD嚴(yán)重程度。A.在0級aGvHD患者中，12個(gè)**豐富的家族隨著時(shí)間的推移在腸道中的相對豐度。B.svmLinear模型識別出的前20個(gè)預(yù)測腸道ASV的重要性圖，其重要性得分表明，如果將各自的ASV排除在模型之外，預(yù)測精度會(huì)平均下降。**終的交叉驗(yàn)證svmLinear模型從腸ASVspreHSCT的豐度中預(yù)測了aGvHD(0IvsIIIV)，準(zhǔn)確率為86%(95%CI:65-97%)。通過Boruta特征選擇確認(rèn)的asv用星號表示。
METTL3降低APC表達(dá)，促進(jìn)β-catenin介導(dǎo)的下游基因表達(dá)、有氧糖酵解、ESCC細(xì)胞增殖和**發(fā)展
APC功能的喪失使β-連環(huán)蛋白穩(wěn)定，從而誘導(dǎo)下游基因（CCND1和MYC）的表達(dá)。CCND1促進(jìn)細(xì)胞周期，c-Myc增強(qiáng)有氧糖酵解。正如預(yù)期的那樣，METTL3缺失增強(qiáng)了KYSE180細(xì)胞中APC的表達(dá)，降低了β-連環(huán)蛋白、細(xì)胞CCND1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。此外，METTL3缺失降低了葡萄糖攝取、乳酸產(chǎn)生、細(xì)胞增殖和細(xì)胞集落數(shù)。值得注意的是，這種METTL3缺失引起基因表達(dá)（圖6a）、糖酵解（圖6b，c）、細(xì)胞增殖（補(bǔ)充圖6f）和集落形成的抑制在很大程度上被這些細(xì)胞中的APC缺失所消除。相反，METTL3過度表達(dá)引起葡萄糖消耗和乳酸產(chǎn)生的增加，這被YTHDF2消耗所消除。這些結(jié)果表明METTL3降低APC表達(dá)，促進(jìn)β-catenin介導(dǎo)的下游基因表達(dá)、有氧糖酵解和ESCC細(xì)胞增殖。
為了確定METTL3誘導(dǎo)的APC表達(dá)下調(diào)在小鼠**生長中的作用，將KYSE180細(xì)胞皮下注射到裸鼠體內(nèi)。發(fā)現(xiàn)通過APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復(fù)。IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達(dá)，相應(yīng)地減少了**組織中β-連環(huán)蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。這些結(jié)果表明METTL3抑制APC的表達(dá)可以促進(jìn)**的發(fā)展。 生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。
4、TCR和IFN信號共同誘導(dǎo)CD8+T細(xì)胞代謝重組
為了研究導(dǎo)致IFN-HighCD8+T細(xì)胞線粒體和代謝變化的連續(xù)事件，接下來使用來源于健康對照和結(jié)合了延長IFN處理和TCR活化（這是SLE患者中存在的兩種基本細(xì)胞信號）的細(xì)胞。盡管CD8+T細(xì)胞暴露于IFNα里2天不會(huì)引發(fā)任何***的線粒體或代謝變化但7天IFNα暴露，尤其是結(jié)合T細(xì)胞活化，可誘導(dǎo)mtDNA編碼基因表達(dá)下調(diào)（圖4a）和線粒體變化（圖4b）。然后，分析了CD8+T細(xì)胞的氧化能力，發(fā)現(xiàn)在有或沒有CD3/CD28活化的情況下，7天IFNα刺激***增強(qiáng)了基礎(chǔ)OCR，但沒有比較大OCR，當(dāng)數(shù)值標(biāo)準(zhǔn)化到每個(gè)樣本的基礎(chǔ)水平時(shí)，導(dǎo)致SRC降低，尤其是當(dāng)IFNα暴露與T細(xì)胞活化結(jié)合時(shí)（圖4c）。 Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。電鏡課題產(chǎn)學(xué)研合作
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。國自然課題CRO
HOXBLINC的缺失擾亂了NPM1c+介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄程序和白血病發(fā)生
隨后鑒定了NPM1c+AML和NPM1cWTAML病人中的差異表達(dá)基因，與WT相比，有871個(gè)下調(diào)基因和980個(gè)上調(diào)基因，包括HoxBlinc和NPM1c+的特征基因HoxB2-5，HoxA7,9-11，Meis1，Runx1（圖1c）。然后，通過RNA-seq分析比較了對照組和HOXBLINCi細(xì)胞的全基因組轉(zhuǎn)錄組變化。一致地，NPM1c+細(xì)胞表現(xiàn)出HOXBLINClncRNA和常見的NPM1c+AML標(biāo)記基因的高表達(dá)(圖1d)。有趣的是，在OCI-AML3細(xì)胞中抑制HOXBLINC***抑制了許多NPM1c+標(biāo)志性基因的轉(zhuǎn)錄，如HOXB2-5、HOXA9-11、RUNX1和MEIS1(圖1d)。 國自然課題CRO
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)