五、敲除核孔蛋白來挽救核孔蛋白的表達(dá)導(dǎo)致果蠅的運動功能障礙和壽命縮短
Nup62、Nup214、Nup43在運動神經(jīng)元中過表達(dá)***降低了運動功能和攀爬速度(圖5A和B)。與各自的Nup對照或?qū)φ战M動物相比，過表達(dá)Nup62和Nup214或Nup62和Nup43的動物的壽命明顯縮短——Nup62/ Nup214 OE和Nup62/Nup43 OE的中位存活時間分別為23天和21天(圖5C)。用RNAi成蟲(Nup62或Nup214)多次暴露于創(chuàng)傷后，檢測其運動功能和壽命。Nup62 mRNA (p <0.01)和Nup214 mRNA (p <0.001)與對照組相比，Nup62和Nup214 RNAi處理組的攀爬水平***降低(圖5D和E)。有趣的是，Nup62 RNAi和Nup214 RNAi處理組創(chuàng)傷后攀爬水平***提高(圖5E, )和速度(圖5F）。
六、核孔病理存在于重復(fù)性TBI患者腦組織中，并與TDP-43病理共同聚集
輕度和重度CTE的組織，但年齡不匹配的對照組顯示***和強烈的NUP62免疫反應(yīng)性(圖6A,B,C）。21例嚴(yán)重CTE患者腦組織的NUP62水平明顯高于對照組(圖6D)。輕度CTE病例中NUP62與pTDP-43的共聚集程度有限，而重度CTE病例中NUP62和pTDP-43陽性包體在額葉皮質(zhì)的共聚集(箭頭)更為明顯(圖6E)。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。外泌體課題分子生物學(xué)
2、miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制構(gòu)建了miR-138-5p過表達(dá)的乳腺*細(xì)胞系，取其培養(yǎng)基與巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)，結(jié)果巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)***上調(diào)，同時KDM6B的表達(dá)***下降。證實miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制。
3、*細(xì)胞來源的外泌體miR-138-5p下調(diào)KDM6B的表達(dá)
隨后為了判定上述巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)上調(diào)的原因，檢測了巨噬細(xì)胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結(jié)果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應(yīng)的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結(jié)構(gòu)包裹（圖1B）。進(jìn)一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達(dá)***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細(xì)胞。 重慶課題分子生物學(xué)英拜生物對整體實驗實施的全局把控。
SP35敲除促進(jìn)肺*細(xì)胞的鐵死亡
我們研究了shUSP35介導(dǎo)的**抑制是否可歸因于細(xì)胞死亡的誘導(dǎo)。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細(xì)胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細(xì)胞死亡。鐵死亡是一種新的調(diào)節(jié)性細(xì)胞死亡，它與包括肺*在內(nèi)的**生長的發(fā)病機制有關(guān)。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，F(xiàn)er-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導(dǎo)致USP35沉默后的肺細(xì)胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細(xì)胞中shUSP35介導(dǎo)的細(xì)胞死亡。在shUSP35***的細(xì)胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。
利用高通量RNA-seq和m6A-seq鑒定WTAP靶基因
為了進(jìn)一步驗證WTAP介導(dǎo)的m6A甲基化對DLBCL細(xì)胞的影響，對對照組和WTAP缺失的SU-DHL-8細(xì)胞進(jìn)行m6A測序(m6A-seq)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，一致motifDRACH在免疫純化的RNA中富集(圖5A)，m6A位點主要存在于外顯子和3’-UTR中，且m6A位點在終止密碼子附近富集程度比較高(圖5B)，并通過篩選差異表達(dá)基因中出現(xiàn)的m6A低甲基化峰，鑒定出136個基因(圖5C)。HK2基因有助于**高糖酵解率，同時DLBCL在缺氧脅迫下促進(jìn)生長需要HK2。GSEA分析表明，WTAP的潛在靶基因與缺氧信號***相關(guān)(圖5D)，提示HK2是DLBCL中WTAP的關(guān)鍵靶基因。m6A-seq數(shù)據(jù)顯示，WTAP靶向HK2轉(zhuǎn)錄本的5’-UTR,WTAP的敲除導(dǎo)致5’-UTR的m6A水平***下降(圖5E)。***作者為了驗證HK2是否是WTAP靶基因，通過構(gòu)建熒光素酶報告載體和CRISPR/CAS9敲除實驗，證明了HK2是WTAP在DLBCL中的直接下游靶點(圖5F,5G,5H,5I,5J)。 致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實驗技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。
2）UCP1在AKI中***下調(diào)，且與腎損傷嚴(yán)重程度呈高度負(fù)相關(guān)
UCPs超家族與能量代謝密切相關(guān)，并在多種疾病中介導(dǎo)脂質(zhì)消耗?；赨CPs的功能，我們通過westernblot和免疫組化方法對正常C57小鼠腎組織中UCP1、UCP2和UCP3的表達(dá)進(jìn)行了表征。結(jié)果顯示，UCP1和UCP2表達(dá)較好，而UCP3幾乎未檢測到(圖2A-B)。在UCPs中，UCP1被認(rèn)為是脂質(zhì)降解**關(guān)鍵的基因，而UCP2與之沒有直接關(guān)系。因此，我們選擇UCP1進(jìn)行進(jìn)一步分析，證實其在皮質(zhì)小管中高表達(dá)，在髓質(zhì)中部分表達(dá)，C57小鼠、Sprague-Dawley大鼠、Wistar大鼠腎小球、**幾乎無表達(dá)(圖2C-D)。為了進(jìn)一步確認(rèn)UCP1在腎臟中的表達(dá)位點，我們用凝集素染色顯示腎臟的形態(tài)，然后對UCP1進(jìn)行染色。結(jié)果顯示，UCP1主要表達(dá)于腎小管以上結(jié)果提示，UCP1可能在腎小管的結(jié)構(gòu)和功能中發(fā)揮著潛在的重要作用。 解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。MCD誘導(dǎo)課題協(xié)同創(chuàng)作
Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。外泌體課題分子生物學(xué)
一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細(xì)胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細(xì)胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個數(shù)據(jù)集中所有巨噬細(xì)胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細(xì)胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標(biāo)識(圖2B和2C)。然后使用每個細(xì)胞簇中**個上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關(guān)的已知生物學(xué)過程的誘導(dǎo)。 外泌體課題分子生物學(xué)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗