為了進(jìn)一步研究MAO-A是否作為巨噬細(xì)胞自主因子直接調(diào)控TAM極化從而影響抗**免疫，進(jìn)行了巨噬細(xì)胞過(guò)繼轉(zhuǎn)移**實(shí)驗(yàn)。從Maoa WT和KO小鼠中獲取BM細(xì)胞，然后培養(yǎng)成骨髓源性巨噬細(xì)胞(bone marrow macrophages, BMDMs)。然后將這些Maoa WT或KO BMDMs與B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞混合，皮下注射到BoyJ WT受體小鼠中建立實(shí)體**（圖2g）。在本實(shí)驗(yàn)中，MAO-A缺乏的比較***于TAM細(xì)胞。在接受Maoa KO BMDMs小鼠中觀(guān)察到**生長(zhǎng)抑制（圖2h-i），TAM免疫抑制markers下調(diào)（圖2j），免疫刺激markers上調(diào)（圖2k-l），以及增強(qiáng)**浸潤(rùn)C(jī)D8+T細(xì)胞***（圖2m）。綜上所述，這些體內(nèi)研究表明MAO-A作為一種直接調(diào)節(jié)TAM極化的自主因子，從而影響T細(xì)胞抗**反應(yīng)性和影響**生長(zhǎng)。
六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細(xì)胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過(guò)程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動(dòng)子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補(bǔ)充圖15)。通過(guò)評(píng)估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過(guò)渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強(qiáng)大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們?cè)赑T_VCAM1細(xì)胞核中驗(yàn)證了減少的HNF4A蛋白表達(dá)(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個(gè)約60kb的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個(gè)與VCAM1啟動(dòng)子相互作用的RELA基序(通過(guò)ciscoaccessibilitynetwork)。實(shí)際上，ChIP-qPCR擴(kuò)增了該位點(diǎn)，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補(bǔ)充圖17b)，為該細(xì)胞類(lèi)型中RELA調(diào)控VCAM1表達(dá)提供了實(shí)驗(yàn)證據(jù)。 細(xì)胞功能高通量測(cè)序的后續(xù)成文服務(wù)。
MAPK級(jí)聯(lián)是人類(lèi)****重要的致*驅(qū)動(dòng)因子之一，通過(guò)靶向抑制劑阻斷這一信號(hào)通路是一種重要的抗**策略。因此，我們用MAPK通路抑制劑PD0325901處理SGC7901和MGC803細(xì)胞。Western blot顯示，PD0325901的加入***降低了MAPK1通路下游因子的***。而添加PD0325901后，MAPK1-109aa的表達(dá)水平?jīng)]有明顯變化(圖8a)。集落形成(圖8b，c)、EdU(圖8d，e)和Transwell實(shí)驗(yàn)(圖8f)結(jié)果表明PD0325901處理后細(xì)胞的增殖和遷移能力明顯受到抑制。此外，在抑制劑存在的情況下，將shcircRNA轉(zhuǎn)染到SGC7901和MGC803細(xì)胞中，目的是部分提高M(jìn)APK通路的活性。然而，當(dāng)細(xì)胞與PD0325901共同處理時(shí)，抑制circMAPK1沒(méi)有明顯的促*作用(圖8b-f)。綜上所述，這些結(jié)果證實(shí)了MAPK1-109aa通過(guò)與MEK1競(jìng)爭(zhēng)相互作用抑制MAPK1的磷酸化，通過(guò)抑制MAPK通路發(fā)揮**抑制作用。
結(jié)論我們?cè)谖?中發(fā)現(xiàn)了一種來(lái)自MAPK1的下調(diào)circRNA。MAPK1-109aa由circMAPK1編碼，通過(guò)與MAPK1競(jìng)爭(zhēng)與上游激酶MEK1結(jié)合發(fā)揮***作用，抑制MAPK1磷酸化和下游致*因子。我們的研究結(jié)果提示circMAPK1可能作為GC的***靶點(diǎn)，也為MAPK通路***引起的疾病提供了新的***思路。
藥物基因組學(xué)（老年保護(hù)化合物）模塊
該老年保護(hù)化合物模塊專(zhuān)注于老年保護(hù)劑，允許用戶(hù)查詢(xún)與衰老相關(guān)的化合物，根據(jù)衰老表型、靶點(diǎn)、途徑和與年齡相關(guān)的疾病，提供應(yīng)用于模型生物的相關(guān)化合物的匯總數(shù)據(jù)。該模塊目前包含來(lái)自藥物治療分析（體內(nèi)和體外）的數(shù)百種化合物和組學(xué)數(shù)據(jù)集的列表，揭示由特定壽命/延長(zhǎng)健康壽命的藥物引起的基因表達(dá)變化。在該模塊的首頁(yè)，用戶(hù)可以瀏覽“熱門(mén)小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗(yàn)”提供了老年保護(hù)劑的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)；“專(zhuān)題文章”展示了衰老領(lǐng)域的***研究。重要的是，用戶(hù)可以通過(guò)藥物名稱(chēng)、目標(biāo)基因或來(lái)源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關(guān)老年保護(hù)化合物的詳細(xì)信息。該模塊不僅提供了延長(zhǎng)壽命和延長(zhǎng)健康期的化合物列表，還提供了有關(guān)藥物引起的基因調(diào)控和表達(dá)變化的信息。 ***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng)
為了研究參與circNDUFB2的信號(hào)通路，使用RNA測(cè)序（RNA-seq）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過(guò)表達(dá)影響934個(gè)基因的表達(dá)水平，其中743個(gè)基因上調(diào)，191個(gè)基因被下調(diào)。基因本體生物學(xué)過(guò)程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號(hào)傳導(dǎo)。基因集富集分析（GSEA）也表明目標(biāo)基因的信號(hào)傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過(guò)表達(dá)的NSCLC細(xì)胞中一組免疫基因表達(dá)被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細(xì)胞中這些基因的水平。這些結(jié)果表明，過(guò)量表達(dá)circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線(xiàn)性RN**段，導(dǎo)致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)（ELISA）證實(shí)circNDUFB2過(guò)表達(dá)顯著增加了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中這些細(xì)胞因子的水平。這些結(jié)果證明circNDUFB2在NSCLC細(xì)胞中引發(fā)免疫應(yīng)答。 TIMEOR是***個(gè)基于 Web 的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法。RNA課題產(chǎn)學(xué)研合作
ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程。靶基因驗(yàn)證課題
支持了轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，流式細(xì)胞術(shù)表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+TILs的比例***更高，這在不同的**模型中是一致的(Fig.1H)。為了檢驗(yàn)抑制CDK4/6對(duì)抗**T細(xì)胞免疫的長(zhǎng)期功能效應(yīng)，用CDK4/6i在短時(shí)間(抗**T細(xì)胞反應(yīng)**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠，然后停藥。在停止***時(shí)，CDK4/6i處理小鼠和對(duì)照小鼠的**體積是相等的(Fig.1I-J)。引人注目的是，在停止***后，既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***，而對(duì)照組只有9只(Fig.1K)?？傊?，這些數(shù)據(jù)表明CDK4/6的藥理抑制促進(jìn)T細(xì)胞記憶，并產(chǎn)生能夠驅(qū)動(dòng)有效和持續(xù)的抗**反應(yīng)的瘤內(nèi)T細(xì)胞室。靶基因驗(yàn)證課題
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀(guān)，客戶(hù)可隨時(shí)參觀(guān)實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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