作者構(gòu)建了 (WT) SLC7A113’-UTR和突變型(Mut) 3’-UTR兩種質(zhì)粒(圖6H)。結(jié)果表明，只有過表達(dá)YTHDC2WT降低SLC7A11 mRNA在H1299細(xì)胞中的穩(wěn)定性，敲除YTHDC2可以提高SLC7A11 mRNA在H1975細(xì)胞中的穩(wěn)定性。然而，與WT 3’-UTR相比，Mut報(bào)告基因的這些作用減弱(圖6I和J)。在檢測外源性F-Luc-SLC7A11融合mRNA的RNA穩(wěn)定性后，得到了類似的結(jié)果(圖6K-M)?？偟膩碚f，3’-UTR上的m6A位點(diǎn)對于YTHDC2使SLC7A11 mRNA不穩(wěn)定至關(guān)重要。
7.抑制YTHDC2對XC-系統(tǒng)靶向***敏感，并與LUAD進(jìn)展相關(guān)
為了評估YTHDC2抑制在LUAD中的重要性，從cohort#1隨機(jī)抽取20例YTHDC2lowLUAD，其中50%屬于腺泡型(圖7A)。在cohort#2中，與相鄰組織相比，**中YTHDC2表達(dá)下調(diào)，62%(62/100)的腺泡組織被歸類為YTHDC2low(圖7B、C)。與無這種表達(dá)模式的腺泡性LUAD患者相比，YTHDC2low的患者總生存期要短得多(圖7D)，進(jìn)一步表明YTHDC2抑制可能對腺泡性LUAD的**進(jìn)展尤為重要。另外，相對于*旁組織，**中腺泡LUAD組織中SLC7A11mRNA和蛋白水平表達(dá)量都比較高(圖7E、F)。 表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。標(biāo)書課題檢測服務(wù)
靶向**相關(guān)巨噬細(xì)胞(TAMs)是一種很有前途的策略，可以改變免疫抑制**微環(huán)境，改善**免疫***。單胺氧化酶A (MAO-A)是一種因其在大腦中的功能而***的酶，小分子MAO抑制劑(MAOIs)用于臨床***神經(jīng)系統(tǒng)疾病。這里作者發(fā)現(xiàn)MAO-A誘導(dǎo)人和小鼠的TAMs進(jìn)而可用于**的免疫***。該文2021年6月發(fā)表于《nature communications》IF：14.919期刊上。
1、MAO-A缺陷小鼠顯示與TAM極化改變相關(guān)的**生長減少
將同基因B16-OVA黑色素瘤接種給C57BL/6J小鼠，分離出TAM并評估TAM基因表達(dá)譜。除了參與調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞免疫應(yīng)答的經(jīng)典基因的變化，還觀察到一個Maoa基因在TAMs中的上調(diào)表達(dá)（圖1a），這表明MAO-A可能參與了TAM活性的調(diào)節(jié)。首先構(gòu)建MAO-A缺陷的小鼠，然后接種B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞，結(jié)果顯示，與野生型相比，MAO-A缺陷小鼠的**生長被***抑制（圖1b-d）。 課題整體服務(wù)高通量測序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。
我們已經(jīng)進(jìn)行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細(xì)胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內(nèi)獨(dú)特細(xì)胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細(xì)胞特異性離子通透性的細(xì)胞異質(zhì)性。
一、人類成年腎臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
1）成人腎臟中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標(biāo)記的表達(dá)(圖1c，補(bǔ)充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細(xì)胞類型(圖1b，補(bǔ)充圖1a)。檢測了近端小管(PT)、壁上皮細(xì)胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠(yuǎn)端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細(xì)胞(ENDO)、腎小球細(xì)胞類型(MES、PODO)、成纖維細(xì)胞(FIB)和少量白細(xì)胞(LEUK)(補(bǔ)充表2、補(bǔ)充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達(dá)增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達(dá)了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長期腎臟預(yù)后的預(yù)測因子。
5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用
此前，我們發(fā)現(xiàn)IGF-1可以通過誘導(dǎo)補(bǔ)體C1q結(jié)合蛋白(C1QBP)從細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)位到膜上，驅(qū)動CD44v6/C1QBP復(fù)合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導(dǎo)的HSC活化。我們的結(jié)果表明C1QBP在Pex中的表達(dá)明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達(dá)高于Npex組。同時，與Pex處理的細(xì)胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex轉(zhuǎn)移的CD44v6在HSCs中的位置一致，膜中也檢測到C1QBP，并與Pan-cadherin共定位(圖6C)。這些數(shù)據(jù)表明，C1QBP可以通過Pex傳遞到HSCs膜。免疫電鏡顯示CD44v6和C1QBP在Pex***表達(dá)(圖6D)。同時過表達(dá)CD44v6和C1QBP后，Co-IP檢測顯示CD44v6和C1QBP在Pex中相互作用(圖6E)。此外，通過近距離連接(圖6F)和免疫熒光分析(圖6G)，我們發(fā)現(xiàn)了CD44v6和C1QBP在Pex孵化的HSCs膜上的結(jié)合。這些發(fā)現(xiàn)表明，CD44v6在傳遞外泌體CD44v6/C1QBP復(fù)合物中起重要作用。 上海英拜提供課題外包服務(wù)。
circNDUFB2抑制NSCLC進(jìn)展
體外研究表明circNDUFB2過表達(dá)顯著抑制了NSCLC細(xì)胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進(jìn)了這些表型。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)表明circNDUFB2過表達(dá)可顯著抑制NSCLC細(xì)胞的致瘤性和轉(zhuǎn)移。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2可能在NSCLC進(jìn)展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細(xì)胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質(zhì)相互作用發(fā)揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關(guān)的蛋白質(zhì)。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質(zhì)譜進(jìn)行分析。發(fā)現(xiàn)**個豐富的蛋白質(zhì)分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實(shí)了這一結(jié)果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細(xì)胞質(zhì)中。為了探討IGF2BPs的KH域?qū)τ谂ccircNDUFB2之間的相互作用，構(gòu)建IGF2BPs突變體，KH結(jié)構(gòu)域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來進(jìn)行了circNDUFB2突變，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。 高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。標(biāo)志物課題整包服務(wù)
公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫。標(biāo)書課題檢測服務(wù)
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進(jìn)而影響疾病進(jìn)程。
1.構(gòu)建LIR預(yù)測模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗(yàn)證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測，并對預(yù)測到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進(jìn)行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預(yù)測
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進(jìn)行整合，獲得2,963,952個獨(dú)特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報(bào)道過與**自噬有關(guān)。
3.分析突變的LIR基序（LAMs）在泛*中的作用
使用TCGA數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)，STDB1在泛*中為抑制**；在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中為促進(jìn)**。
標(biāo)書課題檢測服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)