N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學實驗團隊發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。干擾RNA
5.沉默lnc-PMIF促進老年OPCs向骨形成表面遷移，促進老年小鼠骨形成
BMSCs中沉默lnc-PMIF，增殖無變化，OPCs成骨能力不改變，細胞遷移數(shù)量高，表明沉默lnc-PMIF可增強老年OPCs的遷移能力，而不干擾老年OPCs的體外增殖和成骨分化。接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠中骨形成表面Dil+細胞數(shù)***升高，提示沉默lnc-PMIF可促進老年OPCs在體內(nèi)向骨形成表面遷移，大部分遷移的Dil+細胞中檢測到Runx2表達，表明si-PMIF處理的老年BMSCs遷移到骨形成表面發(fā)生正常的成骨分化，這將有助于小鼠的骨形成。接受si-PMIF處理的老年BMSCs小鼠骨表面TGF-β+細胞的平均積分光密度***更高，而TRAP+面積無***差異，表明si-PMIF處理的老化BMSCs可能影響細胞募集，而不是骨吸收。上述si-PMIF或si-NC處理的老年BMSCs對老年雄性小鼠進行脛骨內(nèi)注射，4周后接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠骨量更高，脛骨干骺端微結(jié)構(gòu)更好，BMD和BV/TV更高，MAR和BFR/BS更高。這些結(jié)果證明，老年BMSCs敲低lnc-PMIF可促進骨形成。 吉林課題細胞實驗高通量測序后續(xù)的機制實驗。
沉默MIR210HG可以通過miR-337-3p/137-HMGA2軸阻斷TGF-b和Wnt信號通路
之前的GSEA表明MIR210HG與TGFb/Smad3和Wnt/b-catenin信號通路相關(guān)。為了進一步研究MIR210HG調(diào)控子宮內(nèi)膜*細胞進展的機制，我們檢測了MIR210HG、HMGA2、miR-337-3p和miR-137對TGF-b、Wnt和EMT通路相關(guān)蛋白水平的調(diào)控作用。MIR210HG的下調(diào)降低了TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達以及b-catenin在細胞核中的分布(圖6A和6B)?；谶@些結(jié)果，我們推測MIR210HG可能通過靶向miR-3373p/137-HMGA2調(diào)控軸抑制EMT、TGF-b和Wnt信號通路。干擾HMGA2***降低TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達，b-catenin在細胞核中的分布(圖6C和6D)。我們之前曾報道過HMGA2在Ishikawa和HEC-1A細胞系中調(diào)節(jié)Snail、Slug、N-cadherin、MMP-2和MMP-9的表達。我們接下來研究了miR-337-3p/137表達的誘導是否影響TGF-b、Wnt和EMT通路相關(guān)蛋白的水平。
基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙?；档拖嚓P(guān)區(qū)域***富集，在T細胞記憶驅(qū)動因子相關(guān)基序乙?；黾?，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細胞狀態(tài)的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細胞進行了ATAC-seq，觀察到染色質(zhì)開放性的整體降低，T細胞記憶相關(guān)基因區(qū)域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細胞進行了單細胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應基因標記，并使用AUCell比較富集評分，確定細胞池中不同的記憶樣和效應樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細胞簇2和5是記憶樣細胞，8是效應樣細胞，證明CDK4/6i抑制促進異質(zhì)T細胞池中表型不同的亞群細胞的記憶分化，增***應功能。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。
二、偽時間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細胞類型:(1)ec，(2)免疫細胞(巨噬細胞，樹突狀細胞和T細胞)，以及(3)SMCs和纖維細胞(圖3A)。此外，在每一細胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細胞出現(xiàn)，表明它們響應d-flow的過渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實驗條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細胞分化良好，少數(shù)細胞處于過渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導許多ec進入過渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進一步增加。 英拜提供生物醫(yī)學課題外包服務?？肆_恩課題整體服務
進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。干擾RNA
2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制
構(gòu)建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養(yǎng)基與巨噬細胞共培養(yǎng)，結(jié)果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調(diào)，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。
3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調(diào)KDM6B的表達
隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調(diào)的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結(jié)果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結(jié)構(gòu)包裹（圖1B）。進一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細胞。類似的，外泌體抑制劑GW4869處理導致共培養(yǎng)的巨噬細胞中miR-138-5p的水平***下降，而KDM6B的水平***上升（圖1D-E）。 干擾RNA
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