前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標(biāo)蛋白質(zhì)的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學(xué)結(jié)構(gòu)，生物學(xué)活性和理化性質(zhì)。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。
數(shù)據(jù)庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進(jìn)行基于文本的檢索和基于結(jié)構(gòu)的檢索?；谖谋镜乃阉魇窃谡麄€PROTAC-DB中進(jìn)行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術(shù)語，如目標(biāo)名稱、化合物名稱或ID。對于基于結(jié)構(gòu)的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導(dǎo)入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度?？梢赃x擇數(shù)據(jù)集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進(jìn)行搜索。 英拜提供可靠的技術(shù)咨詢。廣州缺氧信號通路科研
進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質(zhì)膜形成， Rab5、EEA1（早期內(nèi)吞作用）、肌動蛋白、Rab35 呈陽性， LC3 偶爾呈陽性。相比之下，后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性，**終出現(xiàn)在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。
二、內(nèi)化囊泡通過滲透作用在細(xì)胞質(zhì)中收縮，與溶酶體融合
GFP-Rab35、RFP-Rab5轉(zhuǎn)染MCF7，研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細(xì)胞質(zhì)，在細(xì)胞質(zhì)中收縮成小囊泡，***與溶酶體融合。
三、巨胞飲由質(zhì)膜完整性觸發(fā)
實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***，需要重組，從而保持質(zhì)膜的完整性。此外，LC3囊泡形成是響應(yīng)囊泡內(nèi)化而觸發(fā)。
四、 Rubicon 定位于胞吞小體的界膜，是 LC3 積累所必需的 浙江科研創(chuàng)新服務(wù)結(jié)腸炎也會導(dǎo)致促炎細(xì)胞因子或趨化因子的增加。
C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數(shù)回歸識別為有意義的分裂節(jié)點用于aGvHD預(yù)測。沿分枝的數(shù)目表明變異的分裂值穩(wěn)定了細(xì)菌豐度。終端節(jié)點顯示來自aGvHD分級為0I級和IIIV級患者的樣本比例(n=樣本數(shù)量)。D.箱形圖描述了在0級aGvHD患者和II級IV級患者移植前各時間點預(yù)測ASVs的log轉(zhuǎn)化相對豐度。在aGvHD0級I和II級IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識別，包括asv3和asv128，它們可以預(yù)測aGvHD(粗體線).
接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調(diào)后人星形膠質(zhì)細(xì)胞細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導(dǎo)了細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)特征，包括細(xì)胞質(zhì)面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態(tài)死亡細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7F)。與形態(tài)學(xué)分析結(jié)果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細(xì)胞毒性水平(圖7G)。這些結(jié)果表明，NOX4通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過氧化促進(jìn)了鐵死亡。結(jié)論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用促進(jìn)星形膠質(zhì)細(xì)胞的鐵死亡，這是AD期間星形膠質(zhì)細(xì)胞損傷的一種重要分子機(jī)制。上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。
4.ALKBH3參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發(fā)生LKBH3是一個tRNA去甲基化酶，*被鑒定為誘導(dǎo)tDRs的生成。為了研究ALKBH3是否參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發(fā)生。首先，檢測5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3在9種人CRC細(xì)胞系和人結(jié)腸黏膜上皮細(xì)胞NCM460中的表達(dá)。結(jié)果顯示，在大多數(shù)測量的CRC細(xì)胞系中，5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3mRNA均***高于NCM460細(xì)胞。同樣，westernblot分析證實，在CRC細(xì)胞中，ALKBH3蛋白表達(dá)上調(diào)。此外，5’-tRF-GlyGCC的表達(dá)與測量的CRC細(xì)胞中ALKBH3的mRNA水平***正相關(guān)。過表達(dá)ALKBH3可以增加5’-tRF-GlyGCC的表達(dá)。ALKBH3沉默降低了SW480、RKO和PENG-EBV細(xì)胞中5’-tRF-GlyGCC的水平。一致地，在RKO和SW480細(xì)胞中過表達(dá)ALKBH3可以增加5’-tRF-GlyGCC的表達(dá)，而在HCT15和HCT116細(xì)胞中，抑制ALKBH3的表達(dá)可以降低5’-tRF-GlyGCC的表達(dá)。證明了，tRNA去甲基化酶ALKBH3參與了CRC和血細(xì)胞中5’-tRF-GlyGCC的生物發(fā)生。英拜生物提供生物科學(xué)內(nèi)的專業(yè)的技術(shù)咨詢，技術(shù)合作。醫(yī)學(xué)科研科研歡迎咨詢
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七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進(jìn)胃*進(jìn)展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細(xì)胞中轉(zhuǎn)染FZD7構(gòu)建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細(xì)胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)結(jié)果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)的相關(guān)性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關(guān)檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結(jié)果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調(diào)節(jié)b-catenin信號通路促進(jìn)胃*進(jìn)展的示意圖。 廣州缺氧信號通路科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗