m6A酶系統(tǒng)
METTL3是早先被鑒定為結(jié)合SAM的組件，其缺失引起小鼠胚胎干細(xì)胞、Hela細(xì)胞和HepG2 細(xì)胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細(xì)胞核內(nèi)亞細(xì)胞器－核小斑（Nuclear speckle）上，顯示ｍ６Ａ修飾可能和ＲＮＡ的剪切加工相關(guān)。WTAP與METTL3–METTL14 二聚體相互作用，并共定位于核小斑，影響甲基化效率，參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體的新亞基，是整體甲基化進(jìn)程所必須的[2]。FTO是ALKB家族的成員，作為***個被發(fā)現(xiàn)的去甲基酶，可影響剪切因子SRSF2的RNA結(jié)合能力，進(jìn)而調(diào)控pre-mRNA的剪切加工過程[3]。目前已發(fā)現(xiàn)FTO調(diào)節(jié)異常與肥胖、大腦畸形和生長遲緩相關(guān)， 揭示m6A可能對這些疾病具有重要的調(diào)節(jié)功能[4-6]。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。M6a甲基化課題設(shè)計實驗
circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng)
為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過表達(dá)影響934個基因的表達(dá)水平，其中743個基因上調(diào)，191個基因被下調(diào)?；虮倔w生物學(xué)過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導(dǎo)?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標(biāo)基因的信號傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過表達(dá)的NSCLC細(xì)胞中一組免疫基因表達(dá)被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細(xì)胞中這些基因的水平。這些結(jié)果表明，過量表達(dá)circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導(dǎo)致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達(dá)顯著增加了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中這些細(xì)胞因子的水平。這些結(jié)果證明circNDUFB2在NSCLC細(xì)胞中引發(fā)免疫應(yīng)答。 廣州課題整包服務(wù)Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。
第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）
附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數(shù)據(jù)來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。
第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫）
如果填寫郵箱，結(jié)果會以郵件形式發(fā)送至該郵箱。
第五步：提交
數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點擊“Submit”進(jìn)行提交，頁面會自動跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁。也可以根據(jù)頁面給出的job ID查詢結(jié)果。
總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。
NRF2是阻斷鐵死亡的關(guān)鍵介質(zhì)，TYRO3過表達(dá)的293T細(xì)胞中NRF2轉(zhuǎn)錄活性增加。TAM激酶下游的PI3K/AKT信號通路可增加NRF2轉(zhuǎn)錄活性，TYRO3-OE介導(dǎo)的NRF2轉(zhuǎn)錄***被AKT抑制劑MK2206消除。這些結(jié)果表明TYRO3通過AKT/NRF2軸抑制鐵死亡。吞噬細(xì)胞對瀕死細(xì)胞的***依賴于對凋亡細(xì)胞暴露的“吃我信號”的識別。磷脂酰絲氨酸(PS)是一種關(guān)鍵的“吃我”分子，可與橋接分子結(jié)合，如TAM激酶配體蛋白S(Pros1)和Gas6。Pros1在與PS結(jié)合時同時***TYRO3。Pros1處理4T1和PY8119**細(xì)胞可抑制erastin誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用，表明凋亡細(xì)胞的Pros1“吃我”信號可以通過TYRO3抑制**細(xì)胞鐵死亡?？梢酝茢嗷蛘{(diào)控事件之間的關(guān)系。
4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導(dǎo)的肝臟炎癥
接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導(dǎo)炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細(xì)胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細(xì)胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導(dǎo)致野生型小鼠肝臟中CD45細(xì)胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細(xì)胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細(xì)胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷導(dǎo)致肝臟中白細(xì)胞浸潤減少。相應(yīng)地，我們發(fā)現(xiàn)了MCD***促進(jìn)肝臟F4/80的表達(dá)而Caspase-11缺乏則抑制MCD誘導(dǎo)的F4/80上調(diào)(圖4C)。我們進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)MCD***誘導(dǎo)野生型小鼠肝臟中TNF-α(圖4D)、IL-1β(圖4E)和CCL2(圖4F)的表達(dá)。相比之下，與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中TNF-α(圖4D)、IL-1β(圖4E)和CCL2(圖4F)蛋白水平***降低。這些結(jié)果表明Caspase-11缺陷抑制了MCD誘導(dǎo)的肝臟炎癥。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。肝脂肪變性課題分子生物學(xué)
提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的課題思路設(shè)計。M6a甲基化課題設(shè)計實驗
6.翻譯產(chǎn)物的序列組成
所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因為只有一小部分序列可以形成穩(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強有力的預(yù)測指標(biāo)，以鑒定隨機氨基酸序列中的真實蛋白質(zhì)。使用機器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評分。
7.質(zhì)譜/蛋白質(zhì)組學(xué)證據(jù)
質(zhì)譜法是準(zhǔn)確鑒定和表征蛋白質(zhì)的重要方法。已經(jīng)進(jìn)行了數(shù)個大規(guī)模質(zhì)譜實驗來研究人類蛋白質(zhì)組，但是即使考慮蛋白質(zhì)的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質(zhì)組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產(chǎn)物。作者通過設(shè)計新的分析流程，從蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質(zhì)譜圖，這些質(zhì)譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性O(shè)RF M6a甲基化課題設(shè)計實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗