六、INPP4B通過增強GSK3β的溶酶體降解促進(jìn)pi3k依賴的Wnt/β-catenin信號轉(zhuǎn)導(dǎo)
通過nanoString RNA譜分析，我們檢測了GFP-INPP4B和gfp載體表達(dá)MCF-7細(xì)胞中已知的**通路，結(jié)果顯示幾種Wnt/β-catenin通路基因的表達(dá)發(fā)生了改變(圖6a)。定量RTPCR證實GFP-INPP4B-MCF-7細(xì)胞中Wnt/β-catenin靶基因AXIN2(1.8倍)、LEF1(5.6倍)、DKK1(3.3倍)和MYCN(2倍)的mRNA表達(dá)增加，表明Wnt/β-catenin信號通路增加(圖6b)。它結(jié)合TCF/LEF轉(zhuǎn)錄因子，促進(jìn)Wnt靶基因的轉(zhuǎn)錄。Wnt/β-catenin信號通路被Wnt3a和R-spondin處理***，在這些條件下，與gfp載體對照相比，GFP-INPP4B細(xì)胞表現(xiàn)出AXIN2 mRNA表達(dá)和非磷酸化-β- catenins33 /S37/T41(活性-β-catenin)水平增加(圖6c, d)。 促進(jìn)了對定義腎臟細(xì)胞特性的基因和途徑的更深入的理解。標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
LncExpDB提供101293個人類lncRNA基因（對應(yīng)于331244個轉(zhuǎn)錄本）***且高質(zhì)量的**。它包含了這些lncRNA在337個生物學(xué)條件下的豐富表達(dá)譜，這些條件屬于九個重要的生物學(xué)背景，涉及正常組織/細(xì)胞系、*細(xì)胞系、亞細(xì)胞定位、外泌體、細(xì)胞分化、植入前胚胎、***發(fā)育、晝夜節(jié)律和病毒***.此外，LncExpDB識別了25191個特征lncRNA基因，并表征了24508個lncRNA基因和17345個mRNA基因之間的28443865個共表達(dá)相互作用。
基于跨多個生物環(huán)境的綜合表達(dá)譜，LncExpDB具有增值管理和分析功能，可提供可靠轉(zhuǎn)錄的lncRNA基因。因此，我們發(fā)現(xiàn)92016個lncRNA基因（90.8%）得到可靠轉(zhuǎn)錄證據(jù)的支持（表達(dá)值閾值為1TPM），在九個生物學(xué)背景中分布不均。在可靠轉(zhuǎn)錄的基因中，大多數(shù)(82.6%)在至少兩種生物環(huán)境中表達(dá)，3318個lncRNAs(3.6%)在所有9種環(huán)境中表達(dá)。 RNA PULLdown標(biāo)書國家自然科學(xué)基金在786-O和A498細(xì)胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實了這一關(guān)系.
數(shù)據(jù)庫還可以分析現(xiàn)有的化學(xué)品和基因相關(guān)數(shù)據(jù)，根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。
該數(shù)據(jù)庫還將解剖學(xué)及其相關(guān)表型與環(huán)境化學(xué)物質(zhì)聯(lián)系起來，使它們可計算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學(xué)和表型景觀的解剖學(xué)視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫(yī)學(xué)主題詞中“解剖學(xué)”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個用于解剖結(jié)構(gòu)和區(qū)域、生理系統(tǒng)、流體和組織、細(xì)胞和亞細(xì)胞成分的術(shù)語。 目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。
4）體外實驗表明，上調(diào)UCP1以減輕AKI期間的脂質(zhì)積累，可通過影響炎癥和凋亡，***抑制疾病進(jìn)展
越來越多的證據(jù)表明，在AKI中有明顯的脂質(zhì)積累和UCP1的異常表達(dá)，并與腎損傷的嚴(yán)重程度有很強的相關(guān)性。為了確定脂質(zhì)積累是否影響AKI期間的細(xì)胞功能，我們首先使用UCP1過表達(dá)慢病毒和UCP1激動劑CL316243構(gòu)建AKI細(xì)胞脂質(zhì)積累***模型。如圖4A所示，在AKI中上調(diào)UCP1***脂質(zhì)積聚，導(dǎo)致腎小管損傷指數(shù)、NGAL***下調(diào)，說明UCP1***脂質(zhì)積聚可***減輕模型細(xì)胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細(xì)胞損傷**重要和直接的原因，我們對上述細(xì)胞模型中的炎癥和凋亡標(biāo)記物進(jìn)行了量化。IL-1β、IL-6和TNF-α隨著UCP1的上調(diào)而***降低(圖4B-D)。在凋亡指標(biāo)Bax和C-caspase3中也觀察到類似的趨勢，而Bcl-2升高(圖4E)。***，通過TUNEL熒光染色直接定量評估細(xì)胞凋亡，證實上調(diào)UCP1緩解AKI模型細(xì)胞的凋亡(圖4F)。 FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。
與基因表達(dá)改變一致，白樺素處理以濃度依賴性的方式***減少了膽固醇和脂肪酸的從頭合成（圖3D-E）。此外，白樺素降低了細(xì)胞膽固醇（圖3F）和中性脂質(zhì)（主要是膽固醇酯和甘油三酸酯）的穩(wěn)態(tài)水平（圖3G）。兩者合計，我們的數(shù)據(jù)表明白樺素抑制SREBP加工并下調(diào)膽固醇和脂肪酸的生物合成，從而降低細(xì)胞脂質(zhì)水平。有趣的是，洛伐他汀顯著降低了膽固醇的合成（圖3D），但也適度地增加了脂肪酸的生物合成（圖3E），這可能是因為洛伐他汀是HMGCR的抑制劑，它可以阻斷膽固醇的合成，進(jìn)而刺激SREBP的活化，從而增加脂肪酸合成。FMT處理可能導(dǎo)致SCI后胃腸道消化活力變快。流式標(biāo)書江蘇
TRIM25是介導(dǎo)IGF2BPs泛素化的E3連接酶。標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
Western blot結(jié)果顯示，在不影響PLCE1表達(dá)的情況下，PLCE1和flag抗體可在50 kDa左右檢測到circPLCE1-411 。此外，qRT-PCR和western blot檢測表明，circPLCE1或circPLCE1-411并不影響PLCE1的含量。為了鑒定該蛋白，我們用轉(zhuǎn)染了flag標(biāo)記的circPLCE1載體的細(xì)胞裂解液進(jìn)行免疫沉淀分析。結(jié)果證明circPLCE1編碼了這種新蛋白。為了探索circPLCE1-411的潛在臨床意義，我們通過western blot分析了CRC樣本和正常鄰近組織中circPLCE1-411的表達(dá)。結(jié)果顯示，circPLCE1-411在大多數(shù)CRC組織中下調(diào)。此外，circPLCE1-411表達(dá)與**的臨床分期和T分期呈負(fù)相關(guān)。標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗