背景：超過100個(gè)不同的RNA修改特征已經(jīng)在過去的幾十年里,其中,該N6-methyladenosine(m6A)修改是**豐富的形式在真核mRNA。不同的m6A讀者蛋白優(yōu)先區(qū)分轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的RNAm6A景觀。在細(xì)胞質(zhì)中，大多數(shù)YTH(YTHDF1-3和YTHDC2)和IGF2BP(IGF2BP1-3)家族蛋白與m6a修飾的mrna結(jié)合并調(diào)節(jié)其穩(wěn)定性和翻譯。此外，其他蛋白質(zhì)可以結(jié)合m6a修飾的前體rna在細(xì)胞核內(nèi)，并影響其加工。
m6a相關(guān)基因缺陷影響多種生物過程。例如，metttl3的缺失導(dǎo)致受損的胚胎干細(xì)胞退出自我更新走向分化;抑制METTL14導(dǎo)致明顯的胚胎生長(zhǎng)遲緩;斑馬魚胚胎中YTHDF2的消融延遲了早期胚胎發(fā)育中的母-合子過渡。特別是，RNAm6a相關(guān)基因正在成為在各種**中促進(jìn)**啟動(dòng)和進(jìn)展的關(guān)鍵調(diào)控因子，包括肺*中的metttl3、肝*中的metttl14、白血病中的FTO和乳腺*中的ALKBH5。然而，m6A如何調(diào)節(jié)*變以及下游通路和機(jī)制如何傳遞這些信號(hào)尚不完全清楚。 短鏈脂肪酸與運(yùn)動(dòng)恢復(fù)/腸屏障通透性的相關(guān)性。RNA PULLdown標(biāo)書江蘇
3）腎小管細(xì)胞來源的外泌體促進(jìn)體內(nèi)腎纖維化為了研究腎小管來源的外泌體與UUO誘導(dǎo)的纖維化在體內(nèi)的相關(guān)性，我們使用UUO模型進(jìn)行了動(dòng)物研究，注射從TGF-β1處理的NRK-52E細(xì)胞中分離出來的TGFβ1-exos。在體內(nèi)，我們觀察到NRK-52E細(xì)胞PKH-67標(biāo)記的TGFβ1-Exos存在于梗阻的腎臟中。此外，與Ctrl-Exo相比，注射TGFβ1-Exo可以明顯誘導(dǎo)CD63和TSG101的表達(dá)。然后我們檢測(cè)了外泌體注射對(duì)UUO腎臟的影響。與Ctrl-Exos相比，TGFβ1-Exos促進(jìn)了UUO后7天阻塞腎臟中成纖維細(xì)胞的增殖，并加劇了纖維連接蛋白和膠原沉積。江蘇實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)標(biāo)書FMT可能通過***NF -κB信號(hào)通路來緩解腸道炎癥。
2、MAO-A直接調(diào)節(jié)TAM極化并影響TAM相關(guān)的T細(xì)胞抗**活性
為了確定MAO-A是否直接調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞，進(jìn)行一個(gè)骨髓（BM）轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)，從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細(xì)胞被連續(xù)轉(zhuǎn)移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中，然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞接種（圖2a）。在本實(shí)驗(yàn)中，MAO-A缺乏的比較***于免疫細(xì)胞。結(jié)果顯示免疫細(xì)胞中MAO-A缺陷導(dǎo)致**生長(zhǎng)抑制（圖2b-c），改變TAM極化（圖2d-f），增強(qiáng)**浸潤(rùn)C(jī)D8+T細(xì)胞***，表明MAO-A直接調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞抗**活性，特別是TAM極化和T細(xì)胞抗**反應(yīng)。
7）NOX4通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人體星形膠質(zhì)細(xì)胞的脂質(zhì)過氧化促進(jìn)鐵死亡
為了探討NOX4調(diào)控AD星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡的分子機(jī)制，我們檢測(cè)NOX4的升高是否能通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過氧化促進(jìn)鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測(cè)定了4-HNE在人星形膠質(zhì)細(xì)胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，與對(duì)照組相比，NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平，增加了質(zhì)膜中脂質(zhì)過氧化源性液滴的含量，細(xì)胞的形狀出現(xiàn)收縮(圖7A)。NOX4過表達(dá)使4-HNE陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7B)。NOX4過表達(dá)增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是，與對(duì)照組相比，NOX4的升高增加了鐵的積累，這是鐵死亡的特異性標(biāo)志(圖7D)。 采用非靶向代謝組學(xué)方法測(cè)量三組血清代謝產(chǎn)物?
TFAP2B也有類似的模式，它調(diào)節(jié)遠(yuǎn)端腎單位的發(fā)育30。TFAP2B轉(zhuǎn)錄因子活性在粗升肢和遠(yuǎn)端曲小管中增加(圖3b,motif活性)，TFAP2B染色質(zhì)可及性增加(圖3b，基因活性)，TFAP2B轉(zhuǎn)錄增加(圖3b，基因表達(dá))。我們對(duì)遠(yuǎn)曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細(xì)胞(PC)進(jìn)行了偽時(shí)間排序，這些細(xì)胞在snRNA和snATAC數(shù)據(jù)集中都形成了一組不同的轉(zhuǎn)錄相關(guān)細(xì)胞類型。在HNF4A中，觀察到近曲小管中有一個(gè)CCAN，在啟動(dòng)子、基因體和遠(yuǎn)端區(qū)域的差異開放區(qū)域(圖3c，紅框)之間有多個(gè)連接(紅色或藍(lán)色弧線)(圖3c)。與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現(xiàn)出相對(duì)更大的運(yùn)動(dòng)恢復(fù)。創(chuàng)傷性腦損傷標(biāo)書上海
DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。RNA PULLdown標(biāo)書江蘇
基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙酰化降低相關(guān)區(qū)域***富集，在T細(xì)胞記憶驅(qū)動(dòng)因子相關(guān)基序乙?；黾?，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對(duì)不同細(xì)胞狀態(tài)的長(zhǎng)期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對(duì)體外活化的T細(xì)胞進(jìn)行了ATAC-seq，觀察到染色質(zhì)開放性的整體降低，T細(xì)胞記憶相關(guān)基因區(qū)域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應(yīng)特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對(duì)體外活化T細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細(xì)胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細(xì)胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對(duì)記憶和效應(yīng)基因標(biāo)記，并使用AUCell比較富集評(píng)分，確定細(xì)胞池中不同的記憶樣和效應(yīng)樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細(xì)胞簇2和5是記憶樣細(xì)胞，8是效應(yīng)樣細(xì)胞，證明CDK4/6i抑制促進(jìn)異質(zhì)T細(xì)胞池中表型不同的亞群細(xì)胞的記憶分化，增***應(yīng)功能。RNA PULLdown標(biāo)書江蘇
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
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