我們已經(jīng)進行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對成熟人類腎臟中細胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測近端小管和厚升肢內(nèi)獨特細胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細胞特異性離子通透性的細胞異質(zhì)性。
一、人類成年腎臟的單細胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
1）成人腎臟中的單細胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析
snRNA-seq基于譜系特異性標記的表達(圖1c，補充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細胞類型(圖1b，補充圖1a)。檢測了近端小管(PT)、壁上皮細胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細胞(ENDO)、腎小球細胞類型(MES、PODO)、成纖維細胞(FIB)和少量白細胞(LEUK)(補充表2、補充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長期腎臟預后的預測因子。 FMT處理可恢復SCI小鼠中糞便短鏈脂肪酸(SCFAs)。細胞增殖標書
二、染色質(zhì)的可及性明確了細胞的類型
我們使用R包Signac來研究不同細胞類型間染色質(zhì)可及性的差異。細胞類型可以根據(jù)差異開放區(qū)域（DARs）是開放的還是封閉的來區(qū)分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細胞類型中的差異表達基因密切相關(guān)(補充表4)。例如，LRP2是一個表達在近端小管的譜系特異性基因，該區(qū)域的覆蓋圖顯示其啟動子和基因體內(nèi)ATAC峰的數(shù)量和幅度增加(圖2a)。事實上，大部分DAR都位于距離**近的轉(zhuǎn)錄起始位點3kb內(nèi)的啟動子區(qū)域(圖2b，補充圖7)。第二個**常見的位置是內(nèi)含子，DAR在不同細胞類型中的分布相對保守(圖2c)。 北京RNA甲基化標書E2F1是一種有效的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子.
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協(xié)議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質(zhì)可達性和高質(zhì)量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細胞類型特異性標記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識別細胞類型特異性聚類。
腸道菌群與結(jié)直腸* (CRC) 之間的關(guān)聯(lián)已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關(guān)的微生物作為早期檢測CRC的標志物。
對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結(jié)直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。
2.構(gòu)建腺瘤微生物模型
除了使用差異ASV作為關(guān)鍵指標，模型構(gòu)建中還包括α多樣性指數(shù)（Shannon指數(shù)，Simpson指數(shù)和ObservedASV）以及三個患者臨床指標（年齡，性別和體重指數(shù)（BMI））。**終構(gòu)建了包括八個差異性ASV（作為生物標記物）以及年齡，性別和BMI為**的模型，可區(qū)分對照對象與腺瘤患者（準確度：0.73，敏感性：0.82，特異性：0.62，精度：0.73，F(xiàn)1得分：0.77）。其中，用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達到了0.89的AUC（精度：0.80，靈敏度：0.66，特異性：0.90，精度：0.83和F1得分：0.72）。 Tempol是一種潛在的***多囊卵巢綜合征的策略。
通過circMYH9驗證了某些蛋白質(zhì)是否參與調(diào)節(jié)p53前mRNA的穩(wěn)定性。ChIP結(jié)合MS用于鑒定circMYH9的結(jié)合蛋白，在此過程中鑒定了42種蛋白質(zhì)，包括hnRNPA2B1。為了驗證MS結(jié)果，進行了RIP測定并觀察到circMYH9在由hnRNPA2B1抗體沉淀的復合物中的富集。hnRNPA2B1和circMYH9之間的相互作用被非生物素化的circMYH9以劑量依賴性方式競爭性抑制。免疫熒光共定位分析顯示circMYH9和hnRNPB2A1共定位在CRC細胞的細胞核中、皮爾遜相關(guān)分析（Rx）和相關(guān)系數(shù)分析（R）顯示顯示高度相關(guān)。
為了檢查hnRNPA2B1和p53前體mRNA的關(guān)聯(lián)，進行使用抗hnRNPA2B1的RIP測定，證明hnRNPA2B1與p53前體mRNA相互作用。使用生物素化的反義DNA探針提取了p53前體mRNA。hnRNPA2B1被共沉淀。hnRNPA2B1敲低導致p53的前體mRNA和蛋白質(zhì)水平降低。這些結(jié)果表明hnRNPA2B1可能對p53前體mRNA發(fā)揮穩(wěn)定作用。qPCR結(jié)果顯示hnRNPA2B1敲低可以消circMYH9缺失對p53pre-mRNA表達的促進作用，而hnRNPA2B1過表達可以挽救由circMYH9過表達誘導的p53前體mRNA的下調(diào)表達。 FMT處理對脊髓損傷后小鼠腸道屏障通透性有影響。SNP檢測標書服務兩年
采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。細胞增殖標書
2021年6月，***一篇發(fā)表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的；RIT1致病水平促進染色體分離錯誤。細胞增殖標書
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