另外，相對于對照組，在生理條件下，單獨(dú)使用siFth不能顯著增加ROS的產(chǎn)生。對鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關(guān)。與上述ROS結(jié)果一致。測量了鐵死亡的幾種推定生物標(biāo)志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達(dá)。如預(yù)期的那樣，與對照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞中，刮擦損傷的xCT表達(dá)顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達(dá)顯著增加。重要的是，與未經(jīng)***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達(dá)。另外，在生理條件下，單獨(dú)的siFth與對照組之間上述蛋白質(zhì)的表達(dá)沒有顯著差異。這些結(jié)果表明，用siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞易受機(jī)械性刮擦損傷誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化和鐵死亡的影響，而褪黑素在統(tǒng)計學(xué)上并未減輕損傷后的鐵死亡，并且siFth不會影響褪黑素受體的表達(dá)。FMT可能通過***IL-1β/ NF-κB信號通路來緩解神經(jīng)炎癥。重慶褪黑素標(biāo)書
4）CircMAPK1編碼109個氨基酸的新蛋白MAPK1-109aa
根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫circRNADb的預(yù)測結(jié)果，circMAPK1序列中包含一個開放閱讀框，起始密碼子為ATG，IRES位于274-327nt。這一觀察結(jié)果表明circMAPK1具有編碼109aa蛋白的潛能，本研究將其命名為MAPK1-109aa(圖4a)。為了驗(yàn)證預(yù)測的IRES在circMAPK1中的活性，我們進(jìn)行了雙熒光素酶檢測，結(jié)果顯示野生型IRES報告基因的熒光素酶活性明顯高于突變型IRES報告基因的熒光素酶活性(圖4b)。為了進(jìn)一步證實(shí)MAPK1-109aa的存在，我們將circMAPK1IRES突變質(zhì)粒和circMAPK1過表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)入HEK293T細(xì)胞。銀染色結(jié)果顯示，在分子量為13kDa時存在明顯的蛋白帶，與MAPK-109aa的預(yù)測大小一致。MS檢測到AMEIMLNSKLCL序列，與MAPK1-109aa含有特定C端序列LCL的氨基酸序列一致(圖4c)。為了檢測該多肽產(chǎn)物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。WesternBlot檢測40對胃*組織(圖4e)和細(xì)胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。 纖維化標(biāo)書服務(wù)兩年LAG抗體***富集ciRS-7但未富集circNDUFB2.
七、股骨和肝臟細(xì)胞在不同細(xì)胞類型之間的統(tǒng)計學(xué)差異
HSC/MPP簇中的細(xì)胞來源于肝臟，股骨和髖部，這為評估起源于胚胎肝臟或骨髓的HSC/MPP群體中潛在的定性和定量差異提供了機(jī)會。研究者首先對處于不同細(xì)胞周期狀態(tài)的肝臟和股骨細(xì)胞的數(shù)量進(jìn)行了Fisher精確檢驗(yàn)。結(jié)果顯示，在股骨和肝臟中，絕大多數(shù)CD-REF細(xì)胞處于G0/G1期，而肝臟中處于S-G2-M期的細(xì)胞數(shù)量幾乎是股骨的兩倍。KS和MWW檢驗(yàn)顯示，與肝臟相比，股骨中HSCs/MPPS中基因表達(dá)數(shù)量也比較少，但股骨中HSCs/MPPs***上調(diào)了與核小體組裝、染色質(zhì)組裝和DNA組裝有關(guān)的基因，而肝臟中HSC/MPPs***上調(diào)了與肌動蛋細(xì)胞骨架重塑、細(xì)胞粘附和遷移有關(guān)的基因。
單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對照研究中差異表達(dá)基因的識別以及細(xì)胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。 注射circSDHC敲低*細(xì)胞的小鼠比對照組表現(xiàn)出更少的惡病質(zhì).
6）上調(diào)UCP1減輕AKI中的脂質(zhì)積累，可***緩解體內(nèi)炎癥和凋亡
以上研究證實(shí)，在體外，上調(diào)UCP1可以通過抑制炎癥和凋亡來抑制AKI的進(jìn)展。為了探究其在體內(nèi)的作用，我們在腎多點(diǎn)注射模型中檢測了相應(yīng)的指標(biāo)。如圖6A-E所示，炎癥指標(biāo)CD68、IL-1β、IL-6、TNF-α均***降低，UCP1上調(diào)。在凋亡方面，凋亡指標(biāo)Bax和C-caspase3也隨著UCP1的上調(diào)而降低，而Bcl-2隨著UCP1的上調(diào)而升高(圖6F)。TUNEL熒光染色也直接證明了UCP1上調(diào)導(dǎo)致的凋亡減少(圖6G-H)。同樣，我們也使用UCP1激動劑CL316243在動物模型中證實(shí)了同樣的炎癥和凋亡趨勢(圖6I-P)。 第4周測定FITC標(biāo)記的葡聚糖(4kd)和血液中FITC水平。成都RNA甲基化標(biāo)書
脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現(xiàn)出腸道菌群紊亂而腸道失調(diào)加重SCI模型中的神經(jīng)損傷。重慶褪黑素標(biāo)書
tRNA衍生的小RNA (tDRs)***分布于血液和尿液等人體組織中，在**的進(jìn)展中發(fā)揮著重要作用。然而，tDRs在結(jié)直腸*(CRC)血漿中的表達(dá)及其潛在的診斷價值尚未得到系統(tǒng)的探討。目前有作者發(fā)現(xiàn)血漿中5'-tRF-GlyGCC的表達(dá)水平是一種很有前景的CRC診斷生物標(biāo)志物，該研究于2021年2月發(fā)布在《Genome Medicine》，IF：10.675。
大腸*CRC和健康志愿者HC血漿中tDRs的表達(dá)譜
為了研究tDRs在CRC和HC血漿中的表達(dá)譜，作者使用小RNA高通量測序分析了3名CRC和3名HC受試者血漿樣本中10-50bp范圍內(nèi)的小RNA(smRNA)。分析表明，在HCs和CRC血漿中，tDRs的豐度按5’-tRF>5’-half/i-tRF>3’-tRF>3’-half的順序降低。此外，大腸*血漿中5-tRF的比例***高于HCs，表明5’-tRF可能參與大腸*的發(fā)生和進(jìn)展。進(jìn)一步分析單個tDR譜的表達(dá)。分層聚類顯示HCs和HCs之間血漿中tDR表達(dá)存在系統(tǒng)性差異，分別在CRC和HCs中獲得628和745個tDR。進(jìn)一步分析CRC和HC血漿中5-tRFs的差異。結(jié)果顯示，CRC血漿中的5'-tRF譜與HC血漿中的5’-tRF譜有較大差異。 重慶褪黑素標(biāo)書
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7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)