m6A RNA甲基化是mRNA轉(zhuǎn)錄后**常見的內(nèi)部甲基化。這是一個由m6A WER系統(tǒng)控制的可逆過程,由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成,而m6A甲基化的**終結(jié)果取決于特異性閱讀器的識別并結(jié)合。目前研究發(fā)現(xiàn)抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關(guān)。該研究2021年1月發(fā)表在《Redox biology》,IF:11.799的期刊上。
1.YTHDC2表達(dá)在LUAD中被抑制,且與臨床預(yù)后差相關(guān)
為了驗(yàn)證m6A閱讀器在肺*的表達(dá),作者通過GEPIA數(shù)據(jù)庫分析了LUAD中已知的閱讀器,包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示,與正常肺相比,LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達(dá)下調(diào),而結(jié)合Oncomine數(shù)據(jù)庫和Kaplan-Meier圖譜進(jìn)一步分析,發(fā)現(xiàn)較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(guān)(圖1D),這證實(shí)了YTHDC2與LUAD存在負(fù)相關(guān)的關(guān)系。 英拜生物提供專業(yè)的編輯潤色團(tuán)隊(duì)保證服務(wù)到文章接收為止。信號通路科研地區(qū)科學(xué)基金
顯微圖像補(bǔ)充了流式細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù),顯示在來IFN-High的SLE的CD8+T細(xì)胞中,線粒體在形態(tài)上與IFN-Neg的SLE患者不同,在IFN-HighCD8+T細(xì)胞中,每個細(xì)胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述,這些數(shù)據(jù)表明,在SLE患者中,長期暴露IFNα可能會觸發(fā)CD8+細(xì)胞的線粒體變化,但不會觸發(fā)CD4+和T細(xì)胞的線粒體變化,這可能導(dǎo)致代謝紊亂的細(xì)胞,對其功能具有潛在的影響。
3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細(xì)胞的SRC減少
接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細(xì)胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細(xì)胞外通量分析儀,發(fā)現(xiàn)IFN-Neg患者的CD8+T細(xì)胞具有與HC相似的基礎(chǔ)和比較大耗氧量率(OCR),而IFN-High患者的CD8+T細(xì)胞表現(xiàn)出較少的基礎(chǔ)和比較大OCR(圖3a)。重要的是,在IFN-HighCD8+T細(xì)胞中,備用呼吸能力(SRC),反映細(xì)胞適應(yīng)能量需求增加的能力,***降低(圖3a)。 江蘇佝僂病大鼠模型科研大黃酸可以改變腸道菌群組成。
環(huán)狀RNA因參與多種生物的生物進(jìn)程、涉及多種疾病近年來被***關(guān)注,雖然阿爾茨海默病(AD)中CircRNA的差異表達(dá)譜已經(jīng)建立,但在基因表達(dá)和疾病相關(guān)認(rèn)知中,與AD直接相關(guān)的關(guān)鍵CircRNA的特征和功能尚不清楚。本文中,作者篩選并鑒定出AD相關(guān)的新CircRNA,CircCwc27,并探索其分子機(jī)制。本文于2021年9月發(fā)表在《FEBS Journal》上,IF=10.7。
CircCwc27在阿爾茲海默癥(AD)患者中上調(diào)表達(dá)異常的CircRNA可能直接導(dǎo)致疾病的發(fā)生,篩選AD早期相關(guān)的CircRNA,作者對6個月的APP/PS1轉(zhuǎn)基因小鼠和WT對照小鼠的海馬進(jìn)行了深度CircRNA測序,發(fā)現(xiàn)131個表達(dá)異常的CircRNA,其中上調(diào),下調(diào)*****的15個CircRNA在熱圖中顯示,與野生型小鼠相比,其中有4個***上調(diào)和4個***下調(diào)的CircRNA在APP/PS1轉(zhuǎn)基因小鼠的海馬體中表達(dá)。接下來對這8種CircRNA在AD患者的血漿和顳葉皮層中的水平進(jìn)行檢測,并比較了其在海馬體中的相對豐度。結(jié)果顯示,在AD患者的顳葉皮層和血漿中可以檢測到CircCwc27表達(dá)量較高,與在APP/PS1轉(zhuǎn)基因小鼠中觀察到的一致,而且CircCwc27在海馬體區(qū)表達(dá)上升*****。但線性Cwc27在皮層和海馬體中的表達(dá)均未發(fā)生變化。因此,將CircCwc27在AD中的功能特性作為研究的重點(diǎn)。
支持了轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,流式細(xì)胞術(shù)表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+TILs的比例***更高,這在不同的**模型中是一致的(Fig.1H)。為了檢驗(yàn)抑制CDK4/6對抗**T細(xì)胞免疫的長期功能效應(yīng),用CDK4/6i在短時(shí)間(抗**T細(xì)胞反應(yīng)**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠,然后停藥。在停止***時(shí),CDK4/6i處理小鼠和對照小鼠的**體積是相等的(Fig.1I-J)。引人注目的是,在停止***后,既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***,而對照組只有9只(Fig.1K)。總之,這些數(shù)據(jù)表明CDK4/6的藥理抑制促進(jìn)T細(xì)胞記憶,并產(chǎn)生能夠驅(qū)動有效和持續(xù)的抗**反應(yīng)的瘤內(nèi)T細(xì)胞室。代謝變化被認(rèn)為是腸病**重要的特征之一。
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布,導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標(biāo)記Mab414,它可以識別包括Nup62在內(nèi)的幾個Nups的FG結(jié)構(gòu)域,我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中,核膜上有一個主要的同質(zhì)的環(huán)狀標(biāo)記。非腦外傷對照組的腹神經(jīng)索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下,暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規(guī)則,顯示核形態(tài)紊亂。我們在腦外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團(tuán)塊)的出現(xiàn)(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細(xì)胞百分比明顯高于非TBI對照(圖2B)。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細(xì)胞質(zhì)共聚集,而對照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結(jié)果顯示,與對照組相比,tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽性細(xì)胞百分比***升高(圖2D)。Ran***1對Ran-GTP的水解對于核出口過程中貨物進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)至關(guān)重要。Ran***1維持核/細(xì)胞質(zhì)Ran梯度,其丟失會導(dǎo)致細(xì)胞死亡。在非tbi對照組大腦中,Ran***1在核膜內(nèi)分布均勻,少數(shù)細(xì)胞表現(xiàn)出強(qiáng)烈的核信號。 我們在人類胰腺*細(xì)胞系中過表達(dá)或敲除METTL14。江蘇運(yùn)動皮質(zhì)科研
大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。信號通路科研地區(qū)科學(xué)基金
背景:超過100個不同的RNA修改特征已經(jīng)在過去的幾十年里,其中,該N6-methyladenosine(m6A)修改是**豐富的形式在真核mRNA。不同的m6A讀者蛋白優(yōu)先區(qū)分轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的RNAm6A景觀。在細(xì)胞質(zhì)中,大多數(shù)YTH(YTHDF1-3和YTHDC2)和IGF2BP(IGF2BP1-3)家族蛋白與m6a修飾的mrna結(jié)合并調(diào)節(jié)其穩(wěn)定性和翻譯。此外,其他蛋白質(zhì)可以結(jié)合m6a修飾的前體rna在細(xì)胞核內(nèi),并影響其加工。
m6a相關(guān)基因缺陷影響多種生物過程。例如,metttl3的缺失導(dǎo)致受損的胚胎干細(xì)胞退出自我更新走向分化;抑制METTL14導(dǎo)致明顯的胚胎生長遲緩;斑馬魚胚胎中YTHDF2的消融延遲了早期胚胎發(fā)育中的母-合子過渡。特別是,RNAm6a相關(guān)基因正在成為在各種**中促進(jìn)**啟動和進(jìn)展的關(guān)鍵調(diào)控因子,包括肺*中的metttl3、肝*中的metttl14、白血病中的FTO和乳腺*中的ALKBH5。然而,m6A如何調(diào)節(jié)*變以及下游通路和機(jī)制如何傳遞這些信號尚不完全清楚。 信號通路科研地區(qū)科學(xué)基金
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4.二代測序:轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)