由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄,假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發(fā)現(xiàn)了5個潛在的轉錄結合區(qū)域和2個特異性結合位點(Fig. 8d)。隨后,用miR-934啟動子中含有p65結合區(qū)域的載體轉染SW480和RKO細胞;ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp(區(qū)域1)之間的區(qū)域內***增高,在其他四個結合區(qū)域中未觀察到明顯變化(Fig. 8e)。這些數(shù)據(jù)表明,區(qū)域1可能在調節(jié)CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對SW480和RKO細胞中miR-934啟動子的轉錄影響(Fig. 8f)。作者發(fā)現(xiàn)只有突變結合位點1可以下調p65的熒光素酶報告基因活性,抑制miR-934的轉錄表達,這證明p65可以通過結合位點1正向直接調節(jié)miR-934的表達(Fig. 8f)。此外,作者證明了SW480和RKO細胞中的突變結合位點1可以消除CXCL13的促進作用和NFκB/p65信號對miR-934表達的抑制作用(Fig. 8g,h)。綜上所述,這些結果證明CXCL13/CXCR5/NFκB/p65信號通路促進CRC細胞中miR-934的轉錄,形成一個正反饋回路,參與持續(xù)的M2巨噬細胞極化和CRC細胞的侵襲和轉移。英拜是您身邊的科研小助手。湖北人神經(jīng)束膜細胞科研
CircCwc27下調可預防APP/PS1小鼠Aβ沉積及相關的神經(jīng)退行性影響行為測試后,進一步探索CircCwc27對AD病理的影響。研究中用抗Aβ抗體對APP/PS1小鼠的腦切片進行染色,結果顯示,注射LV-shCircCwc27的小鼠斑塊負荷明顯減輕,還發(fā)現(xiàn)注射LV-shCircCwc27后,皮質和海馬的可溶性和不可溶性aβ40和aβ42也持續(xù)減少。此外,APP/PS1小鼠中,CircCwc27的表達與Aβ40和aβ42的水平呈正向關。鑒于LV-sh-CircCwc27注射液對斑塊沉積的保護作用,我們通過LAMP1抗體免疫染色檢測了CircCwc27敲低是否影響軸突萎縮,因為在AD小鼠模型中,LAMP1陽性營養(yǎng)不良神經(jīng)突與Aβ斑塊密切相關。我們發(fā)現(xiàn)注射LV-sh-CircCwc27的小鼠海馬中Aβ與營養(yǎng)不良神經(jīng)突共定位的面積***減少。此外,還確定了CircCwc27對突觸完整性的,LV-sh-CircCwc27注射并不影響突觸相關蛋白的表達,而在APP/PS1小鼠中則***防止突觸相關蛋白降低。小鼠腦切片免疫熒光染色進一步證實了上述結果。神經(jīng)炎癥是AD的另一個重要病理標志。研究中注射LV-sh-CircCwc27***降低了APP/PS1小鼠小膠質細胞和星形膠質細胞的活性。以上結果表明,敲除CircCwc27在AD的神經(jīng)炎癥和神經(jīng)退行性影響中具有保護作用。湖北功能機制研究科研FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關,通過FISH和亞細胞定位實驗發(fā)現(xiàn)ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質和細胞核均有表達(SupplementalFigure7A,B)。并且通過RNA-pulldown實驗,發(fā)現(xiàn)在分子量35~40kDa上有明顯的條帶(Figure4A)。對此,通過質譜(MS)和Westernblot分析顯示,hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白(Figure4B-D)。熒光染色和RNA免疫沉淀(RIP)證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位,并且ELNAT1通過內源性hnRNPA1富集(Figure4E,F),進一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。
對snATAC-seq數(shù)據(jù)集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾,以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明,所有主要的細胞類型都存在于這兩個數(shù)據(jù)集中,并且在檢測和分配細胞身份方面,snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析,這是通過對snatc -seq數(shù)據(jù)集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是,snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群,這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SLC5A2具有更強的染色質可及性;而PST在編碼SGLT1的SLC5A1(圖1f,補充圖4)中表現(xiàn)出更強的可達性。SGLT2在近端小管S1和S2段重新吸收葡萄糖,SGLT1位于S3。英拜提供生命科學內的一體化服務。
在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后,我們試圖闡明其潛在的關系。首先,我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示,UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明,UCP1參與了AKI中脂質積累的調節(jié)。為了進一步驗證這一調控關系,提高證據(jù)的可靠性,我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示,過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***,使用UCP1激動劑CL316243在AKI動物模型中誘導UCP1過表達,也觀察到了相同的結果(圖3F-H)。因此,所有證據(jù)表明,隨著UCP1表達的增加,AKI模型中的脂質含量降低。增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。CAR-T科研服務兩年
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miR-144在鼻咽*細胞釋放的EVs中高度富集
接下來,為了確定**分泌的miR-144是否具有通過EVs細胞外通信影響**-微環(huán)境串擾的能力,我們首先從C666-1、SUNE1和NP69細胞中分離EVs。透射電子顯微鏡(TEM)觀察發(fā)現(xiàn),納米顆粒的直徑為30~100nm,每個囊泡呈杯狀(圖2A)。免疫印跡顯示,與相應的細胞裂解液相比,這些來自C666-1、SUNE1和NP69細胞的納米顆粒中存在常見的EVs特異性標記物,包括CD9、CD63和TSG101,而內質網(wǎng)膜蛋白calnexin明顯缺失(圖2B)。納米顆粒示蹤分析(NTA)進一步顯示EV的平均直徑為94.1nm(C666-1細胞)、90.5nm(SUNE1細胞)和68.5nm(NP69細胞)(圖2C)。此外,我們檢測了C666-1、SUNE1和NP69細胞衍生EVs的表面電荷(圖2D)。添加RNase對這三種細胞系的EVs中miR-144的表達沒有影響,而TritonX-100處理的細胞中miR-144的表達明顯降低,說明細胞膜對miR-144的表達具有保護作用(圖2E)。結果表明,這三種細胞系的EVs具有穩(wěn)定的膜態(tài),對RNA具有保護作用。通過qRT-PCR檢測EVs中miR-144的表達,結果顯示miR-144在鼻咽*細胞EVs中表達高水平(圖2F)。這些發(fā)現(xiàn)為miR-144在npc細胞來源的ev中上調提供了證據(jù)。 湖北人神經(jīng)束膜細胞科研
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗