自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。
1.構(gòu)建LIR預(yù)測模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測，并對預(yù)測到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預(yù)測
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進行整合，獲得2,963,952個獨特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報道過與**自噬有關(guān)。 英拜提供春節(jié)回家探親車費補貼。遼寧炎癥反應(yīng)與自身免疫科研
8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環(huán)路在CRLM期間介導(dǎo)M2巨噬細胞和CRC細胞之間的相互作用
如Fig.8a所示，WB顯示，與對照組相比，SW480和RKO細胞中，CXCL13促進p65磷酸化，NFκB、MMP2和MMP9的表達上調(diào)而IκBα的表達下調(diào)。CXCR5表達下調(diào)可部分減弱CXCL13的增強作用。此外，PMA處理的THP-1細胞用miR-934mimics預(yù)處理，然后與SW480細胞或RKO細胞與anti-CXCL13抗體共培養(yǎng)，或與shCXCR5共培養(yǎng)。我們發(fā)現(xiàn)CRC細胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934過表達誘導(dǎo)的NFκB信號通路的活化（Fig.8b）。值得注意的是，helenalin抑制NFκB/p65信號后，SW480和RKO細胞中miR-934、MMP2和MMP9的表達***低于對照組（Fig.8c），這表明miR-934也可能通過正反饋回路被NFκB/p65信號正調(diào)控。 Wnt信號科研省自然科學(xué)基金英拜提供生命科學(xué)內(nèi)的一體化服務(wù)。
相比之下，LPS處理不影響Caspase-11缺陷小鼠原代肝細胞的Gsdmd-N水平，且Gsdmd-N水平***低于野生型小鼠原代肝細胞。此外，LPS誘導(dǎo)野生型原代肝細胞中IL-1β(圖6E)、ALT(圖6F)和AST(圖6G)的表達。相反，在Caspase11缺陷的原發(fā)性肝細胞中，LPS誘導(dǎo)的IL-1β(圖6E)、ALT(圖6F)和AST(圖6G)的產(chǎn)生***減少。綜上所述，Caspase-11的缺失抑制了LPS誘導(dǎo)的Caspase-11和GSDMD的體外***。
7.抑制NF-kB可抑制LPS和MCD誘導(dǎo)的Caspase-11
表達NF-kB已被證明在Caspase-11的表達和NASH發(fā)展中起重要作用。為了檢測NF-kB是否參與LPS和MCD誘導(dǎo)的Caspase-11表達，我們在LPS處理的原代肝細胞和MCD處理的小鼠中使用NF-kB抑制劑JSH-23。如圖7A所示，LPS處理促進了Caspase-11mRNA的表達，而JSH-23則抑制了LPS誘導(dǎo)的caspase-11的上調(diào)。相應(yīng)的，我們檢測到LPS處理的原代肝細胞中pro-caspase-11蛋白水平***升高，而JSH-23/LPS處理的原代肝細胞中pro-caspase-11蛋白水平***降低(圖7B和C)。MCD處理誘導(dǎo)野生型小鼠肝臟中Caspase-11mRNA(圖7D)和蛋白(圖7E和F)的表達。相比之下，JSH-23***可抑制MCD誘導(dǎo)的Caspase-11的表達。
二、G4穩(wěn)定性在基因區(qū)和非基因功能區(qū)之間存在差異
根據(jù)穩(wěn)定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩(wěn)定G4基因座”（342778個），低于19分的為“不穩(wěn)定G4基因座”（327298個），繪制穩(wěn)定性得分分布圖：
三、G4功能受到不同基因區(qū)域的限制
HKT檢驗顯示，G4基因座的進化取決于它們位于哪個基因組件內(nèi)。G4基因座在上游、下游基因區(qū)域、5'UTR、3'UTR的優(yōu)勢比***大于1。位于增強子、復(fù)制起點以及在TAD邊界區(qū)域的G4基因座優(yōu)勢比都很高，這一發(fā)現(xiàn)表明這三種區(qū)域的G4基因座是有功能的。
這項工作表明， G4 的覆蓋率、密度、預(yù)測穩(wěn)定性和選擇壓力取決于它們所在的基因成分和非基因功能區(qū)域。自然選擇在基因組的某些功能區(qū)域中保持了高密度的 G4 位點和高穩(wěn)定性的 G4 結(jié)構(gòu)，以及在其他功能區(qū)中保持低密度和低穩(wěn)定性。每個特定區(qū)域組的情況可能取決于維持功能性 G4 的選擇壓力與容納此類結(jié)構(gòu)的成本之間的平衡。 英拜提供一年三節(jié)的購物卡津貼。
另外，相對于對照組，在生理條件下，單獨使用siFth不能顯著增加ROS的產(chǎn)生。對鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關(guān)。與上述ROS結(jié)果一致。測量了鐵死亡的幾種推定生物標(biāo)志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達。如預(yù)期的那樣，與對照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細胞中，刮擦損傷的xCT表達顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達顯著增加。重要的是，與未經(jīng)***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達。另外，在生理條件下，單獨的siFth與對照組之間上述蛋白質(zhì)的表達沒有顯著差異。這些結(jié)果表明，用siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細胞易受機械性刮擦損傷誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化和鐵死亡的影響，而褪黑素在統(tǒng)計學(xué)上并未減輕損傷后的鐵死亡，并且siFth不會影響褪黑素受體的表達。降低腸上皮細胞尿酸的產(chǎn)生。細胞能動性科研
大黃酸可以改變腸道菌群組成。遼寧炎癥反應(yīng)與自身免疫科研
4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用
由于lncRNA的分子功能與其亞細胞定位相關(guān)，通過FISH和亞細胞定位實驗發(fā)現(xiàn)ELNAT1在UM-UC-3和T24細胞的細胞質(zhì)和細胞核均有表達（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實驗，發(fā)現(xiàn)在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質(zhì)譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細胞中的共定位，并且ELNAT1通過內(nèi)源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進一步驗證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 遼寧炎癥反應(yīng)與自身免疫科研
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