三、染色質(zhì)可及性與細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子活性和染色質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)有關(guān)
HNF4A編碼驅(qū)動(dòng)近端小管分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子。chromVAR檢測(cè)到近端小管DAR中HNF4A結(jié)合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質(zhì)可及性增強(qiáng)(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數(shù)據(jù)集中HNF4A轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)(圖3b，基因表達(dá))所支持的。我們通過染色質(zhì)免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗(yàn)證了HNF4A與腎近端小管上皮細(xì)胞(RPTEC，補(bǔ)充圖8a)中選定的靶基因位點(diǎn)(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預(yù)測(cè)的HNF4A結(jié)合位點(diǎn)的結(jié)合。 然而，在RPTEC中可檢測(cè)到HNF4A的表達(dá)水平低于腎皮質(zhì)，這表明HNF4A與該細(xì)胞類型中的這些位點(diǎn)具有強(qiáng)大的相互作用(補(bǔ)充圖8b)。 大黃酸處理改變腸道菌群組成。動(dòng)物學(xué)科研整體服務(wù)
6）NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程而誘導(dǎo)氧化應(yīng)激
我們研究了NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程來誘導(dǎo)氧化應(yīng)激。與對(duì)照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導(dǎo)致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來研究NOX4是否可以影響人類星形膠質(zhì)細(xì)胞中NRF2信號(hào)通路，這是細(xì)胞抗氧化反應(yīng)的關(guān)鍵調(diào)控因子。與對(duì)照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細(xì)胞質(zhì)中的核易位(圖6D)。此外，NRF2靶基因HO-1和GCL的水平和活性在人星形膠質(zhì)細(xì)胞中被NOX4過表達(dá)***抑制(圖6E和F)。這些結(jié)果表明，NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷通過抑制人星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程而誘導(dǎo)氧化應(yīng)激。 廣州細(xì)胞因子芯片科研結(jié)腸炎也會(huì)導(dǎo)致促炎細(xì)胞因子或趨化因子的增加。
我們已經(jīng)進(jìn)行了snATAC-seq和snRNA-seq來研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對(duì)成熟人類腎臟中細(xì)胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個(gè)包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜(/SingleCell/)。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測(cè)近端小管和厚升肢內(nèi)獨(dú)特細(xì)胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細(xì)胞特異性離子通透性的細(xì)胞異質(zhì)性。一、人類成年腎臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析1）成人腎臟中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析snRNA-seq基于譜系特異性標(biāo)記的表達(dá)(圖1c，補(bǔ)充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細(xì)胞類型(圖1b，補(bǔ)充圖1a)。檢測(cè)了近端小管(PT)、壁上皮細(xì)胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠(yuǎn)端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細(xì)胞(ENDO)、腎小球細(xì)胞類型(MES、PODO)、成纖維細(xì)胞(FIB)和少量白細(xì)胞(LEUK)(補(bǔ)充表2、補(bǔ)充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達(dá)增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達(dá)了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長(zhǎng)期腎臟預(yù)后的預(yù)測(cè)因子。
二、INPP4B增強(qiáng)pik3a突變ER+乳腺*和乳腺上皮細(xì)胞增殖
GFP-INPP4B在MCF-7和T47D ER+乳腺*細(xì)胞中表達(dá)，這兩種細(xì)胞分別有PIK3CAE545K和PIK3CAH1047R高活化突變.*細(xì)胞進(jìn)行非錨定細(xì)胞生長(zhǎng)的能力是細(xì)胞轉(zhuǎn)化的一個(gè)標(biāo)志。GFP-INPP4B***增加了軟瓊脂中MCF-7細(xì)胞集落大小(2.1倍)和T47D細(xì)胞集落大小(1.8倍)，但對(duì)集落數(shù)量沒有影響(圖2a-c)。與細(xì)胞增殖增加相一致。與載體對(duì)照相比，GFP-INPP4B在血清剝奪后增強(qiáng)了MCF-7細(xì)胞的增殖(1.7倍)(圖2d, e)，但不影響在含血清培養(yǎng)基中生長(zhǎng)的MCF-7細(xì)胞的增殖。過表達(dá)GFPINPP4B的MCF-7細(xì)胞中，egf刺激的AKTS473和AKTT308磷酸化水平略有降低(圖2f-h)。 增加乳酸桿菌水平導(dǎo)致尿酸水平下降。
三、INPP4B促進(jìn)晚期核內(nèi)體上PI(3,4)P2到PI(3)P的轉(zhuǎn)化
使用了幾種基于無偏性蛋白質(zhì)組學(xué)的技術(shù)來表征INPP4B在pik3a突變ER+乳腺*中的下游信號(hào)功能。首先，利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)進(jìn)行全細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究，確定GFP-INPP4B與gfp載體表達(dá)MCF-7細(xì)胞中蛋白水平的差異(2倍)。功能注釋分析顯示，inpp4b過表達(dá)細(xì)胞中上調(diào)的蛋白與內(nèi)溶酶體系統(tǒng)密切相關(guān)，內(nèi)溶酶體系統(tǒng)是介導(dǎo)細(xì)胞外受體和貨物內(nèi)化和降解的囊泡運(yùn)輸途徑(圖3a)。免疫沉淀質(zhì)譜(IP-MS)對(duì)受EGF刺激的MCF-7細(xì)胞進(jìn)行GFP-INPP4B蛋白復(fù)合物的分析，以***I類PI3K信號(hào)。從該分析中鑒定出的**富集的結(jié)合伙伴是RAB7A (Rab7)，這是一種定位于晚期核內(nèi)體的小GTPase(圖3b)。GFP-INPP4B與內(nèi)源性Rab7的共免疫共沉淀證實(shí)了INPP4B與Rab7的結(jié)合(圖3c)。通過免疫電鏡進(jìn)一步分析INPP4B定位于晚期核內(nèi)體，結(jié)果顯示GFPINPP4B定位于晚期核內(nèi)體的限制膜和內(nèi)膜(圖3d)，之前的研究已經(jīng)確定了PI(3,4)P2和PI(3)P。 英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。上海芯片定制服務(wù)科研
N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細(xì)胞mRNA修飾。動(dòng)物學(xué)科研整體服務(wù)
蛋白降解靶向嵌合體(Proteolysis-TargetingChimeras,PROTACs)是一種新的具有良好前景的藥物類型，其結(jié)構(gòu)類似于啞鈴，通過一個(gè)連接子(linker)連接“靶蛋白的配體”以及“E3泛素連接酶的招募配體”，即泛素-蛋白酶體系統(tǒng)選擇性降解靶蛋白。已成為一種新型***技術(shù)，具有優(yōu)于傳統(tǒng)抑制策略的潛在優(yōu)勢(shì)。***講一篇浙江大學(xué)侯廷軍教授團(tuán)隊(duì)發(fā)表在NucleicAcidsResearch期刊上的關(guān)于PROTAC在線數(shù)據(jù)庫(kù)的文章，文章提名為PROTAC-DB:anonlinedatabaseofPROTACs。PROTAC這項(xiàng)技術(shù)仍日趨成熟，但PROTAC的設(shè)計(jì)仍然是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)。為了促進(jìn)PROTAC的合理設(shè)計(jì)，文章提出PROTAC-DB，這是一個(gè)基于Web的開放訪問數(shù)據(jù)庫(kù)，它集成了PROTAC的結(jié)構(gòu)信息和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。動(dòng)物學(xué)科研整體服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)