ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS)是-種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區(qū)域,并進行Bisulfite測序,同時實現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測的高分辨率和測序數(shù)據(jù)的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關(guān)。RRBS作為-種高性價比的甲基化研究方法,在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有***的應(yīng)用前景。技術(shù)優(yōu)勢精確度高:在其覆蓋范圍內(nèi)可達到單堿基分辨率;重復(fù)性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區(qū)域更有針對性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結(jié)果充分證明"了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為--種更高效經(jīng)濟的研究方法,可應(yīng)用于檢測全基因組啟動子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細胞M2極化促進CRC肝轉(zhuǎn)移。廣州異丁醇科研
證實替莫唑胺（TMZ，膠質(zhì)瘤化療藥）抗性組織的 MGMT 啟動子甲基化比例低于 TMZ 敏感樣品。為了探討circ_0072083 是否參與膠質(zhì)瘤中的TMZ抗性，測量了circ_0072083在抗性和敏感組織中的表達變化。TMZ 抗性組織（n ?= 36）中的circ_0072083 豐度高于敏感組織（n ?= 33）。此外，構(gòu)建了TMZ抗性細胞系（U251/TR和U87/TR），其 TMZ的IC50 高于敏感細胞。circ_0072083在抗性細胞（U251/TR和U87/TR）中的豐度比敏感細胞（U251和U87）增加了2 倍以上。此外，還分析circ_007208的信息和結(jié)構(gòu)CircView軟件顯示circ_0072083 是ZFR轉(zhuǎn)錄本的外顯子 2 與外顯子20的反向剪接產(chǎn)生的。此外，在兩種細胞系中，circ_0072083對放線菌素D和RNase R的抗性比相應(yīng)的線性RNA更強，表明 circ_0072083 的圓形結(jié)構(gòu)。此外，circ_0072083主要在U251/TR和U87/TR細胞的細胞質(zhì)中表達。為了抑制細胞中的circ_0072083，構(gòu)建了三種靶向 circ_0072083 剪接點的siRNA，并證實了它們的功效。染色科研分子生物學(xué)實驗思路是您的操作我們來做。
一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標(biāo)記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(guān)(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發(fā)人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(圖1c)。INPP4B表達降低與三陰性乳腺*相關(guān)，而***增加的INPP4B表達在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(guān)(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數(shù)據(jù)集，我們發(fā)現(xiàn)只有1%的乳腺*表現(xiàn)出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達與PTEN或AKT1突變無關(guān)，但與pik3a突變狀態(tài)正相關(guān)(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發(fā)現(xiàn)，INPP4B高表達與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(guān)(圖1f)。
與coaccessibilityscore較高的Cicero連接相比，coaccessibilityscore較低的Cicero連接在GeneHancerdoubleelite數(shù)據(jù)庫中的可能性較小(p<2.21016，卡的平方)。在近端曲小管內(nèi)，大部分Cicero連接要么在啟動子區(qū)域內(nèi)，要么在啟動子和另一個位置之間(圖3d)，這種分布在其他細胞類型中也類似(補充圖11)。轉(zhuǎn)錄因子活性與轉(zhuǎn)錄因子表達有適度的相關(guān)性(Pearsonr2=0.36,p值=4.21012，圖3e)。推測motif活性與轉(zhuǎn)錄因子表達呈正相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子可能在DAR中扮演轉(zhuǎn)錄***因子的角色，而負(fù)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子則扮演轉(zhuǎn)錄抑制因子的角色。令人驚訝的是，糖皮質(zhì)***受體(NR3C1)的motif活性與表達呈正相關(guān)，而礦皮質(zhì)***受體(NR3C2)則呈負(fù)相關(guān)(圖3f)。英拜提供生命科學(xué)內(nèi)的一體化服務(wù)。
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學(xué)功能，我們進行了細胞實驗。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉(zhuǎn)染對CRC細胞增殖沒有影響。此外，細胞遷移和傷口愈合實驗也顯示，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細胞遷移和侵襲，而轉(zhuǎn)染circPLCE1-ATGmut對CRC細胞遷移沒有影響。這些數(shù)據(jù)表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細胞的增殖和遷移。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調(diào)節(jié)因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。天津神經(jīng)科研
降低腸上皮細胞尿酸的產(chǎn)生。廣州異丁醇科研
然后，我們在H460和H1299細胞中測量了USP35敲除和TKI之間的協(xié)同效應(yīng)，數(shù)據(jù)表明USP35沉默在體內(nèi)和體外使H460和H1299細胞對GFB化療敏感(圖9F-H)。值得注意的是，EGFR突變的肺*細胞對TKI更敏感，因此我們評估了USP35沉默是否會使H1650細胞對GFB化療敏感。如圖9I，J所示，USP35沉默進一步抑制了GFB***后H1650細胞的生長、集落形成和**進展。總的來說，USP35缺乏的肺*細胞對化療藥物更敏感。
結(jié)論：FPN蛋白穩(wěn)定性和肺*細胞的鐵輸出需要USP35，從而保持細胞內(nèi)鐵穩(wěn)態(tài)和**生長。而USP35敲除通過減少游離鐵輸出增加細胞內(nèi)LIP水平和鐵死亡，并伴隨著肺*細胞生長、定殖和**形成的減少，以及對DDP和PTX化學(xué)敏感性的增加。因此USP35是一個很有前途的肺****靶點。 廣州異丁醇科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗