1）DRD2通過啟動子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。浙江免疫病理芯片科研
TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。江蘇免疫組化科研英拜的高通量測序服務(wù)質(zhì)量。
接下來研究RASA1是否參與了CRC細(xì)胞中外泌體miR-335-5p對遷移、侵襲和EMT的誘導(dǎo)。蛋白質(zhì)印跡分析顯示，miR-335-5p模擬物-exo增加了Ras和波形蛋白的蛋白水平，但降低了RASA1和E-鈣粘蛋白的蛋白水平；對于RASA1過表達(dá)，觀察到這些蛋白質(zhì)的反向表達(dá)趨勢。此外，RASA1過表達(dá)逆轉(zhuǎn)了miR-335-5p模擬物-exo誘導(dǎo)的SW480細(xì)胞遷移和侵襲。這些結(jié)果表明外泌體miR-335-5p可能通過靶向RASA1誘導(dǎo)遷移、侵襲和EMT。
該研究揭示了外泌體 miR-335-5p 在 CRC 轉(zhuǎn)移中的新功能，并闡明了外泌體包裹的 miR-335-5p 通過直接靶向 RASA1 促進(jìn) CRC 細(xì)胞侵襲、轉(zhuǎn)移和 EMT 轉(zhuǎn)化。 這些發(fā)現(xiàn)強(qiáng)烈表明外泌體 miR-335-5p 可能是一種預(yù)后生物標(biāo)志物，并為解決 CRC 轉(zhuǎn)移提供有價(jià)值的***策略。
由于RPS3是NF-κB的重要調(diào)控因子，我們進(jìn)一步分析了circPLCE1對NF-κB信號通路的影響。Western blot結(jié)果顯示，過表達(dá)circPLCE1-411導(dǎo)致全細(xì)胞提取物中p-P65表達(dá)降低，細(xì)胞核中P65表達(dá)下調(diào)。正如預(yù)期的那樣，核P65的DNA結(jié)合活性也減弱了。相反，circPLCE1-411敲低則上調(diào)了全細(xì)胞提取物中p-P65的蛋白水平，增加了細(xì)胞核中P65的積累，增強(qiáng)了細(xì)胞核中P65的DNA結(jié)合活性。綜上所述，circPLCE1-411結(jié)合HSP90α的N端，促進(jìn)RPS3與HSP90α/RPS3復(fù)合物的解離，導(dǎo)致RPS3的泛素依賴性降解，抑制NF-κB信號。2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。
3、CDK4/6抑制劑促進(jìn)記憶形成通過RB介導(dǎo)的G1停滯
為了確定驅(qū)動CDK4/6i誘導(dǎo)的記憶，對調(diào)節(jié)記憶標(biāo)記的基因CD62L(SELL)，進(jìn)行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫轉(zhuǎn)導(dǎo)表達(dá)Cas9的JurkatT細(xì)胞（CDK4/6抑制后上調(diào)CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對未能上調(diào)CD62L的細(xì)胞進(jìn)行熒光***細(xì)胞分選(Fig.3A)。對分選群體進(jìn)行測序發(fā)現(xiàn)，靶向RB轉(zhuǎn)錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理?xiàng)l件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導(dǎo)CD62L上調(diào)所必須的。隨后對急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jurkat細(xì)胞和活化的原代小鼠CD8+T細(xì)胞進(jìn)行了整體磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析(Fig.3C)。 專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。氨基酸代謝科研整體服務(wù)
大黃酸處理改變腸道菌群組成。浙江免疫病理芯片科研
環(huán)狀RNA（circRNA）在**進(jìn)展和代謝調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用。絲氨酸/甘氨酸代謝通過促進(jìn)*細(xì)胞的合成代謝需求和表觀基因組以及調(diào)節(jié)其氧化還原狀態(tài)來支持*細(xì)胞的生長。然而，circRNA在調(diào)節(jié)絲氨酸/甘氨酸(SG)代謝中的作用尚未得到很好的闡明。***講一篇關(guān)于circRNA調(diào)節(jié)絲氨酸/甘氨酸代謝的文章，改文章發(fā)表于Molecular Cancer期刊，影響因子27.4。文章題名為：CircMYH9 drives colorectal cancer growth by regulating serine metabolism and redox homeostasis in a p53-dependent manner。浙江免疫病理芯片科研
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