二、染色質(zhì)的可及性明確了細(xì)胞的類型
我們使用R包Signac來(lái)研究不同細(xì)胞類型間染色質(zhì)可及性的差異。細(xì)胞類型可以根據(jù)差異開放區(qū)域（DARs）是開放的還是封閉的來(lái)區(qū)分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細(xì)胞類型中的差異表達(dá)基因密切相關(guān)(補(bǔ)充表4)。例如，LRP2是一個(gè)表達(dá)在近端小管的譜系特異性基因，該區(qū)域的覆蓋圖顯示其啟動(dòng)子和基因體內(nèi)ATAC峰的數(shù)量和幅度增加(圖2a)。事實(shí)上，大部分DAR都位于距離**近的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)3kb內(nèi)的啟動(dòng)子區(qū)域(圖2b，補(bǔ)充圖7)。第二個(gè)**常見的位置是內(nèi)含子，DAR在不同細(xì)胞類型中的分布相對(duì)保守(圖2c)。 英拜生物您隨身的科研小助手。骨折鼠模型科研國(guó)家自然科學(xué)基金
隨后，通過進(jìn)行spearman分析，研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系，以測(cè)試33個(gè)屬與52個(gè)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)聯(lián)，其中有11個(gè)代謝物與各屬均無(wú)***相關(guān)(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關(guān)，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個(gè)屬***相關(guān)。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關(guān)性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(guān)(圖7B-C)。當(dāng)tempol干預(yù)改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時(shí)，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。壞死性小腸結(jié)腸炎小鼠模型科研服務(wù)兩年代謝變化被認(rèn)為是腸病**重要的特征之一。
二、腸道微生物群落動(dòng)態(tài)變化
確定每個(gè)個(gè)體部位12個(gè)**豐富的科。HSCT后，在腸內(nèi)第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開始的第3個(gè)月恢復(fù)到27.5%(圖2A)。同時(shí)，腸球菌科在II期的擴(kuò)張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預(yù)檢:2%;第3個(gè)月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個(gè)支系(共102個(gè)ASVs)，這些支系在時(shí)間點(diǎn)上對(duì)樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個(gè)相當(dāng)有鑒別能力且LDA系數(shù)為正的進(jìn)化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個(gè)月開始，它們的豐度再次下降到與預(yù)處理時(shí)間相當(dāng)?shù)乃?圖2C)。其中，ASV78的數(shù)量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16SrRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項(xiàng)PCA分析也支持這些發(fā)現(xiàn)(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。
在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質(zhì)編碼基因BCL9L。 BCL9L在10種**類型的**組織中***上調(diào)。其表達(dá)水平與m6A信號(hào)呈正相關(guān)（r=?0.35）和m6A亞型在總?cè)丝谥?。在?薈萃分析（HR）中，BCL9L的高表達(dá)與總體生存率降低***相關(guān)。這一發(fā)現(xiàn)在6個(gè)外部驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中得到證實(shí)，包括肺*，胃*，乳腺*，肝*和卵巢*，乳腺*。BCL9L是Wnt信號(hào)通路的重要成員，與Wnt信號(hào)通路的ssGSEA富集分?jǐn)?shù)***相關(guān)。在參與Wnt信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的5個(gè)m6A互作基因（MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2）中，BCL9L與MYC有很強(qiáng)的相關(guān)性（r=?0.34）和CTNNB1（r=?0.36）。
此外，我們驗(yàn)證了外部數(shù)據(jù)集中的109個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。在PFDR的meta分析中，40個(gè)基因（37.7%）與生存率相關(guān)<0.05，表明它們?cè)?*中起重要作用?？傊?，這項(xiàng)研究表明m6A調(diào)節(jié)因子和相互作用基因可能在**預(yù)后中起重要作用。我們對(duì)m6A模式的系統(tǒng)評(píng)價(jià)提高了對(duì)**微環(huán)境中RNA甲基化失調(diào)的理解。預(yù)測(cè)的相互作用靶基因可能為臨床***靶點(diǎn)提供更多的信息。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。
6）NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程而誘導(dǎo)氧化應(yīng)激
我們研究了NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程來(lái)誘導(dǎo)氧化應(yīng)激。與對(duì)照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導(dǎo)致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來(lái)研究NOX4是否可以影響人類星形膠質(zhì)細(xì)胞中NRF2信號(hào)通路，這是細(xì)胞抗氧化反應(yīng)的關(guān)鍵調(diào)控因子。與對(duì)照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細(xì)胞質(zhì)中的核易位(圖6D)。此外，NRF2靶基因HO-1和GCL的水平和活性在人星形膠質(zhì)細(xì)胞中被NOX4過表達(dá)***抑制(圖6E和F)。這些結(jié)果表明，NOX4誘導(dǎo)的線粒體代謝損傷通過抑制人星形膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞抗氧化過程而誘導(dǎo)氧化應(yīng)激。 大黃酸處理對(duì)正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。單核細(xì)胞科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。骨折鼠模型科研國(guó)家自然科學(xué)基金
**近有報(bào)道稱，ALS/FTD中TDP-43的聚集可以隔離核孔蛋白、轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和其他因子，表明TDP-43的聚集強(qiáng)烈破壞核質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)(NCT)和核孔復(fù)合體。此外，在AD、ALS和亨廷頓氏病(HD)中NCT也被破壞，提示在這些神經(jīng)退行性疾病中有一個(gè)共同的功能失調(diào)途徑。然而，TDP-43在反復(fù)顱腦損傷致神經(jīng)退行性變中的病理機(jī)制尚不清楚。此報(bào)道之前曾證明，重復(fù)的創(chuàng)傷導(dǎo)致果蠅大腦中的泛素、p62和TDP-43包涵體以及應(yīng)激顆粒病理。在這里，我們對(duì)果蠅的大腦進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)分析，以確定創(chuàng)傷損傷后改變的分子通路。2021年5月，在Elife雜志上發(fā)表了文章“TraumaticinjurycompromisesnucleocytoplasmictransportandleadstoTDP-43pathology.”。此報(bào)道在體內(nèi)，反復(fù)的創(chuàng)傷會(huì)上調(diào)核孔蛋白，改變核孔蛋白的穩(wěn)定性，改變NCT蛋白，改變Ran***1和核孔蛋白的分布，改變NCT。此外，核輸出的藥理抑制可以防止tbi介導(dǎo)的致命性和NCT缺陷。有趣的是，在體內(nèi)和體外，核孔蛋白的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43定位錯(cuò)誤、聚集、磷酸化和溶解性改變，并降低運(yùn)動(dòng)功能和壽命。對(duì)NUP62病理和CTE患者腦組織中NUP62濃度升高的研究結(jié)果表明NCT缺陷與創(chuàng)傷損傷有關(guān)，這可能介導(dǎo)了TDP-43的病理變化。骨折鼠模型科研國(guó)家自然科學(xué)基金
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