近日，美國圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院Yoshiharu Muto教授等在Nature communications發(fā)布了Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney的研究論文。文中，作者采用單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組snRNA-seq和單細(xì)胞核染色質(zhì)可及性snATAC-seq技術(shù)，對(duì)5個(gè)健康成人（50歲到62歲，男性(n = 3)和女性(n = 2)）腎臟樣本進(jìn)行檢測。此文揭示腎臟內(nèi)獨(dú)特的細(xì)胞狀態(tài)，并重新定義近端小管和粗升肢的細(xì)胞異質(zhì)性。英拜跟客戶形成產(chǎn)學(xué)研合作模式。江蘇腸道菌科研
6、MiR-199a-5p改善MRL/lpr小鼠疾病
接下來，在體內(nèi)評(píng)估了miR-199a-5p對(duì)MRL/lpr小鼠的影響。17周齡MRL/lpr小鼠每4天注射20nmolmiR-199a-5pagomir或?qū)φ?agomirnc)，共4周(圖6A)。末次注射后48h處死小鼠，分離脾臟CD4+T細(xì)胞。與對(duì)照組相比，miR-199a-5pagomir處理組顯示miR-199a-5p水平升高(圖6B)，Sirt1表達(dá)降低(圖6C)，衰老標(biāo)志物p21和p16的表達(dá)***上調(diào)(圖6D)。這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs通過miR-199a-5p增加MRL/lpr脾CD4+T細(xì)胞衰老。
接下來，研究系統(tǒng)給予miR-199a-5p agomir是否能挽救MRL/lpr小鼠的狼瘡表型。與agomir nc組相比，miR-199a-5p agomir處理組脾臟和淋巴結(jié)明顯縮小(圖7A-B)，血清中anti-dsDNA抗體、IgG水平下降(圖7D-E)。血清ANA水平有下降趨勢(圖7C)。miR-199a-5p agomir處理組的腎損傷，表現(xiàn)為尿蛋白下降（圖7F），腎小球增大和細(xì)胞增生減少(圖7G)，外周***袢中IgG沉積減少(圖7h)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs移植通過miR -199a-5p介導(dǎo)的Sirt1信號(hào)下調(diào)從而增加脾CD4+ T細(xì)胞的衰老，改善MRL/lpr小鼠的疾病表型。 細(xì)胞膜科研實(shí)驗(yàn)外包METTL14是其***的潛在靶點(diǎn)。
本文在一組臨床定義明確的SLE伴活檢證實(shí)的腎炎患者中進(jìn)行的T細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝研究表明，高IFN信號(hào)可驅(qū)動(dòng)CD8 + T細(xì)胞線粒體代謝途徑的變化，使其生物能量不適應(yīng)且更容易死亡。本文證明在SLE患者的CD8 + T細(xì)胞中觀察到的代謝重編程是延長IFNα暴露和TCR刺激的結(jié)果。在這兩種刺激的持續(xù)組合下，這可能是SLE患者特有的一種情況，CD8 + T細(xì)胞表現(xiàn)出與NAD + 消耗增強(qiáng)、線粒體氧化能力降低和存活率下降相關(guān)的PARP基因表達(dá)增加（圖7)?？偟膩碚f，本文的發(fā)現(xiàn)證明高ISG特征與SLE CD8 + T細(xì)胞的代謝適合性之間的聯(lián)系，以及它們?cè)趬毫ο禄驅(qū)乖偌ぐl(fā)的反應(yīng)中存活的能力。
4、TCR和IFN信號(hào)共同誘導(dǎo)CD8+T細(xì)胞代謝重組
為了研究導(dǎo)致IFN-HighCD8+T細(xì)胞線粒體和代謝變化的連續(xù)事件，接下來使用來源于健康對(duì)照和結(jié)合了延長IFN處理和TCR活化（這是SLE患者中存在的兩種基本細(xì)胞信號(hào)）的細(xì)胞。盡管CD8+T細(xì)胞暴露于IFNα里2天不會(huì)引發(fā)任何***的線粒體或代謝變化但7天IFNα暴露，尤其是結(jié)合T細(xì)胞活化，可誘導(dǎo)mtDNA編碼基因表達(dá)下調(diào)（圖4a）和線粒體變化（圖4b）。然后，分析了CD8+T細(xì)胞的氧化能力，發(fā)現(xiàn)在有或沒有CD3/CD28活化的情況下，7天IFNα刺激***增強(qiáng)了基礎(chǔ)OCR，但沒有比較大OCR，當(dāng)數(shù)值標(biāo)準(zhǔn)化到每個(gè)樣本的基礎(chǔ)水平時(shí)，導(dǎo)致SRC降低，尤其是當(dāng)IFNα暴露與T細(xì)胞活化結(jié)合時(shí)（圖4c）。 文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對(duì)結(jié)腸炎有療效。
巨噬細(xì)胞在AP恢復(fù)不同階段的不同作用
鑒于AP恢復(fù)過程中巨噬細(xì)胞的表型變化，接下來試圖通過用脂質(zhì)體***巨噬細(xì)胞來檢查巨噬細(xì)胞在不同修復(fù)/再生階段的作用。首先，我們?cè)诩毙匝装Y反應(yīng)后（從第1天到第2天）立即消耗了胰腺巨噬細(xì)胞，并在第3天檢查了胰腺。如圖所示，第3天之前巨噬細(xì)胞的消耗可以在很大程度上減少導(dǎo)管樣結(jié)構(gòu)，這表明巨噬細(xì)胞在ADM的形成。AP損傷后第3天巨噬細(xì)胞的消耗顯著延遲了胰腺修復(fù)。Ki67+細(xì)胞在第3天達(dá)到峰值，并隨著胰腺恢復(fù)逐漸下降。與組織學(xué)結(jié)果一致，發(fā)現(xiàn)CN處理組的Ki67+細(xì)胞從第5天到第7天大幅下降，但在CL處理組中沒有，表明CL處理小鼠的修復(fù)過程受損。 上海英拜生物提供可視化實(shí)驗(yàn)過程參觀。江蘇16s測序科研
Caspase-11介導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡促進(jìn)非酒精性脂肪性肝炎的進(jìn)展。江蘇腸道菌科研
2.Lnc-PMIF抑制OPCs遷移到骨形成表面
在成骨細(xì)胞分化過程中，lnc-PMIF在早期增加，在礦化啟動(dòng)后減少，表明lnc-PMIF可能在成骨分化的早期階段發(fā)揮作用。過表達(dá)/敲低lnc-PMIF不影響OPCs的增殖和成骨分化。敲低lnc-PMIF的細(xì)胞遷移減弱，敲低組細(xì)胞處理的小鼠脛骨中Dil標(biāo)記細(xì)胞數(shù)量升高，小鼠中l(wèi)nc-PMIF表達(dá)更高。這些表明lnc-PMIF可抑制OPCs向骨形成表面的遷移，而不干擾其增殖和成骨潛能。
3.Lnc-PMIF與HuR相互作用抑制β-actin的表達(dá)以抑制OPC遷移
為探索Lnc-PMIF介導(dǎo)的OPC遷移的調(diào)節(jié)機(jī)制。RNApulldown-MS實(shí)驗(yàn)尋找lnc-PMIF的相互作用蛋白，鑒定出一種RNA結(jié)合蛋白HuR，WB證實(shí)HuR在生物素標(biāo)記的lnc-PMIF細(xì)胞裂解的下拉組分中富集，RNA免疫沉淀(RIP)試驗(yàn)lnc-PMIF與HuR的結(jié)合。 江蘇腸道菌科研
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)