三、染色質(zhì)可及性與細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子活性和染色質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)有關(guān)
HNF4A編碼驅(qū)動近端小管分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子。chromVAR檢測到近端小管DAR中HNF4A結(jié)合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質(zhì)可及性增強(qiáng)(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數(shù)據(jù)集中HNF4A轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)(圖3b，基因表達(dá))所支持的。我們通過染色質(zhì)免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗(yàn)證了HNF4A與腎近端小管上皮細(xì)胞(RPTEC，補(bǔ)充圖8a)中選定的靶基因位點(diǎn)(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預(yù)測的HNF4A結(jié)合位點(diǎn)的結(jié)合。 然而，在RPTEC中可檢測到HNF4A的表達(dá)水平低于腎皮質(zhì)，這表明HNF4A與該細(xì)胞類型中的這些位點(diǎn)具有強(qiáng)大的相互作用(補(bǔ)充圖8b)。 大黃酸可以改變腸道菌群組成。重慶細(xì)胞周期科研
然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺相結(jié)合，從而能夠同時測量細(xì)胞的三個不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)?？傊瑢渭?xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。神經(jīng)肌肉科研省自然科學(xué)基金文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結(jié)腸炎有療效。
五、npm1突變的AML亞型可預(yù)測總生存率
評估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(guān)(圖5A;補(bǔ)充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(guān)(Log-rank檢驗(yàn)p=0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預(yù)測因素，我們還擬合了一個多變量Cox比例風(fēng)險模型，調(diào)整了臨床病理參數(shù)，如性別、白細(xì)胞計數(shù)、年齡、核型和突變，包括FLT3-itd、FLT3-TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補(bǔ)預(yù)后價值(p-值=0.01，圖5B)。
CircCwc27通過與Pur-α結(jié)合來調(diào)控AD基因的轉(zhuǎn)錄以往研究發(fā)現(xiàn)，Pur-α有助于記憶保持和加強(qiáng)學(xué)習(xí)能力，并抑制APP的表達(dá)。結(jié)合組著的研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)，CircCwc27可以與Pur-α結(jié)合，過表達(dá)Pur-α在很大程度上抑制了CircCwc27基因的表達(dá)，改善了Aβ負(fù)荷和認(rèn)知功能下降的情況。作者推測，在AD患者中，Pur-α是CircCwc27下游的調(diào)節(jié)因子，可以調(diào)控aβ和記憶相關(guān)基因。為了驗(yàn)證這一假設(shè)，作者對APP/PS1小鼠的海馬體進(jìn)行了lv-sh-Circcon-和LV-shCircCwc27-注射，并進(jìn)行RNA-seq，篩選出鑒定了339個差異表達(dá)基因。有意思的是，CircCwc27敲低后，APP和膜金屬內(nèi)肽酶（Mme）這兩個負(fù)責(zé)Aβ代謝的基因也受到調(diào)節(jié)。不僅如此，學(xué)習(xí)和記憶方面的基因表達(dá)量***上調(diào)。而結(jié)果進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，在APP/PS1小鼠和AD患者中，大部分CircCwc27調(diào)控基因的表達(dá)都發(fā)生了改變。為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機(jī)制。
PTEN功能的喪失通常與基因組的不穩(wěn)定性有關(guān)。此外，小鼠胚胎成纖維細(xì)胞(mef)中PTEN基因的缺失導(dǎo)致了未修復(fù)的DNA雙鏈斷裂的積累。PTEN缺失被認(rèn)為通過至少兩種分子機(jī)制促進(jìn)了基因組的完整性。在細(xì)胞核中，PTEN與著絲粒結(jié)合蛋白CENP-C結(jié)合，促進(jìn)著絲粒組裝和中期到后期的轉(zhuǎn)變。此外，作為轉(zhuǎn)錄因子E2F1的輔助因子，核PTEN似乎調(diào)節(jié)Rad51的表達(dá)，Rad51是DNA修復(fù)機(jī)制的關(guān)鍵組成部分。然而，后續(xù)的研究得出了不一致的結(jié)果，表明PTEN在轉(zhuǎn)錄水平上對RAD51的調(diào)控可能***于特定的細(xì)胞環(huán)境。
PTEN缺陷改變了多個細(xì)胞周期檢查點(diǎn)，可能留下更少的時間進(jìn)行DNA損傷修復(fù)和/或染色體分離。細(xì)胞周期的進(jìn)展需要幾個分子過程的完美執(zhí)行，以確保一個熟練的，無錯誤的，細(xì)胞分裂。這些事件發(fā)生的速度由周期蛋白依賴激酶(CDKs)的活性決定，CDKs磷酸化關(guān)鍵底物以促進(jìn)DNA合成和有絲分裂進(jìn)程。CDKs的催化活性受細(xì)胞周期檢查點(diǎn)的調(diào)控，這些檢查點(diǎn)監(jiān)測細(xì)胞周期中主要事件的有序執(zhí)行。檢查點(diǎn)**了故障安全機(jī)制，它確保只有在滿足的比較好情況下才允許細(xì)胞分裂。 發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。湖北缺氧信號通路科研
英拜潤色的標(biāo)書的中標(biāo)率**提高。重慶細(xì)胞周期科研
作者進(jìn)行了PAR-CLIP實(shí)驗(yàn)，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結(jié)果表明，在H1299細(xì)胞中，通過過表達(dá)METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進(jìn)YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結(jié)合(圖6D)。無論METTL3是否過表達(dá)，YTH結(jié)構(gòu)域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進(jìn)行RNA-pull down實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結(jié)合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結(jié)合m6A共識基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細(xì)胞中進(jìn)行METTL3的功能增加和丟失實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平?jīng)Q定的(圖6F和G)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2優(yōu)先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結(jié)合。重慶細(xì)胞周期科研
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