2021年4月，加拿大University Ave和中國(guó)香港大學(xué)團(tuán)隊(duì)與**研究所表觀遺傳學(xué)和基因組穩(wěn)定性小組在Cell Death & Differentiation 雜志上發(fā)表了文章“The PTEN and ATM axis controls the G1/S cell cycle checkpoint and tumorigenesis in HER2-positive breast cancer”。此報(bào)道發(fā)現(xiàn)ATM磷酸化PTEN的398位(人類蘇氨酸;在小鼠絲氨酸)的***，為了理解ATM磷酸化PTEN的生物學(xué)意義，建立了一個(gè)小鼠模型，構(gòu)建了一個(gè)不能被ATM磷酸化的PTEN突變形式，用398位(PTEN- 398a)的絲氨酸取代了丙氨酸。PTEN-398A的表達(dá)可加速her2陽性乳腺*小鼠模型的**發(fā)展和進(jìn)展。利用分子生物學(xué)方法，發(fā)現(xiàn)了一種新的機(jī)制，通過ATM磷酸化PTEN調(diào)節(jié)其細(xì)胞再分配，并有助于該蛋白的**抑制功能。Caspase-11介導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡促進(jìn)非酒精性脂肪性肝炎的進(jìn)展。浙江ampk信號(hào)通路芯片科研
6、CDK4/6抑制誘導(dǎo)T細(xì)胞表型與免疫檢查點(diǎn)***的良好反應(yīng)相關(guān)
在臨床小鼠模型中，CDK4/6抑制劑與ICB顯示出***的協(xié)同作用。鑒于**近的研究強(qiáng)調(diào)**微環(huán)境中的干細(xì)胞樣T細(xì)胞是ICB反應(yīng)的關(guān)鍵介質(zhì)，作者假設(shè)CDK4/6i介導(dǎo)的T細(xì)胞記憶誘導(dǎo)產(chǎn)生了更有利的T細(xì)胞池用于免疫檢查點(diǎn)靶向***，因此將有助于該聯(lián)合***的療效。事實(shí)上，這種CDK4/6i應(yīng)答特征富集在ICB應(yīng)答患者的CD8+TIL中，在單細(xì)胞和患者水平準(zhǔn)確分為應(yīng)答者和非應(yīng)答者（Fig.6A-D）。這表明CDK4/6i誘導(dǎo)了T細(xì)胞內(nèi)基因特征，該特征與患者對(duì)ICB的良好反應(yīng)相關(guān)。 胰島素抵抗芯片科研地區(qū)科學(xué)基金神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對(duì)創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護(hù)作用。
為了研究circNDUFB2是否具有刺激免疫反應(yīng)的潛力，然后將免疫細(xì)胞募集到**微環(huán)境（TME）中，通過皮下將具有或不具有circNDUFB2過表達(dá)的LLC1（LL / 2，鼠肺*細(xì)胞系）細(xì)胞遞送至C57BL / 6小鼠 注射。 三周后，我們發(fā)現(xiàn)circNDUFB2過表達(dá)顯著抑制了體內(nèi)LLC1細(xì)胞的致瘤性，而在CircNDUFB2過表達(dá)LLC1細(xì)胞的小鼠中血清IFNβ的水平顯著升高。此外，在從這些小鼠解剖的**組織中檢測(cè)到CD8 + T細(xì)胞和DC的浸潤(rùn)，并且circNDUFB2過表達(dá)顯著增加了TME中CD8 + T細(xì)胞和DC的頻率。***，分析了52例NSCLC患者**組織中circNDUFB2與RIG-I或IFNβ之間的相關(guān)性。結(jié)果表明circNDUFB2與RIG-1和IFNβ正相關(guān)。 以上結(jié)果表明，RIG-1介導(dǎo)的circNDUFB2的免疫反應(yīng)抑制了**的進(jìn)展。
三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉(zhuǎn)錄本
對(duì)YTHDF1基因敲除MGC-803細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞進(jìn)行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄異常(圖3A)?；虮倔w論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管生成、細(xì)胞遷移、粘附和細(xì)胞生長(zhǎng)等方面富集;而定位于負(fù)調(diào)控**進(jìn)展的基因表達(dá)上調(diào)(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個(gè)結(jié)合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個(gè)基因，表明它們高度參與了**相關(guān)途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結(jié)合基因與YTHDF1未結(jié)合基因在轉(zhuǎn)錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結(jié)果一致，即YTHDF1主要調(diào)控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調(diào)控的m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。2365個(gè)轉(zhuǎn)錄本檢測(cè)到m6A修飾，主要發(fā)生在mrna中(98%;圖3 e;補(bǔ)充表S7)，優(yōu)先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測(cè)序結(jié)果一致，m6A峰在30UTR區(qū)域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(cè)(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集分析，發(fā)現(xiàn)Wnt和Hippo信號(hào)通路受到了***影響(圖3H）。假設(shè)YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(zhǎng)(圖3I)。 專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。
為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測(cè)了91對(duì)PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。
在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長(zhǎng)
首先檢測(cè)了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于BC***和TPC-1細(xì)胞系。因此，對(duì)于功能獲得性實(shí)驗(yàn)，合成帶有5’磷酸末端的tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染至K1細(xì)胞系（圖2B）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照組相比，tiRNA-Gly***促進(jìn)K1細(xì)胞的增殖和遷移（圖2C-D）。對(duì)于功能缺失實(shí)驗(yàn)，在BC***和TPC-1細(xì)胞系中轉(zhuǎn)染siRNA干擾tiRNA-Gly的表達(dá)，結(jié)果顯示細(xì)胞的增殖和遷移都***下降（圖2E-G）。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)得出了類似的結(jié)果，干擾tiRNA-Gly表達(dá)導(dǎo)致**體積減小，Ki67表達(dá)下降。總之，體內(nèi)體外實(shí)驗(yàn)都表明tiRNA-Gly是PTC的惡性因子。 **近科研技術(shù)的開發(fā)。ATP科研
降低腸上皮細(xì)胞尿酸的產(chǎn)生。浙江ampk信號(hào)通路芯片科研
細(xì)胞內(nèi)Ca2+持續(xù)增加是ferroptosis的標(biāo)志
胞漿Ca2+增加、細(xì)胞腫脹以及質(zhì)膜破裂被認(rèn)為是壞死和焦亡的標(biāo)志。為了評(píng)估這些細(xì)胞改變是否也發(fā)生在ferroptosis期間，作者通過活細(xì)胞共聚焦成像(圖1A-B)和流式細(xì)胞術(shù)(圖1C-H)檢測(cè)了用Erastin-1或RSL3處理的小鼠成纖維細(xì)胞(NIH-3T3)的胞漿Ca2+水平，同時(shí)檢測(cè)了細(xì)胞形態(tài)和質(zhì)膜破裂的變化。作者使用fluo-4am作為Ca2+指示劑的熒光形式，以可視化細(xì)胞內(nèi)Ca2+水平，并使用熒光DNA插入劑PI作為不可逆質(zhì)膜破壞和細(xì)胞死亡的標(biāo)記。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在使用Erastin-1或RSL3處理后，NIH-3T3細(xì)胞胞質(zhì)Ca2+濃度明顯增加(圖1A,B)。胞漿內(nèi)Ca2+增加、細(xì)胞圓化和質(zhì)膜破裂可被ferroptosis特異性抑制劑ferrostatin-1（fer1）抑制(圖1A-F)。 浙江ampk信號(hào)通路芯片科研
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)