四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細(xì)胞異質(zhì)性
為了確定我們是否能夠檢測(cè)出具有可變claudin表達(dá)模式的細(xì)胞亞群，在snRNA-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上劃分三個(gè)亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細(xì)肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達(dá)模式。一組細(xì)胞(SLC12A1+UMOD+)表達(dá)粗升肢標(biāo)記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細(xì)胞表達(dá)另一組TAL特異性標(biāo)記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細(xì)胞根據(jù)之前發(fā)表的標(biāo)記的表達(dá)被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗(yàn)證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細(xì)胞亞群中表達(dá)(圖4c)。在snATAC-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上進(jìn)行TAL的亞聚類，劃分三個(gè)亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點(diǎn)圖顯示每個(gè)TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點(diǎn)的直徑對(duì)應(yīng)于檢測(cè)到的基因活性的細(xì)胞比例，斑點(diǎn)的密度對(duì)應(yīng)于相對(duì)于所有細(xì)胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉(zhuǎn)錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來(lái)識(shí)別區(qū)分厚升肢細(xì)胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對(duì)這些DAR進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子motif富集(圖4g)。 這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強(qiáng)。江西科研國(guó)家自然科學(xué)基金
4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)移中發(fā)揮作用
據(jù)報(bào)道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結(jié)合蛋白來(lái)轉(zhuǎn)運(yùn)。通過(guò)RNApull-down分析和質(zhì)譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉(zhuǎn)運(yùn)的RNA結(jié)合蛋白，并發(fā)現(xiàn)敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達(dá)（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結(jié)合蛋白，通過(guò)與特定基序GGAG/CCCU結(jié)合，參與miRNAs的運(yùn)輸和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。特別是，由于miR-934序列中有兩個(gè)GGAG基序，我們推測(cè)hnRNPA2B1可能通過(guò)與GGAG序列結(jié)合，介導(dǎo)miR-934包裝成外泌體的過(guò)程。此外，miRNApull-down分析顯示，在細(xì)胞質(zhì)和外泌體中，miR-934和hnRNPA2B1之間存在***的結(jié)合關(guān)系，然而，突變miR-934的結(jié)合序列(GGAG)可削弱這種結(jié)合（Fig.4c）。RNA免疫沉淀分析進(jìn)一步證明，無(wú)論是在CRC細(xì)胞及其外泌體裂解物中，miR-934在anti-hnrnpa2b1抗體組中比在anti-IgG抗體組中更***富集（Fig.4d）。此外，敲除hnRNPA2B1可以抑制外泌體miR-934從HCT8和LoVo細(xì)胞轉(zhuǎn)移到巨噬細(xì)胞的過(guò)程（Fig.4e）。因此，這些結(jié)果證實(shí)hnRNPA2B1可以通過(guò)與miR-934的GGAG序列結(jié)合，介導(dǎo)miR-934包裝到CRC細(xì)胞外泌體中，并將外泌體miR-934轉(zhuǎn)移到巨噬細(xì)胞中。 泌尿科研國(guó)家自然科學(xué)基金血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風(fēng)腎臟和血管疾病密切相關(guān)。
1）circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征
由于MAPK信號(hào)通路在**發(fā)生和進(jìn)展中起著重要的病理作用，我們首先根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫(kù)circBase中的circRNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析了來(lái)自MAPK通路相關(guān)基因的circRNA。然后我們清點(diǎn)了MAPK通路相關(guān)的circRNAs，發(fā)現(xiàn)大部分細(xì)胞系可以表達(dá)數(shù)以百計(jì)的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來(lái)源于MAPK1的circRNA中，circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過(guò)三個(gè)**的測(cè)序數(shù)據(jù)集中被***檢測(cè)。我們利用qRT-PCR檢測(cè)了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達(dá)水平(圖1b)。結(jié)果顯示circ-0004872的表達(dá)變化**為***。circ-0004872在*組織/細(xì)胞中的reads明顯低于正常組織/細(xì)胞(圖1c)。此外，GSE121445和GSE100170數(shù)據(jù)庫(kù)中也證實(shí)了GC中circMAPK1的下調(diào)(圖1d)。這些數(shù)據(jù)提示circ-0004872具有潛在的抑制作用，從而促使我們進(jìn)一步研究其在胃*惡性**中的作用。
帕金森病PCR基因芯片可用于研究直接或可能參與帕金森病(PD)的84個(gè)關(guān)鍵基因的表達(dá)。帕金森病是-種由多巴胺能神經(jīng)元的損失導(dǎo)致的神經(jīng)退行性疾病。雖然有關(guān)于PD的遺傳基因方面的研究。但大多數(shù)結(jié)果是零散的?；赑D動(dòng)物模型的表達(dá)譜芯片篩查有助于研究PD的發(fā)生和發(fā)展的機(jī)制。例如,研究表明PARK家族的基因不但在繼承性PD失常,在偶發(fā)性PD中也同樣表達(dá)失調(diào)。此外,該研究還發(fā)現(xiàn)參與離子轉(zhuǎn)運(yùn)的基因,如ATP2B2在PD中同樣表達(dá)失調(diào)。因此,PD研究不但集中在已知的突變基因,如a-突觸**白(SNCA)和Parkin(PARK2),還包括在那些通過(guò)芯片實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)的新基因。該P(yáng)CR芯片包括已知的PD相關(guān)的基因和它們的調(diào)控基因,以及那些通過(guò)在PD模型動(dòng)物上芯片篩選出的差異基因。這些基因在PD中介導(dǎo)多種細(xì)胞功能失調(diào),如泛素化、離子運(yùn)輸、細(xì)胞凋亡和多巴胺信號(hào)。使用實(shí)時(shí)定量PCR,研究者可以方便并且可信地研究帕金森病相關(guān)基因的表達(dá)。Th1/Th2細(xì)胞失衡也是結(jié)腸炎的一個(gè)重要特征。
一、異種HSCT前后監(jiān)測(cè)腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統(tǒng)。
在1年的時(shí)間里，從29名兒童的10個(gè)時(shí)間點(diǎn)收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當(dāng)天，HSCT后1個(gè)月每周，以及HSCT后12個(gè)月的3個(gè)隨訪時(shí)間點(diǎn)(圖1)。通過(guò)16SrRNA基因譜測(cè)定這些樣本中的微生物群落動(dòng)態(tài)。共對(duì)709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來(lái)自10個(gè)時(shí)間點(diǎn))進(jìn)行了鑒定。發(fā)現(xiàn)移植前患者的微生物群落組成與健康對(duì)照不同；三個(gè)身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動(dòng)態(tài)呈現(xiàn)出三個(gè)階段：第一階段(在檢查前和適應(yīng)開(kāi)始時(shí)的樣本)，第二階段(HSCT的***天到第1個(gè)月)，第三階段(月+3到月+12)(圖1C)；第一階段和第三階段的樣本在口腔和鼻腔重疊，表明微生物群落可能從較晚的時(shí)間點(diǎn)恢復(fù)到與造血干細(xì)胞移植前類似的狀態(tài)。 英拜注重客戶的隱私。醫(yī)學(xué)科研科研歡迎咨詢
細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。江西科研國(guó)家自然科學(xué)基金
PI3K-AKT信號(hào)通路PCR基因芯片可以同時(shí)檢測(cè)與PI3K-AKT信號(hào)通路相關(guān)的84個(gè)基因的表達(dá)。芯片中包括AKT(蛋白激酶B)和PI13K家族成員及他們的調(diào)節(jié)基因,這些基因參與許多生物學(xué)過(guò)程包括:Gsk3失活、β-catenin的沉積、肌動(dòng)蛋白的組裝調(diào)控及細(xì)胞遷移、BAD磷酸化等。IGF-1.mTOR和抗凋亡二信號(hào)通路相關(guān)的基因,調(diào)控elF4e和p70S6激酶活性的基因也包含其中。利用實(shí)時(shí)定量PCR,研究者可以方便并且可信地對(duì)與PI3K-AKT信號(hào)通路相關(guān)的基因進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)。江西科研國(guó)家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)