基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙酰化降低相關(guān)區(qū)域***富集，在T細(xì)胞記憶驅(qū)動因子相關(guān)基序乙?；黾?，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細(xì)胞狀態(tài)的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細(xì)胞進(jìn)行了ATAC-seq，觀察到染色質(zhì)開放性的整體降低，T細(xì)胞記憶相關(guān)基因區(qū)域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應(yīng)特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細(xì)胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細(xì)胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應(yīng)基因標(biāo)記，并使用AUCell比較富集評分，確定細(xì)胞池中不同的記憶樣和效應(yīng)樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細(xì)胞簇2和5是記憶樣細(xì)胞，8是效應(yīng)樣細(xì)胞，證明CDK4/6i抑制促進(jìn)異質(zhì)T細(xì)胞池中表型不同的亞群細(xì)胞的記憶分化，增***應(yīng)功能。FMT處理加速SCI小鼠的胃腸道消化。成都VEGF標(biāo)書
二、腸道微生物群落動態(tài)變化
確定每個個體部位12個**豐富的科。HSCT后，在腸內(nèi)第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開始的第3個月恢復(fù)到27.5%(圖2A)。同時，腸球菌科在II期的擴(kuò)張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預(yù)檢:2%;第3個月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個支系(共102個ASVs)，這些支系在時間點(diǎn)上對樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個相當(dāng)有鑒別能力且LDA系數(shù)為正的進(jìn)化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個月開始，它們的豐度再次下降到與預(yù)處理時間相當(dāng)?shù)乃?圖2C)。其中，ASV 78的數(shù)量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16S rRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項(xiàng)PCA分析也支持這些發(fā)現(xiàn)(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。 成都VEGF標(biāo)書采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。
顯微圖像補(bǔ)充了流式細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù)，顯示在來IFN-High的SLE的CD8+ T細(xì)胞中，線粒體在形態(tài)上與IFN -Neg的SLE患者不同，在IFN-High CD8+ T細(xì)胞中，每個細(xì)胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明，在SLE患者中，長期暴露IFNα可能會觸發(fā)CD8+細(xì)胞的線粒體變化，但不會觸發(fā)CD4+和T細(xì)胞的線粒體變化，這可能導(dǎo)致代謝紊亂的細(xì)胞，對其功能具有潛在的影響。
3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細(xì)胞的SRC減少
接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細(xì)胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細(xì)胞外通量分析儀，發(fā)現(xiàn)IFN-Neg患者的CD8+T細(xì)胞具有與HC相似的基礎(chǔ)和比較大耗氧量率(OCR)，而IFN-High患者的CD8+T細(xì)胞表現(xiàn)出較少的基礎(chǔ)和比較大OCR（圖3a）。
Il4ra缺陷小鼠的M2樣巨噬細(xì)胞減少和再生失調(diào)
為了探索再生過程中胰腺巨噬細(xì)胞的調(diào)節(jié)機(jī)制，我們進(jìn)行了基因集富集分析(GSEA)以比較第3天和第1天巨噬細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組譜。巨噬細(xì)胞的M2***和IL4刺激特征從第3天開始富含巨噬細(xì)胞。我們發(fā)現(xiàn)，表達(dá)IL-4和IL-13分別提高在第1天，和表達(dá)Il4ra自第1天升高，達(dá)到峰值在第3天。為了進(jìn)一步確定受體和配體的細(xì)胞來源，在AP損傷后***從胰腺中分離并比較了CD45.2+和CD45.2-細(xì)胞，有趣的是，Il4ra1被顯性免疫細(xì)胞上表達(dá)（CD45.2+），而IL4和IL13中主要表達(dá)于實(shí)質(zhì)細(xì)胞（CD45.2-）。此外，通過使用Il4ra缺陷小鼠，我們證明了IL4Rα信號在AP損傷后胰腺修復(fù)/再生過程中介導(dǎo)了M2巨噬細(xì)胞的極化。值得注意的是，與它們的對應(yīng)物相比，來自Il4ra-/-小鼠的胰腺在第3天和第5天具有更多的ADM結(jié)構(gòu)?？偟膩碚f，這些發(fā)現(xiàn)表明IL4/IL4Rα軸是AP恢復(fù)過程中胰腺巨噬細(xì)胞M2極化所必需的，發(fā)揮***功能來控制ADM形成的程度。 WB結(jié)果顯示結(jié)腸中炎癥分子的相對表達(dá)似乎低于脊髓中的。
YTHDF1水平的降低導(dǎo)致MGC-803移植**的**進(jìn)展延遲(補(bǔ)充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標(biāo)記物Ki-67下調(diào)，凋亡標(biāo)記物cleavedcaspase-3上調(diào)(圖2E)。通過兩種轉(zhuǎn)移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內(nèi)轉(zhuǎn)移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細(xì)胞導(dǎo)致肺轉(zhuǎn)移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細(xì)胞幾乎完全消除轉(zhuǎn)移淋巴結(jié)的形成。***建立了PDX模型，發(fā)現(xiàn)敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結(jié)果表明YTHDF1在胃*發(fā)生中起重要作用。脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現(xiàn)出腸道菌群紊亂而腸道失調(diào)加重SCI模型中的神經(jīng)損傷。深圳TOLL標(biāo)書
FMT處理可能促進(jìn)了創(chuàng)傷性脊髓損傷后神經(jīng)元的存活和軸突再生。成都VEGF標(biāo)書
放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點(diǎn)具有抗性。隨后，生物信息學(xué)預(yù)測上游轉(zhuǎn)錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結(jié)合。因此，構(gòu)建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結(jié)果表明USF2增強(qiáng)了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進(jìn)一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結(jié)合并增強(qiáng)其轉(zhuǎn)錄活性。設(shè)計(jì)并構(gòu)建了USF2過表達(dá)和敲低質(zhì)粒，通過qRT-PCR檢測到轉(zhuǎn)染相應(yīng)質(zhì)粒的BC細(xì)胞中ACTN4的表達(dá)。結(jié)果表明，上調(diào)的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達(dá)，而下調(diào)的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結(jié)果表明ACTN4是轉(zhuǎn)錄因子USF2的靶基因。
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)