我們接下來試圖識別circPDE4B上游調(diào)節(jié)器。我們首先對circPDE4B側(cè)翼序列進(jìn)行RNA pull-down-MS檢測，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)與RNA剪接相關(guān)的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結(jié)果顯示，F(xiàn)US敲除后，HCs中circPDE4B表達(dá)下調(diào)，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(dá)(圖1I)，而過表達(dá)FUS則上調(diào)了circPDE4B的表達(dá)(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點(diǎn)結(jié)合，而其他遠(yuǎn)端位點(diǎn)則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的FUS響應(yīng)元素，發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)可能的motifs，A位于上游，B位于下游。我們進(jìn)一步設(shè)計(jì)了兩個(gè)短的circPDE4B微基因，包括circPDE4B-s和circPDE4B-s-del(圖1L)。RIP顯示FUS與circPDE4B-s之間存在明顯的相互作用，但與circPDE4B-s-del之間沒有相互作用(圖1M)，表明FUS需要周圍內(nèi)含子中的假定位點(diǎn)來結(jié)合。我們接下來在表達(dá)circPDE4B-s/del的HCs中敲除FUS，發(fā)現(xiàn)與circPDE4B-del相比，circPDE4B-s***減少了FUS敲除的circPDE4B轉(zhuǎn)錄本(圖1N)。值得注意的是，在HCs中FUS被TNF-α下調(diào)(圖1O)。綜上所述，在OA中circPDE4B的下調(diào)至少部分是由FUS的抑制引起的。巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。代謝組學(xué)科研贈送提供技術(shù)路線
snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調(diào)控過程中起著重要作用，如細(xì)胞存活和細(xì)胞增殖的調(diào)控,由snoRNAs產(chǎn)生的sno-miRNAs產(chǎn)生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉(zhuǎn)錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個(gè)被報(bào)道能夠被降解成短片段snoRNAs，它是通過與Ago蛋白的相互作用被發(fā)現(xiàn)的，而Ago作為miRNARISC復(fù)合物的成員，這就表明ACA45的進(jìn)一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產(chǎn)生的20-22nt的短片段RNA的作用機(jī)制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達(dá)[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調(diào)控，snoRNA來源的miR-605被報(bào)道能抑制MDM2蛋白合成，從而促進(jìn)抑*基因P53的表達(dá)（圖4）近期報(bào)道發(fā)現(xiàn)11個(gè)C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達(dá)[12]。在***的研究中snoRNAs進(jìn)一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs)，通過對來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數(shù)據(jù)集的綜合分析，研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜，結(jié)合多個(gè)臨床相關(guān)特征上的特征，特別是**免疫和臨床結(jié)果。大量的sdRNAs與**免疫微環(huán)境特征***相關(guān)，如免疫抑制標(biāo)志物、CD8+T細(xì)胞浸潤、細(xì)胞溶解性T細(xì)胞活性、**血管組織等[13]。 廣西科研文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(jié)(MLN)中的Th17細(xì)胞（與結(jié)腸炎癥密切相關(guān)）。
4、CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉(zhuǎn)移隨后，作者在體內(nèi)進(jìn)一步驗(yàn)證CLF1的功能。結(jié)果如圖3所以，敲除CFL1后***降低了HCC細(xì)胞的**體積和**，并減少了肺轉(zhuǎn)移結(jié)節(jié)數(shù)量。IHC表明CLF1的敲除也導(dǎo)致EMT相關(guān)蛋白的抑制?？傊珻LF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉(zhuǎn)移。
5、CFL1是HIF-1α在HCC細(xì)胞中的下游靶基因?yàn)榱岁U明低氧對HCC中CFL1表達(dá)的影響，將HCCLM3和Hep3B細(xì)胞在低氧培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48h。結(jié)果發(fā)現(xiàn)低氧誘導(dǎo)導(dǎo)致CFL1的表達(dá)升高，但是當(dāng)HIF-1α敲除后，低氧誘導(dǎo)并不能提高CFL1的表達(dá)，并且使用HIF-1α的抑制劑處理HCCLM3和Hep3B細(xì)胞，也能降低因低氧誘導(dǎo)導(dǎo)致CFL1表達(dá)升高（圖4A-F）。ChIP-PCR檢測進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，HIF-1α和HIF-1β與HCC細(xì)胞CFL1啟動子中的HRE直接結(jié)合（圖4G）。在低氧條件下，轉(zhuǎn)染HRE熒光素酶質(zhì)?；駽FL1啟動子-熒光素酶質(zhì)粒的HEK293T細(xì)胞中熒光素酶報(bào)告基因活性升高（圖4H）。
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細(xì)胞上同時(shí)測量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識別細(xì)胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識別細(xì)胞類型特異性聚類。 英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項(xiàng)目以及一站式的測序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。
6、白樺素降低***的發(fā)展
用LDLR敲除小鼠探索了白樺素對***病變形成的作用。LDLR缺陷小鼠用WD飲食并分別添加了成分，對照（鹽），洛伐他?。?0mg/kg/day）或白樺素（30mg/kg/day）處理14周。不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入量和體重（圖7A-7B）。在經(jīng)白樺素處理的小鼠肝臟中，SREBP-1c和SREBP-2降低，脂質(zhì)合成基因（包括HMGCS，HMGCR和FAS）下調(diào)（圖7C）。但是，洛伐他汀可上調(diào)HMGCR和FAS基因的表達(dá)（圖7C）。白樺素極顯著降低了血液中的TC，TG和LDL-c的含量，并增加了HDL-c。洛伐他汀具有類似的作用，只是它不降低TG（圖7D–7G）。與對照處理的小鼠相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的主動脈斑塊的數(shù)量和大小顯著降低（圖7H和7I）。特別是，主動脈弓（圖7J）和胸主動脈（圖7K）的病變區(qū)域明顯較小。以上數(shù)據(jù)表明，白樺素降低了WD喂養(yǎng)的LDLR敲除小鼠***病變的形成，并穩(wěn)定了主動脈根部粥樣硬化斑塊。
總之，本文確定了SREBP的一種特定的小分子抑制劑，即betulin白樺素，可以降低脂質(zhì)水平，增強(qiáng)胰島素敏感性并減少***斑塊的形成。 這些數(shù)據(jù)支持以下觀點(diǎn)：抑制SREBP途徑可能是***II型糖尿病和***的有用策略。 Betulin可以作為藥物控制代謝性疾病的主要化合物。 上海英拜生物的動物建模實(shí)驗(yàn)。西藏科研中標(biāo)率高
英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。代謝組學(xué)科研贈送提供技術(shù)路線
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細(xì)胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學(xué)功能，我們進(jìn)行了細(xì)胞實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細(xì)胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉(zhuǎn)染對CRC細(xì)胞增殖沒有影響。此外，細(xì)胞遷移和傷口愈合實(shí)驗(yàn)也顯示，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細(xì)胞遷移和侵襲，而轉(zhuǎn)染circPLCE1-ATGmut對CRC細(xì)胞遷移沒有影響。這些數(shù)據(jù)表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細(xì)胞的增殖和遷移。 代謝組學(xué)科研贈送提供技術(shù)路線
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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