2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測和驗證ATAC細(xì)胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對而言，我們對細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識別轉(zhuǎn)移錨點，然后分配預(yù)測的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測分?jǐn)?shù)，并被自信地劃分為單細(xì)胞類型(補充圖2)。 英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研分子生物學(xué)實驗
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結(jié)果嚴(yán)重的炎癥性疾病。肝細(xì)胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學(xué)中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細(xì)介紹了2021年4月發(fā)表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達(dá)上調(diào)。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過表達(dá)Caspase-11促進脂肪性肝炎。服務(wù)科研METTL14上調(diào)促進胰腺*生長和轉(zhuǎn)移。
一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達(dá)增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標(biāo)記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達(dá)缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達(dá)和功能。INPP4B蛋白表達(dá)缺失與三陰性乳腺*相關(guān)(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達(dá)在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發(fā)人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(dá)(圖1c)。INPP4B表達(dá)降低與三陰性乳腺*相關(guān)，而***增加的INPP4B表達(dá)在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(guān)(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數(shù)據(jù)集，我們發(fā)現(xiàn)只有1%的乳腺*表現(xiàn)出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達(dá)與PTEN或AKT1突變無關(guān)，但與pik3a突變狀態(tài)正相關(guān)(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達(dá)也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發(fā)現(xiàn)，INPP4B高表達(dá)與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(guān)(圖1f)。
四、在體內(nèi)和體外，NUPs的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集
為了檢測Nup上調(diào)對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(dá)(Nup62 OE)蠅線，并對內(nèi)源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達(dá)的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細(xì)胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外，核細(xì)胞質(zhì)(N/C)分割進一步證實，與對照組相比，Nup62 OE動物的Tbph N/C比值***降低(圖4D和E)，表明Nup62的上調(diào)改變了Tbph在體內(nèi)的亞細(xì)胞定位。Nup62表達(dá)引起的Tbph的錯位和聚集也讓我們檢測了Nup62表達(dá)是否影響Tbph的溶解度。 **近科研技術(shù)的開發(fā)。
六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細(xì)胞表面標(biāo)記設(shè)計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細(xì)胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細(xì)胞進行分選，結(jié)果顯示標(biāo)記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細(xì)胞約占88％。為了評估CD-REF細(xì)胞譜系輸出的分化潛力和穩(wěn)健性，研究人員在小鼠MS5飼養(yǎng)層或更具生理相關(guān)性的人類胎兒間充質(zhì)干細(xì)胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細(xì)胞進行了分選，結(jié)果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類，結(jié)果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細(xì)胞群，且CD-REF細(xì)胞具有與表型HSCs相當(dāng)?shù)亩酀撃苄院妥V系輸出能力，這與前述分化軌跡探究一致，再次驗證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 大黃酸能緩解D。SS誘導(dǎo)的小鼠慢性結(jié)腸炎。內(nèi)蒙古科研免費設(shè)計
英拜跟客戶形成產(chǎn)學(xué)研合作模式。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研分子生物學(xué)實驗
snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調(diào)控過程中起著重要作用，如細(xì)胞存活和細(xì)胞增殖的調(diào)控,由snoRNAs產(chǎn)生的sno-miRNAs產(chǎn)生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉(zhuǎn)錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個被報道能夠被降解成短片段snoRNAs，它是通過與Ago蛋白的相互作用被發(fā)現(xiàn)的，而Ago作為miRNARISC復(fù)合物的成員，這就表明ACA45的進一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產(chǎn)生的20-22nt的短片段RNA的作用機制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達(dá)[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調(diào)控，snoRNA來源的miR-605被報道能抑制MDM2蛋白合成，從而促進抑*基因P53的表達(dá)（圖4）近期報道發(fā)現(xiàn)11個C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達(dá)[12]。在***的研究中snoRNAs進一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs)，通過對來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數(shù)據(jù)集的綜合分析，研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜，結(jié)合多個臨床相關(guān)特征上的特征，特別是**免疫和臨床結(jié)果。大量的sdRNAs與**免疫微環(huán)境特征***相關(guān)，如免疫抑制標(biāo)志物、CD8+T細(xì)胞浸潤、細(xì)胞溶解性T細(xì)胞活性、**血管組織等[13]。 醫(yī)學(xué)相關(guān)科研分子生物學(xué)實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗