三、原始表型和染色質(zhì)可及性
雖然基因表達(dá)反映了細(xì)胞身份的活躍狀態(tài)，但順式調(diào)節(jié)元件(cre)，包括啟動子和增強(qiáng)子，是決定細(xì)胞命運(yùn)的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據(jù)其順式調(diào)控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉(zhuǎn)座酶可達(dá)染色質(zhì)測序(ATAC-seq)可達(dá)染色質(zhì)區(qū)域，以CREAM方法鑒定的**為重點(diǎn)，根據(jù)表達(dá)譜對AML樣本進(jìn)行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結(jié)果表明，啟動子區(qū)形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補(bǔ)充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結(jié)合位點(diǎn)基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調(diào)控原始亞型基因的因素(圖3D，補(bǔ)充數(shù)據(jù)3).對承諾亞型中***可獲得的**進(jìn)行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識別的共識序列，提示它們在committed亞型中可能發(fā)揮的作用(圖3D)補(bǔ)充數(shù)據(jù)。 soRNA測序的 整套服務(wù)。分子生物學(xué)課題產(chǎn)學(xué)研合作
我們進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉(zhuǎn)氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)?？傊覀兊慕Y(jié)果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導(dǎo)的小鼠肝臟脂肪變性。
3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化
通過測量纖維化相關(guān)因子的表達(dá)我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導(dǎo)的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達(dá)相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和Col1a1的表達(dá)***上調(diào)。相比之下，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠TGF-β、α-Sma和Col1a1的mRNA水平***降低。這些結(jié)果表明，Caspase-11缺乏可減少M(fèi)CD處理小鼠的肝纖維化。 Caspase-11課題協(xié)同創(chuàng)作致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。
3）CircMAPK1在體內(nèi)抑制胃*的發(fā)生和轉(zhuǎn)移
為了進(jìn)一步證實(shí)體外研究結(jié)果，我們在體內(nèi)驗(yàn)證了circMAPK1在影響致瘤性方面的生物學(xué)作用。circMAPK1的沉默可***促進(jìn)**的生長。相比之下，過表達(dá)circMAPK1***抑制了皮下**的生長(圖3a)。接下來，我們通過對增殖細(xì)胞標(biāo)記物Ki67的染色來監(jiān)測異種移植瘤的增殖。穩(wěn)定敲除circMAPK1的**組織表現(xiàn)出更強(qiáng)的Ki67染色，而過表達(dá)circMAPK1的**組織表現(xiàn)出更弱的Ki67染色(圖3b和c)。為了研究circMAPK1在體內(nèi)的轉(zhuǎn)移潛能，我們用熒光素酶質(zhì)粒穩(wěn)定地轉(zhuǎn)染上述細(xì)胞系，然后注射到裸鼠的尾靜脈中。結(jié)果顯示，circMAPK1的敲低有效地增加了肺轉(zhuǎn)移病灶的數(shù)量和大小。相比之下，生物發(fā)光成像(圖3d和e)和H&E染色(圖3f和g)顯示，過表達(dá)circMAPK1減少了肺轉(zhuǎn)移病變。
背景：在異種造血干細(xì)胞移植(allogeneichematopoieticstemcelltransplantation,allo-HSCT)中，供者來源的干細(xì)胞輸注被用于***各種類型的血液病和非血液病。在異種造血干細(xì)胞移植患者中，移植后人體腸道菌群發(fā)生變化，這可能部分歸因于******和調(diào)理方案。隸屬于隸屬于梭狀芽孢桿菌目丁酸生成菌在移植后早期的腸道中枯竭,而變形菌門和乳酸菌門(如腸球菌)豐度增加,可能由于缺乏丁酸時腸腔內(nèi)的氧氣水平增加和***素耐藥性所致。然而，到目前為止，HSCT患者的微生物群動態(tài)主要在HSCT后的***個月進(jìn)行詳細(xì)監(jiān)測，而不是長期監(jiān)測。因此，目前尚不清楚微生物群是否以及何時恢復(fù)到造血干細(xì)胞移植前類似微生物群落結(jié)構(gòu)。ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細(xì)胞周期進(jìn)程。
MAD2參與了在未附著的動點(diǎn)處催化MCC形成的SAC信號放大，MCC由MAD2、CDC20、BubR1和Bub3.1組成。16 MAD2和p31conmet二聚促使我們評估RIT1是否與MAD2和p31conmet直接相互作用。Pull down分析顯示，這兩種相互作用都直接且**于MAD2和p31conmet二聚(圖1B)。此外，RIT1-MAD2相互作用在斑馬魚和果蠅中是保守的(圖1C)。為了確定RIT1與MAD2或p31conmet的結(jié)合是否受其GTPase周期的調(diào)控，我們評估了與GTPgS(一種不可水解的GTP類似物)加載的RIT1的結(jié)合。這表明這兩種相互作用都不依賴于RIT1的鳥苷核苷酸負(fù)載狀態(tài)(圖1D)。一致地，與MAD2和p31conmet的結(jié)合不受與疾病相關(guān)的RIT1突變的影響(圖S1C)。這些結(jié)果表明，結(jié)合界面位于對GDP/GTP結(jié)合敏感的RIT1 s開關(guān)I和II結(jié)構(gòu)域外，因此MAD2和p31conmet不是典型的RIT1效應(yīng)蛋白。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。纖維化課題分子生物學(xué)
英拜生物對整體實(shí)驗(yàn)實(shí)施的全局把控。分子生物學(xué)課題產(chǎn)學(xué)研合作
QKI促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中circNDUFB2的生物發(fā)生
circNDUFB2和NDUFB2均來自NDUFB2 pre-mRNA，而NDUFB2 mRNA在NSCLC中略有上調(diào)。因此，推測circNDUFB2的下調(diào)在轉(zhuǎn)錄后發(fā)生。我們在circNDUFB2中搜索與潛在QRE匹配的序列。接下來進(jìn)行了RIP分析，確認(rèn)QKI確實(shí)與NDUFB2 pre-mRNA中的假定QRE結(jié)合。在NSCLC細(xì)胞中QKI過表達(dá)可能會上調(diào)circNDUFB2。 這些數(shù)據(jù)表明，QKI與NDUFB2 pre-mRNA的circNDUFB2形成外顯子側(cè)翼的內(nèi)含子結(jié)合，從而促進(jìn)circNDUFB2的形成。 分子生物學(xué)課題產(chǎn)學(xué)研合作
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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