3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行聚類分析
使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。
分析并比較了腺瘤和對照組中生物標(biāo)志物的模式，將它們進(jìn)一步組裝成具有不同分類學(xué)組成的四個(gè)簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標(biāo)記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個(gè)簇。聚類1的細(xì)小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個(gè)體中患病率較高。
4.結(jié)腸*、腺瘤分類模型的驗(yàn)證
結(jié)果表明，微生物來源的生物標(biāo)志物組在檢測大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準(zhǔn)確性。
5.在**隊(duì)列中驗(yàn)證結(jié)直腸腺瘤標(biāo)志物
本研究納入了另外兩個(gè)來自美國（驗(yàn)證組1）和中國（驗(yàn)證組2）的**隊(duì)列。驗(yàn)證隊(duì)列1由70名對照和102例腺瘤患者組成，而驗(yàn)證隊(duì)列2中有57例腺瘤患者和52例CRC患者。 我們在人類胰腺*細(xì)胞系中過表達(dá)或敲除METTL14。四川科研細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
結(jié)果顯示TIIs由六種細(xì)胞組成，即TAM/Mono, T cell, NK cell, B cell, DC and pDC（圖1k）。兩種小鼠細(xì)胞類別分布相似。而TAM/Mono亞群由5種細(xì)胞類別組成，即TAM_1, TAM_2, Mo**, Mono_2 and Mono_3（圖1k）。與Maoa KO小鼠的TAMs免疫表型減少一致，與野生型相比，其TAM亞群中TAM_1（Mrc1lowCd86high）比TAM_2（Mrc1 highCd86 low）的比例下降（圖1l）。免疫相關(guān)基因表達(dá)表現(xiàn)出一致的趨勢（圖1m-n）。這些結(jié)果強(qiáng)烈表明MAO-A是參與調(diào)節(jié)TAM極化進(jìn)而調(diào)控抗**免疫的。四川科研細(xì)胞實(shí)驗(yàn)巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。
點(diǎn)擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻(xiàn)中的更多詳細(xì)信息。***，在“詳細(xì)信息”部分中總結(jié)了有關(guān)疾病，細(xì)胞類型和基因的詳細(xì)信息。SC2disease還提供了從基于單細(xì)胞的結(jié)果和基于GWAS的結(jié)果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數(shù)據(jù)均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結(jié)果。在所得圖中，x軸是從GWAS結(jié)果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結(jié)果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細(xì)胞類型。條的顏色顯示基因表達(dá)的log 2倍變化。
3、MAO-A促進(jìn)巨噬細(xì)胞免疫抑制極化
為了研究MAO-A對巨噬細(xì)胞極化的調(diào)控，體外培養(yǎng)MaoaWT和KOBMDMs，并通過添加***刺激（IL4和IL-13）使這些巨噬細(xì)胞向免疫抑制表型極化（圖3a）。觀察到，在M-CSF誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞分化過程中，MaoamRNA的表達(dá)在Maoa野生型BMDMs中有明顯的誘導(dǎo)作用，Maoa在成熟的BMDMs中表達(dá)趨于穩(wěn)定，并維持IL-4/IL-13誘導(dǎo)的免疫抑制極化（圖3b-c）。MaoaKOBMDMs中MAO-A表達(dá)未檢測到，證實(shí)了其MAO-A缺失基因型（圖3b,d）。與野生型巨噬細(xì)胞相比，在IL-4/IL-13刺激下，MaoaKO巨噬細(xì)胞表現(xiàn)出更低的免疫抑制表型，這在其免疫抑制標(biāo)記物的表達(dá)減少中得到了證明（圖3e-g）。在巨噬細(xì)胞/T細(xì)胞共培養(yǎng)試驗(yàn)中（圖3h），IL-4/IL-13極化的MaoaKO巨噬細(xì)胞在抗CD3/CD28刺激下，與免疫抑制表型的減弱一致，其對野生型CD8+T細(xì)胞的抑制作用減弱（圖3i-k）。 2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。
意味著先前接受過CAR-T細(xì)胞***的小鼠的**控制***增強(qiáng)(Fig.5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+T細(xì)胞的數(shù)量呈***負(fù)相關(guān)(Fig.5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細(xì)胞的持久性增強(qiáng)是驅(qū)動**控制的關(guān)鍵因素。事實(shí)上，**接種后40天，接受預(yù)處理的CAR-T細(xì)胞的小鼠浸潤C(jī)D4+和CD8+CAR-T細(xì)胞的數(shù)量***增加(Fig.5K)。接下來通過將未處理或預(yù)處理的抗LeYCAR-T細(xì)胞轉(zhuǎn)移到OVCAR-3荷瘤小鼠體內(nèi)，檢測了CDK4/6i預(yù)處理對CAR-T細(xì)胞急性療效的影響。用CDK4/6i預(yù)處理CAR-T細(xì)胞可***增強(qiáng)其抗**活性（Fig.5L-M)。與此一致，轉(zhuǎn)移后數(shù)周發(fā)現(xiàn)接受預(yù)處理細(xì)胞的小鼠血液中CD4+和CD8+細(xì)胞以及**中CD8+細(xì)胞數(shù)量***增高（Fig.5N-O)?？傊?，這些數(shù)據(jù)證明CDK4/6i體外***是增強(qiáng)CAR-T細(xì)胞表型和長期療效的穩(wěn)健策略。尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。服務(wù)科研整體服務(wù)
英拜潤色的標(biāo)書的中標(biāo)率**提高。四川科研細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
7.EVs介導(dǎo)的ELNAT1被HLECs內(nèi)化以誘導(dǎo)淋巴管生成
共聚焦顯微鏡顯示HLECs中PKH67標(biāo)記EVs孵育后的點(diǎn)狀熒光強(qiáng)度（Figure7A），表明HLECs內(nèi)化了BCa分泌的EVs。此外,孵化UM-UC-3-EVELNAT1***上調(diào)HLECs中ELNAT1表達(dá),而孵化T24-EVsi-ELNAT1，則T24細(xì)胞分泌的EVs中ELNAT1表達(dá)下調(diào)，則削弱了HLECs中EVs誘導(dǎo)ELNAT1過表達(dá)的能力（Figure7B,C）。為了排除淋巴血管生成是由內(nèi)源性ELNAT1***HLECs中誘導(dǎo)的可能性，構(gòu)建了ELNAT1-KOHLECSELNAT1（HLECsELNAT1-KO）模型（Figure7D,E）。與HLECsELNAT1-WT一致，我們觀察到，EVs介導(dǎo)的ELNAT1過表達(dá)增強(qiáng)了HLECsELNAT1-KO的管狀形成和遷移能力，而下調(diào)ELNAT1則抑制了BCa細(xì)胞分泌EVs誘導(dǎo)HLECsELNAT1-KO管狀形成和遷移的能力（Figure7F-H）。這表明BCa細(xì)胞分泌的EVs通過運(yùn)輸EVs介導(dǎo)的ELNAT1促進(jìn)淋巴管生成，而不是轉(zhuǎn)錄***內(nèi)源性的ELNAT1。綜上所述，這些結(jié)果表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1被HLECs內(nèi)化誘導(dǎo)BCa淋巴管生成。 四川科研細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)