二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎(chǔ)
CDH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調(diào)節(jié)因子15。類似地，G蛋白偶聯(lián)受體12(GPR12)在原始亞型中上調(diào)，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發(fā)揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據(jù)報道它是WNT信號通路的調(diào)節(jié)因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉(zhuǎn)錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調(diào)節(jié)劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其他基因的高表達包括免疫相關(guān)基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關(guān)鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應(yīng)通路如干擾素-γ介導(dǎo)的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(diào)(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關(guān)性一致。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。代謝課題整體服務(wù)
此外，有報道稱DRD2可在神經(jīng)系統(tǒng)中與EGFR結(jié)合。在BrCa細胞中，293T和MDA-MB231中也證實了DRD2和EGFR的結(jié)合(圖6E)。DRD2的表達下調(diào)ERBB1 (EGFR)和ERBB2 (HER2)的表達(圖6F)。在異位表達DRD2的BrCa細胞中，DDX5可以促進p-IκBα的磷酸化，增加磷酸化p65的蛋白水平(圖6G)。eEF1A2可直接***上調(diào)p-p65的表達，而不影響IKKα/β或IκBα，甚至在沒有LPS的情況下，eEF1A2可上調(diào)表達DRD2的MDA-MB231的p-p65蛋白水平(圖6G)。以上結(jié)果表明，DDX5和eEF1A2對NF-κB信號通路的促進作用受DRD2異位表達的抑制。
結(jié)論：這項研究新發(fā)現(xiàn)了一種**抑制基因-DRD2，可以提高BrCa患者的生存率和PTX***反應(yīng)。DRD2誘導(dǎo)細胞凋亡和壞死，并在Mφ向M1重編程過程中進一步觸發(fā)焦亡。DRD2通過與β-arrestin2結(jié)合，下調(diào)DDX5和eEF1A2，從而限制NF-κB信號通路的***。DRD2是一種潛在的預(yù)測預(yù)后的生物標志物，并且DRD2是BrCa中一個很有前途的***靶點。 醫(yī)學(xué)相關(guān)課題詢問報價TRF測序課題整體服務(wù)。
circNDUFB2抑制NSCLC進展
體外研究表明circNDUFB2過表達顯著抑制了NSCLC細胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進了這些表型。體內(nèi)實驗表明circNDUFB2過表達可顯著抑制NSCLC細胞的致瘤性和轉(zhuǎn)移。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2可能在NSCLC進展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質(zhì)相互作用發(fā)揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關(guān)的蛋白質(zhì)。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質(zhì)譜進行分析。發(fā)現(xiàn)**個豐富的蛋白質(zhì)分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實了這一結(jié)果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細胞質(zhì)中。為了探討IGF2BPs的KH域?qū)τ谂ccircNDUFB2之間的相互作用，構(gòu)建IGF2BPs突變體，KH結(jié)構(gòu)域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來進行了circNDUFB2突變，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。
五、NF-κB調(diào)節(jié)表達VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細胞，VCAM1的表達和染色質(zhì)可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(圖5a)。我們的單細胞研究估計PT_VCAM1占總細胞數(shù)的2%，近端小管上皮細胞數(shù)的6%。我們還證實，在LTL+ PT細胞中，VCAM1+小管細胞占4.19 1.58%，而在腎皮質(zhì)的UMOD+ TAL細胞中，VCAM1+細胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達，但我們*通過AQP1對腎臟切片進行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(圖5c)。這些數(shù)據(jù)表明，VCAM1+小管細胞大部分位于皮質(zhì)內(nèi)近端小管內(nèi)。與VCAM1+ PT細胞相比，有少數(shù)dTL小管表達VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細胞亞群表達CD24或CD133(圖5d)。 高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標志物。
隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當(dāng)YTHDC2在H1299細胞中過表達時，并過表達SLC7A11完全恢復(fù)了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，ATF4在H1299細胞中上調(diào)SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結(jié)合臨床分析，YTHDC2表達下調(diào)，而SLC7A11表達上調(diào)(圖4K、L)，并且它們在**中呈負相關(guān)(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
作者為研究YTHDC2是否在轉(zhuǎn)錄被阻斷后調(diào)控SLC7A11mRNA的穩(wěn)定性，通過泛轉(zhuǎn)錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細胞，發(fā)現(xiàn)YTH結(jié)構(gòu)域?qū)τ赮THDC2縮短H1299細胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關(guān)重要(圖5A)。在H1975細胞中，CRISPR/Cas9技術(shù)使YTHDC2功能喪失，然后YTHDC2重構(gòu)，進一步證實YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶，負責(zé)3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失，減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學(xué)水平上，用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細胞，也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 表達PTEN- 398A的細胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點的***有關(guān)。WNT課題基礎(chǔ)實驗外包
ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細胞周期進程。代謝課題整體服務(wù)
2021年6月，在Oncogene雜志上發(fā)表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報道通過運用了一種強大的染色質(zhì)導(dǎo)向蛋白質(zhì)組學(xué)方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細胞中內(nèi)源性AR周圍染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò)(染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò))的組成。在CRPC細胞雄***信號通路的背景下，進一步研究了與AR相關(guān)蛋白作用的染色質(zhì)重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq和功能實驗的數(shù)據(jù)，揭示SMARCA4和AR在染色質(zhì)上***共存，SMARCA4缺失影響了一組AR靶基因的染色質(zhì)可及性和表達，也抑制了CRPC細胞的生長，驗證了SMARCA4在CRPC細胞中的功能。雖然SIM2的沉默同樣降低了染色質(zhì)的可及性，但它影響了更多的雄***調(diào)節(jié)基因的表達。在雞胚絨膜尿囊膜實驗中，SIM2沉默也降低了CRPC細胞的增殖和**的大小。總之，此研究鑒定的AR染色體是研究這一重要藥物靶點的重要資源。代謝課題整體服務(wù)
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
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