**調(diào)節(jié)因子通常作為蛋白質(zhì)復(fù)合物中的亞基存在，并以多種方式參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控，例如通過(guò)調(diào)節(jié)組蛋白修飾和染色質(zhì)結(jié)構(gòu)。哺乳動(dòng)物BRG1-或brm相關(guān)的染色質(zhì)重塑復(fù)合物(BAF, SWI/SNF)改變了*細(xì)胞染色質(zhì)可及性景觀。該復(fù)合物是細(xì)胞周期和增殖的關(guān)鍵調(diào)控因子，也是前列腺*的驅(qū)動(dòng)因子，具有多種**特異性作用。此外，頻繁發(fā)生的TMPRSS2-ERG融合基因易位可使BAF復(fù)合物重新靶向于染色質(zhì)，促進(jìn)前列腺*的發(fā)生?；コ獾腁TPase亞基BRG1 (SMARCA4)和BRM (SMARCA2)是復(fù)雜功能的關(guān)鍵組件。此外，AR與DNA序列特異性轉(zhuǎn)錄因子(如FOXA1、GATA2、ERG和HOXB13)之間的合作已經(jīng)建立。TF FOXA1可以結(jié)合到封閉的染色質(zhì)區(qū)域，調(diào)節(jié)其染色質(zhì)可及性，從而促進(jìn)AR結(jié)合染色質(zhì)引發(fā)PCa。IGF-1信號(hào)在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。TRF課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達(dá)在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問(wèn)性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動(dòng)脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動(dòng)脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動(dòng)脈(LCA)的4個(gè)遠(yuǎn)端分支中的3個(gè)以誘導(dǎo)d-血流，同時(shí)使用繼續(xù)暴露于s-血流的對(duì)側(cè)右側(cè)頸總動(dòng)脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進(jìn)一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測(cè)序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識(shí)別mRNA轉(zhuǎn)錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。這些研究導(dǎo)致了大量的流動(dòng)敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學(xué)和***中的作用已經(jīng)被詳細(xì)描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過(guò)減少代表性亞硫酸氫鹽測(cè)序(RRBS)方法進(jìn)行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點(diǎn)。常規(guī)課題地區(qū)科學(xué)基金產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測(cè)量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒有使用時(shí)間序列模型來(lái)分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過(guò)利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。一、上傳數(shù)據(jù)可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時(shí)序count表達(dá)文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個(gè)問(wèn)題，然后點(diǎn)擊“Run”開始進(jìn)行質(zhì)控二、初級(jí)分析數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進(jìn)行初級(jí)分析，包括：差異表達(dá)量計(jì)算、基因簇分析。差異計(jì)算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實(shí)際情況自由選擇。三、次級(jí)分析次級(jí)分析用于評(píng)估豐富度、因子結(jié)合和時(shí)間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來(lái)分析初級(jí)分析中獲得的基因簇。
點(diǎn)擊該結(jié)構(gòu)的圖像可以獲得放大的圖像。為了幫助用戶精細(xì)化搜索，PROTAC-DB還包含基于物理化學(xué)的過(guò)濾工具屬性(例如分子量、log P、log S、拓?fù)錁O性表面積)，包含了搜索結(jié)果中每個(gè)屬性的最小值和最大值。對(duì)于PROTAC，除了二維結(jié)構(gòu)、化合物ID和靶蛋白外，數(shù)據(jù)表中還顯示了生物活性，包括降解能力、結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。該數(shù)據(jù)表可以根據(jù)生物活動(dòng)的值進(jìn)行排序。對(duì)于彈頭和E3配體，搜索結(jié)果中只顯示了初始結(jié)構(gòu)。修改后PROTAC中的結(jié)構(gòu)匯總在其相應(yīng)的詳細(xì)信息頁(yè)面中。此外，數(shù)據(jù)表中還顯示了初始結(jié)構(gòu)的生物活性。同樣，也可以根據(jù)這些標(biāo)準(zhǔn)對(duì)數(shù)據(jù)表進(jìn)行排序。對(duì)于Linker，數(shù)據(jù)表中只顯示了2D結(jié)構(gòu)、化合物ID和目標(biāo)蛋白。結(jié)構(gòu)中的‘R1’和‘R2’分別**彈頭和E3配體的結(jié)合位點(diǎn)。表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。
在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對(duì)神經(jīng)的保護(hù)作用被**取消
為了進(jìn)一步探索神經(jīng)元Fth的喪失是否影響褪黑素對(duì)TBI誘導(dǎo)的鐵死亡的影響，測(cè)量了鐵死亡的幾種假定的生物標(biāo)志物。發(fā)現(xiàn)***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平?jīng)]有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達(dá)水平?jīng)]有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達(dá)水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質(zhì)（xCT，Cox2、4HNE）的表達(dá)。另外，用褪黑素***Fth- KO小鼠并沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)上降低GSH和MDA以及4HNE的水平，和FJB陽(yáng)性細(xì)胞的數(shù)目。這些結(jié)果表明褪黑素沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)上減少TBI引起的鐵死亡和神經(jīng)元變性。 高通量分子實(shí)驗(yàn)的后續(xù)標(biāo)書申請(qǐng)指導(dǎo)服務(wù)。課題國(guó)家自然科學(xué)基金
提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的課題思路設(shè)計(jì)。TRF課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標(biāo)記Mab414，它可以識(shí)別包括Nup62在內(nèi)的幾個(gè)Nups的FG結(jié)構(gòu)域，我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個(gè)主要的同質(zhì)的環(huán)狀標(biāo)記。非腦外傷對(duì)照組的腹神經(jīng)索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規(guī)則，顯示核形態(tài)紊亂。我們?cè)谀X外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團(tuán)塊)的出現(xiàn)(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細(xì)胞百分比明顯高于非TBI對(duì)照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細(xì)胞質(zhì)共聚集，而對(duì)照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結(jié)果顯示，與對(duì)照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽(yáng)性細(xì)胞百分比***升高(圖2D)。 TRF課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)