我們進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉(zhuǎn)氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)?？傊?，我們的結(jié)果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導(dǎo)的小鼠肝臟脂肪變性。
3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化
通過測量纖維化相關(guān)因子的表達(dá)我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導(dǎo)的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達(dá)相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和Col1a1的表達(dá)***上調(diào)。相比之下，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠TGF-β、α-Sma和Col1a1的mRNA水平***降低。這些結(jié)果表明，Caspase-11缺乏可減少MCD處理小鼠的肝纖維化。 高通量測序后續(xù)的機(jī)制實驗。非酒精性脂肪性肝炎課題協(xié)同創(chuàng)作
數(shù)據(jù)組織和訪問
LncExpDB 的中心實體是 lncRNA 基因，每個 lncRNA 基因都有一個對應(yīng)的頁面，由兩個主要部分組成，即基本信息（例如基因符號、基因組上下文、長度、外顯子數(shù)、分類和對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本信息）和表達(dá)譜。對于每個 lncRNA，LncExpDB 在所有收集的條件下分析其基因表達(dá)譜，并以交互方式可視化其表達(dá)譜。它以結(jié)構(gòu)化的方式組織所有相關(guān)數(shù)據(jù)，以促進(jìn)基于基因、數(shù)據(jù)集和基于上下文的數(shù)據(jù)瀏覽/搜索。它可以在一頁中可視化特定 lncRNA 的各種表達(dá)譜，促進(jìn)對特征基因及其相關(guān)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的探索，并提供有用的功能來捕獲不同生物條件下的表達(dá)情況。 CRO課題產(chǎn)學(xué)研合作可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。
GF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白
IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩(wěn)定性，推測IGF2BPs介導(dǎo)circNDUFB2對NSCLC進(jìn)展的影響。IGF2BPs過表達(dá)***增加了A549細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結(jié)果證實IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過度表達(dá)*部分恢復(fù)了circNDUFB2過度表達(dá)減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過降解IGF2BPs發(fā)揮**抑制作用。盡管circNDUFB2 MUT不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平但它仍然對NSCLC細(xì)胞的進(jìn)展具有抑制作用。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2 MUT的抑制作用除了降解IGF2BPs外，還可能與circNDUFB2的其他機(jī)制有關(guān)。
由于p65轉(zhuǎn)位到細(xì)胞核并促進(jìn)其靶向基因的轉(zhuǎn)錄，假設(shè)NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉(zhuǎn)錄活性上調(diào)miR-934表達(dá)。在p65和miR-934啟動子之間發(fā)現(xiàn)了5個潛在的轉(zhuǎn)錄結(jié)合區(qū)域和2個特異性結(jié)合位點（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動子中含有p65結(jié)合區(qū)域的載體轉(zhuǎn)染SW480和RKO細(xì)胞；ChIP實驗證明p65對miR-934的轉(zhuǎn)錄在-2002和-1500 bp（區(qū)域1）之間的區(qū)域內(nèi)***增高，在其他四個結(jié)合區(qū)域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數(shù)據(jù)表明，區(qū)域1可能在調(diào)節(jié)CRC細(xì)胞中p65介導(dǎo)的miR-934轉(zhuǎn)錄誘導(dǎo)中起關(guān)鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對SW480和RKO細(xì)胞中miR-934啟動子的轉(zhuǎn)錄影響（Fig. 8f）。作者發(fā)現(xiàn)只有突變結(jié)合位點1可以下調(diào)p65的熒光素酶報告基因活性，抑制miR-934的轉(zhuǎn)錄表達(dá)，這證明p65可以通過結(jié)合位點1正向直接調(diào)節(jié)miR-934的表達(dá)(Fig. 8f)。此外，作者證明了SW480和RKO細(xì)胞中的突變結(jié)合位點1可以消除CXCL13的促進(jìn)作用和NFκB/p65信號對miR-934表達(dá)的抑制作用(Fig. 8g,h)。綜上所述，這些結(jié)果證明CXCL13/CXCR5/NFκB/p65信號通路促進(jìn)CRC細(xì)胞中miR-934的轉(zhuǎn)錄，形成一個正反饋回路，參與持續(xù)的M2巨噬細(xì)胞極化和CRC細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移。IGF-1信號在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。
TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預(yù)測結(jié)果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。
Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。非酒精性脂肪性肝炎課題協(xié)同創(chuàng)作
這些研究導(dǎo)致了大量的流動敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學(xué)和***中的作用已經(jīng)被詳細(xì)描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過減少代表性亞硫酸氫鹽測序(RRBS)方法進(jìn)行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點。
雖然這些使用大量RNA和DNA樣本的轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組甲基組研究清楚地確定了d-流和s-流對體內(nèi)ECs的差異影響，但這些研究的解釋有一些局限性。雖然我們的大塊RNA和DNA制劑中富含來自腔內(nèi)沖洗的ec，但不可避免的是它們包含了一些存在于內(nèi)膜中的其他細(xì)胞類型，尤其是PCL手術(shù)后的lca。例如，我們觀察到早在PCL后12小時，LCA樣本中與免疫細(xì)胞和間充質(zhì)細(xì)胞相關(guān)的許多基因的表達(dá)增加;然而，我們不能確定這些改變是由于非內(nèi)皮細(xì)胞浸潤內(nèi)膜所致，還是由于內(nèi)皮細(xì)胞的d-流所致。 非酒精性脂肪性肝炎課題協(xié)同創(chuàng)作
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗