1）circPDE4B在OA組織中表達較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態(tài)學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關。考慮到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調，因此可能參與了OA的進展。 根客戶的研究方向查閱相關文獻。焦亡生物相關課題贈送提供技術路線
數(shù)據(jù)庫概況
目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個蛋白質生物標記，1089個化學生物標記，154個核型生物標記和26374個遺傳標記。這些分類為25560個診斷生物標志物，102個預后生物標志物，265個暴露生物標志物和6746個預測生物標志物或生物標志物組。這些標記可共同用于檢測，監(jiān)視或預測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。
MarkerDB中五個主要分子標記類別
化學生物標志物
MarkerDB中的化學生物標記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學/污染物暴露和飲食攝入的標記物。MarkerDB中的1089個化學標記與448種疾病以及106種暴露有關。目前，MarkerDB中的每個化學標記都有一個或多個疾病關聯(lián)，以及MarkerDB ID、結構、化合物描述、名稱/同義詞、理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍（成人/兒童/新生兒）、生物流體（標記物通常用于測量）、ROC曲線、敏感性、特異性、***性（P值）、一個或多個文獻參考和其他在線數(shù)據(jù)庫（OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等）的外部超鏈接。 糖尿病課題soRNA測序的 整套服務。
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進展有關。從小鼠IRI到人類的細胞類型標記轉移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復失敗的近端小管細胞(FR-PTC)群體有關(圖7c)。
值得注意的是，EGFR突變的肺*細胞對TKI更敏感，因此我們評估了USP35沉默是否會使H1650細胞對GFB化療敏感。如圖9I，J所示，USP35沉默進一步抑制了GFB***后H1650細胞的生長、集落形成和**進展?？偟膩碚f，USP35缺乏的肺*細胞對化療藥物更敏感。結論：FPN蛋白穩(wěn)定性和肺*細胞的鐵輸出需要USP35，從而保持細胞內鐵穩(wěn)態(tài)和**生長。而USP35敲除通過減少游離鐵輸出增加細胞內LIP水平和鐵死亡，并伴隨著肺*細胞生長、定殖和**形成的減少，以及對DDP和PTX化學敏感性的增加。因此USP35是一個很有前途的肺****靶點。高通量分子實驗的后續(xù)標書申請指導服務。
二、腸道微生物群落動態(tài)變化
確定每個個體部位12個**豐富的科。HSCT后，在腸內第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開始的第3個月恢復到27.5%(圖2A)。同時，腸球菌科在II期的擴張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預檢:2%;第3個月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個支系(共102個ASVs)，這些支系在時間點上對樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個相當有鑒別能力且LDA系數(shù)為正的進化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個月開始，它們的豐度再次下降到與預處理時間相當?shù)乃?圖2C)。其中，ASV 78的數(shù)量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16S rRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項PCA分析也支持這些發(fā)現(xiàn)(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。重慶課題服務兩年
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6）NOX4誘導的線粒體代謝損傷通過抑制人類星形膠質細胞的細胞抗氧化過程而誘導氧化應激
我們研究了NOX4誘導的線粒體代謝損傷是否可以通過抑制人體星形膠質細胞的細胞抗氧化過程來誘導氧化應激。與對照組相比，NOX4的升高***降低了谷胱甘肽(GSH)水平和谷胱甘肽/氧化谷胱甘肽(GSSG)的比值(圖6A和B)。NOX4的升高也增加了GSSG的水平(圖6C)。由于NOX4導致GSH減少以及GSH/GSSG比值降低，我們接下來研究NOX4是否可以影響人類星形膠質細胞中NRF2信號通路，這是細胞抗氧化反應的關鍵調控因子。與對照組相比，NOX4的升高抑制了NRF2在細胞質中的核易位(圖6D)。此外，NRF2靶基因HO-1和GCL的水平和活性在人星形膠質細胞中被NOX4過表達***抑制(圖6E和F)。這些結果表明，NOX4誘導的線粒體代謝損傷通過抑制人星形膠質細胞的細胞抗氧化過程而誘導氧化應激。 焦亡生物相關課題贈送提供技術路線
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗