五、gata1調(diào)控靶基因的染色質(zhì)可及性及表達(dá)動態(tài)
檢測了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調(diào)控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)(根據(jù)AUCell評分排序)(圖5)。
我們觀察了兩個(gè)基因啟動子(距轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)3kb[TSS])和遠(yuǎn)端調(diào)控區(qū)域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達(dá)水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細(xì)胞/mpp中，gata1調(diào)控靶基因的啟動子在任何明顯的基因表達(dá)之前通常是開放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細(xì)胞/mpp的染色質(zhì)可及性發(fā)生在*存在于分化程度更高的細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄變化之前。有趣的是，與第1類(hsc/MPPs)相比，第6類(MEMPs)中GATA1靶基因的啟動子可及性總體較低(圖5B、5D和5E)，與拮抗基因(即針對不同譜系的基因)的啟動子共可及性較低相吻合(圖5F)。相比之下，簇6中遠(yuǎn)端調(diào)控元件/增強(qiáng)子的可及性高于簇1(圖5C)。這可能表明gata調(diào)控基因可能在啟動子上啟動，而增強(qiáng)子則提供細(xì)胞類型特異性的表達(dá)。 腸道微生物發(fā)酵的某些**終產(chǎn)物可進(jìn)入血液影響宿主***系統(tǒng)的生理功能。甘肅標(biāo)書服務(wù)價(jià)格
Blimp-1在持續(xù)刺激下抑制PGC1α
持久抗原對于改變向衰竭分化至關(guān)重要，但其代謝后果尚不清楚。由于連續(xù)的刺激不產(chǎn)生明顯的代謝抑制，持續(xù)的刺激可能***一個(gè)轉(zhuǎn)錄抑制因子，阻止代謝重編程。Blimp-1(由Prdm1編碼)就是這樣一種抑制因子，在B16黑色素瘤中**終耗盡的CD8+ T細(xì)胞中高度上調(diào)(圖4a)，并在缺氧條件下持續(xù)***(圖4b)。體外缺氧條件下持續(xù)***的T細(xì)胞也抑制PGC1α的表達(dá)(圖4c)。 進(jìn)一步確定Blimp-1是否可以抑制PGC1α，發(fā)現(xiàn)強(qiáng)制表達(dá)Blimp-1可以抑制293T細(xì)胞中Ppargc1a啟動子構(gòu)建的活性，而不影響其活力(圖4d)。Prdm1f/fCd4Cre小鼠的CD8+ T細(xì)胞通過在缺氧條件下持續(xù)***而抵抗功能障礙(圖4e,f)，而在持續(xù)***條件下無法抑制Ppargc1a的表達(dá)(圖4g)。在PD-1hiTim3+ TILs中，Blimp-1的缺失導(dǎo)致了通過IL-2和**壞死因子(TNF)產(chǎn)生的線粒體質(zhì)量和多功能性的恢復(fù)(圖4h, i)。 湖北標(biāo)書細(xì)胞實(shí)驗(yàn)DHEA處理的大鼠給予200 mg/kg水蘇糖12天.
乳腺*是世界上女性發(fā)病率比較高的惡性**。2018年全球新診斷乳腺*約210萬例，約占所有女性惡性zhongliu**病例的25%。環(huán)狀RNA（circRNA）是近年來在各種物種中***發(fā)現(xiàn)的一類新RNA。由于共價(jià)環(huán)結(jié)構(gòu)，circRNA 對 RNA 核酸外切酶具有抗性，并且比線性 RNA 更穩(wěn)定。***我們講一篇關(guān)于circRNA與乳腺*的文章，題名為：The circACTN4 interacts with FUBP1 to promote tumorigenesis and progression of breast cancer by regulating the expression of proto-oncogene MYC。該文章發(fā)表在Molecular Cancer期刊上，IF=27.401。
來自4個(gè)不同腺泡性LUAD患者的PDX模型被給予XC-系統(tǒng)抑制劑erastin(PKE)和多激酶抑制劑索拉非尼(sorafenib)。與DMSO***的對照組相比，PKE和sorafenib給藥時(shí)觀察到***的**消退(圖7G-J)。此外，PKE和sorafenib給藥小鼠也導(dǎo)致**中MDA和4-HNE的***增加(圖7K和L)，提示誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化可能是抑制腺泡LUADs**發(fā)生的結(jié)果。圖7M顯示，與*旁組織相比，**組織中MDA和YTHDC2表達(dá)量都降低，而SLC7A11mRNA和蛋白水平都升高，證明在LUAD中抑制YTHDC2可通過SLC7A11表達(dá)上調(diào)阻止脂質(zhì)過氧化。同樣地，MDA和YTHDC2與**期數(shù)呈負(fù)相關(guān)，而SLC7A11與分期呈正相關(guān)(圖7N)，說明SLC7A11的升高可能是抑制YTHDC2促進(jìn)LUAD進(jìn)展的關(guān)鍵。
結(jié)論：本研究強(qiáng)調(diào)了m6A閱讀器YTHDC2在LUAD中的重要性。XC?系統(tǒng)活性可能通過抑制YTHDC2來誘導(dǎo)促進(jìn)**發(fā)生。此外，基于YTHDC2表達(dá)的分子模型可能有助于預(yù)測LUAD的預(yù)后。抑制劑靶向XC?系統(tǒng)可能有助于***預(yù)后不良的LUAD患者。因此，本研究對LUAD的**發(fā)生、分子分型和藥物敏感性提供了有價(jià)值的見解。 水蘇糖確實(shí)改善了PCOS大鼠卵巢功能障礙改善了卵巢組織病理損傷。
2021年3月，劍橋大學(xué)血液學(xué)系A(chǔ)naCvejic教授團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)用scRNA-seq和scATAC-seq技術(shù)對來自胚胎肝臟和骨髓的8,000多個(gè)免疫表型HSPCs進(jìn)行綜合分析，探索人類發(fā)育過程中造血功能的調(diào)節(jié)機(jī)制。該項(xiàng)工作以“Integrativesingle-cellRNA-seqandATAC-seqanalysisofhumandevelopmentalhematopoiesis”為題發(fā)表在CellStemCell上。在胚胎發(fā)育過程中，造血干細(xì)胞(HSCs)需要快速分化為成熟的血細(xì)胞。我們目前對胎兒造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞(HSPCs)的認(rèn)識主要是通過小鼠和體外模型系統(tǒng)取得的。已有研究表明，胎兒造血過程包括發(fā)育過程中不同***上罕見造血干細(xì)胞的分化、遷移和分化的幾個(gè)**波。RCC細(xì)胞中CDKN3基因敲除導(dǎo)致細(xì)胞增殖率降低.廣東標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
體外實(shí)驗(yàn)證實(shí)circNDUFB2過表達(dá)******NSCLC細(xì)胞的增殖遷移和侵襲.甘肅標(biāo)書服務(wù)價(jià)格
1、循環(huán)miR-208b是CRC中FOLFOX化療敏感性的一種很有前途的生物標(biāo)志物
如圖1所示，作者設(shè)計(jì)了一項(xiàng)多期研究，以確定新的血清miRNAs作為預(yù)測和監(jiān)測奧沙利鉑聯(lián)合亞葉酸和5-FU（FOLFOX）化療反應(yīng)的替代標(biāo)志物。
作者檢測了69個(gè)化療敏感和47個(gè)化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達(dá)，結(jié)果顯示與未響應(yīng)組相比，miR-208b的表達(dá)水平在響應(yīng)組***下調(diào)（圖2A-B）。同時(shí)檢測了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優(yōu)于血清CEA水平。在化療響應(yīng)組，在化療前miR-208b的表達(dá)高于化療后，而在未響應(yīng)組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無進(jìn)展生存期化療響應(yīng)組***高于未響應(yīng)組，miR-208b低表達(dá)組***高于高表達(dá)組（圖2D）。這些結(jié)果表明miR-208b可作為預(yù)測CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標(biāo)志物。 甘肅標(biāo)書服務(wù)價(jià)格
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)