一、異種HSCT前后監(jiān)測(cè)腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統(tǒng)。
在1年的時(shí)間里，從29名兒童的10個(gè)時(shí)間點(diǎn)收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當(dāng)天，HSCT后1個(gè)月每周，以及HSCT后12個(gè)月的3個(gè)隨訪時(shí)間點(diǎn)(圖1)。通過(guò)16SrRNA基因譜測(cè)定這些樣本中的微生物群落動(dòng)態(tài)。共對(duì)709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來(lái)自10個(gè)時(shí)間點(diǎn))進(jìn)行了鑒定。發(fā)現(xiàn)移植前患者的微生物群落組成與健康對(duì)照不同；三個(gè)身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動(dòng)態(tài)呈現(xiàn)出三個(gè)階段：第一階段(在檢查前和適應(yīng)開(kāi)始時(shí)的樣本)，第二階段(HSCT的***天到第1個(gè)月)，第三階段(月+3到月+12)(圖1C)；第一階段和第三階段的樣本在口腔和鼻腔重疊，表明微生物群落可能從較晚的時(shí)間點(diǎn)恢復(fù)到與造血干細(xì)胞移植前類似的狀態(tài)。 FMT處理可能導(dǎo)致SCI后胃腸道消化活力變快。四川標(biāo)書(shū)歡迎咨詢
然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測(cè)試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測(cè)量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測(cè)量中超過(guò)了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測(cè)量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)相結(jié)合，從而能夠同時(shí)測(cè)量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過(guò)scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過(guò)scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)?？傊瑢?duì)單細(xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。北京標(biāo)書(shū)服務(wù)兩年研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系.
miR-144在鼻咽*細(xì)胞釋放的EVs中高度富集
接下來(lái)，為了確定**分泌的miR-144是否具有通過(guò)EVs細(xì)胞外通信影響**-微環(huán)境串?dāng)_的能力，我們首先從C666-1、SUNE1和NP69細(xì)胞中分離EVs。透射電子顯微鏡(TEM)觀察發(fā)現(xiàn)，納米顆粒的直徑為30~100nm，每個(gè)囊泡呈杯狀(圖2A)。免疫印跡顯示，與相應(yīng)的細(xì)胞裂解液相比，這些來(lái)自C666-1、SUNE1和NP69細(xì)胞的納米顆粒中存在常見(jiàn)的EVs特異性標(biāo)記物，包括CD9、CD63和TSG101，而內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜蛋白calnexin明顯缺失(圖2B)。納米顆粒示蹤分析(NTA)進(jìn)一步顯示EV的平均直徑為94.1nm(C666-1細(xì)胞)、90.5nm(SUNE1細(xì)胞)和68.5nm(NP69細(xì)胞)(圖2C)。此外，我們檢測(cè)了C666-1、SUNE1和NP69細(xì)胞衍生EVs的表面電荷(圖2D)。添加RNase對(duì)這三種細(xì)胞系的EVs中miR-144的表達(dá)沒(méi)有影響，而TritonX-100處理的細(xì)胞中miR-144的表達(dá)明顯降低，說(shuō)明細(xì)胞膜對(duì)miR-144的表達(dá)具有保護(hù)作用(圖2E)。結(jié)果表明，這三種細(xì)胞系的EVs具有穩(wěn)定的膜態(tài)，對(duì)RNA具有保護(hù)作用。通過(guò)qRT-PCR檢測(cè)EVs中miR-144的表達(dá)，結(jié)果顯示miR-144在鼻咽*細(xì)胞EVs中表達(dá)高水平(圖2F)。這些發(fā)現(xiàn)為miR-144在npc細(xì)胞來(lái)源的ev中上調(diào)提供了證據(jù)。
同樣，Transwell實(shí)驗(yàn)(圖5h)也證明了**細(xì)胞的遷移能力。綜上所述，circMAPK1在沒(méi)有其編碼蛋白MAPK1-109aa的情況下，不能抑制GC細(xì)胞的惡性表型。隨后，為了進(jìn)一步驗(yàn)證MAPK1-109aa的功能，我們?cè)赟GC7901和MGC803細(xì)胞中恢復(fù)了MAPK1-109aa的表達(dá)，無(wú)論是否穩(wěn)定敲除circMAPK1，Western blot驗(yàn)證了這一點(diǎn)(圖6a)。將MAPK1-109aa質(zhì)粒轉(zhuǎn)染到SGC7901和MGC803細(xì)胞株后，細(xì)胞的增殖能力(圖6b-g)和遷移能力(圖6h)得到了有效的抑制。在轉(zhuǎn)染了shcirMAPK1的細(xì)胞系中，恢復(fù)了MAPK1-109aa的表達(dá)也逆轉(zhuǎn)了穩(wěn)定敲除circMAPK1所導(dǎo)致的惡性表型。綜上所述，上述結(jié)果表明circMAPK1對(duì)GC細(xì)胞惡性生物學(xué)行為的抑制作用依賴于其編碼蛋白MAPK1-109aa。circNDUFB2可能在NSCLC的進(jìn)展中起***作用。
circNDUFB2抑制NSCLC進(jìn)展
體外研究表明circNDUFB2過(guò)表達(dá)顯著抑制了NSCLC細(xì)胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進(jìn)了這些表型。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)表明circNDUFB2過(guò)表達(dá)可顯著抑制NSCLC細(xì)胞的致瘤性和轉(zhuǎn)移。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2可能在NSCLC進(jìn)展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細(xì)胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過(guò)與蛋白質(zhì)相互作用發(fā)揮功能，RNA pulldown來(lái)鑒定與其相關(guān)的蛋白質(zhì)。RNApulldown沉淀物通過(guò)SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質(zhì)譜進(jìn)行分析。發(fā)現(xiàn)**個(gè)豐富的蛋白質(zhì)分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實(shí)了這一結(jié)果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細(xì)胞質(zhì)中。為了探討IGF2BPs的KH域?qū)τ谂ccircNDUFB2之間的相互作用，構(gòu)建IGF2BPs突變體，KH結(jié)構(gòu)域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來(lái)進(jìn)行了circNDUFB2突變，發(fā)現(xiàn)circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。 血清代謝產(chǎn)物的豐度也發(fā)生了***變化.云南標(biāo)書(shū)實(shí)驗(yàn)外包
NSCLC中circNDUFB2下調(diào).四川標(biāo)書(shū)歡迎咨詢
7）NOX4通過(guò)氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人體星形膠質(zhì)細(xì)胞的脂質(zhì)過(guò)氧化促進(jìn)鐵死亡
為了探討NOX4調(diào)控AD星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡的分子機(jī)制，我們檢測(cè)NOX4的升高是否能通過(guò)氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過(guò)氧化促進(jìn)鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測(cè)定了4-HNE在人星形膠質(zhì)細(xì)胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，與對(duì)照組相比，NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平，增加了質(zhì)膜中脂質(zhì)過(guò)氧化源性液滴的含量，細(xì)胞的形狀出現(xiàn)收縮(圖7A)。NOX4過(guò)表達(dá)使4-HNE陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7B)。NOX4過(guò)表達(dá)增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。 四川標(biāo)書(shū)歡迎咨詢
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)