四、FZD7是YTHDF1中真正的m6A修飾靶標
6.ELNAT1通過UBC9誘導的hnRNPA1的SUMOylation被封裝到EVs中
UBC9可以催化靶蛋白的SUMOylation來調(diào)節(jié)它們與生物分子的相互作用和細胞運輸。Figure6A顯示，通過co-IP分析，觀察到一個明顯的15~25kDa條帶被hnRNPA1特異性富集。此外，IP分析顯示UBC9過表達增強了hnRNPA1的SUMO2連接，表明UBC9誘導hnRNPA1的SUMOylation（Figure6B）。將hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點賴氨酸3（K3）和賴氨酸113（K113）用精氨酸替代（Figure6C），并通過co-IP分析表明，證明了hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點是K113（Figure6D）。ELNAT1過表達上調(diào)了hnRNPA1K113的SUMO化，而敲除UBC9則消除了這個影響（Figure6E）。 重慶課題服務價格ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細胞周期進程。
六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調(diào)控VCAM1表達提供了實驗證據(jù)。
3）M1-BMDMs來源的外泌體上調(diào)ROS水平，損害bEnd.3細胞的線粒體功能
已有研究表明，ROS與BSCB中斷有關(guān)，調(diào)節(jié)ROS水平在促進***系統(tǒng)損傷后功能恢復中起著至關(guān)重要的作用?；谥暗慕Y(jié)果，我們研究了M1-BMDMs和ROS在bEnd.3細胞中的關(guān)系。流式細胞術(shù)分析表明，M1-CM處理可***提高bEnd.3細胞中ROS水平。GW4869可以部分逆轉(zhuǎn)這種增加(圖3A和B)。此外，與M1-CM孵育后，線粒體超氧化物水平***升高，GW4869部分消除線粒體超氧化物水平(圖3C和D)。如圖JC-1染色所示，加入M1-CM后線粒體電位***降低，GW4869部分恢復線粒體電位(圖3E和F)。M1-CM處理使線粒體長度縮短、腫脹，線粒體破碎的細胞比例明顯增加。然而，GW4869可以部分逆轉(zhuǎn)線粒體形態(tài)變化(圖3G和H)。此外，M1-CM暴露***降低了氧化磷酸化的生物標志物OCR(圖3I)。基礎(chǔ)呼吸，ATP產(chǎn)生，呼吸能力，呼吸逆轉(zhuǎn)在添加M1-CM后***減少，而GW4869部分緩解了這一影響(圖3J)。 提供分子生物以及到后續(xù)動物建模的一整套服務。
1）circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征
由于MAPK信號通路在**發(fā)生和進展中起著重要的病理作用，我們首先根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫circBase中的circRNA測序數(shù)據(jù)分析了來自MAPK通路相關(guān)基因的circRNA。然后我們清點了MAPK通路相關(guān)的circRNAs，發(fā)現(xiàn)大部分細胞系可以表達數(shù)以百計的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來源于MAPK1的circRNA中，circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過三個**的測序數(shù)據(jù)集中被***檢測。我們利用qRT-PCR檢測了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達水平(圖1b)。結(jié)果顯示circ-0004872的表達變化**為***。circ-0004872在*組織/細胞中的reads明顯低于正常組織/細胞(圖1c)。此外，GSE121445和GSE100170數(shù)據(jù)庫中也證實了GC中circMAPK1的下調(diào)(圖1d)。這些數(shù)據(jù)提示circ-0004872具有潛在的抑制作用，從而促使我們進一步研究其在胃*惡性**中的作用。 英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。重慶課題服務價格
我們使用抗體陣列評估了表達PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細胞裂解液的應激反應和凋亡通路的活性。上海課題分子生物學實驗
為了確定CRC細胞來源的外泌體miR-934是否誘導巨噬細胞的M2極化，首先生成了miR-934 mimics和anti-miR-934來過表達或抑制miR-934的表達。與對照組相比，轉(zhuǎn)染miR-934 mimics的巨噬細胞M2標記物(CD163、CD206、arginase-1和IL10)的表達明顯增加（Fig. 3h, i）。此外，用anti-miR-934、miR-934 mimics或其陰性對照載體轉(zhuǎn)染HCT-8和HT29細胞，提取其外泌體并添加到PMA處理的THP-1細胞中。結(jié)果顯示，轉(zhuǎn)染anti-miR-934或miR-934 mimics的CRC細胞的外泌體中M2標記物(CD206、arginase-1、IL10和CD163)在PMA處理的THP-1細胞中表達明顯低于或高于載體對照組（Fig. 3j, k）。綜上所述，證實CRC細胞來源的外泌體miR-934可以誘導巨噬細胞M2極化。上海課題分子生物學實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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