CircRNF13直接結(jié)合SUMO2mRNA的3’UTR穩(wěn)定SUMO2
為了探究circRNF13調(diào)節(jié)GLUT1泛素化的機制，作者進行了LC-MS/MS，其中SUMO2引起了作者的注意。SUMO2類泛素化修飾（SUMOylation）是泛素化樣蛋白修飾成員可以調(diào)節(jié)蛋白降解通過泛素化途徑。并且研究表明SUMO2在NOC中是抑制糖酵解的。于是探究circRNF13與SUMO2的結(jié)合關(guān)系。與預期一致，過表達circRNF13會在mRNA和蛋白水平誘導SUMO2的表達上調(diào)，干擾circRNF13則效果相反。生信分析揭示circRNF13和SUMO2的非編碼區(qū)存在結(jié)合位點。RNApull-down顯示生物素標記的circRNF13可以下拉SUMO2的mRNA在NPC細胞中。上熒光素酶實驗表明過表達circRNF13會提高SUMO2的熒光素酶活性。以上數(shù)據(jù)表明circRNF13通過與SUMO2結(jié)合調(diào)節(jié)其表達。 circNDUFB2可能在NSCLC的進展中起***作用。凋亡 標書國家自然科學基金
通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細胞系GES-1。在內(nèi)源性circMAPK1水平較低且?guī)缀鯖]有MAPK1-109aa表達的MKN45細胞中，轉(zhuǎn)染circMAPK1和MAPK1-109aa質(zhì)粒均產(chǎn)生預測的MAPK1-109aa帶，而過表達circMAPK1IRES突變質(zhì)粒則沒有產(chǎn)生預測的MAPK1-109aa帶(圖4i)。相反，在內(nèi)源性circMAPK1和MAPK1-109aa更高表達的GES-1細胞中，發(fā)現(xiàn)兩種特異性靶向circMAPK1連接的shRNA***降低了MAPK1-109aa的表達(圖4j)。使用anti-flag抗體進行免疫熒光檢測，證實MAPK1-109aa-Flag位于過表達MAPK1-109aa-Flag質(zhì)粒的MKN45細胞的胞質(zhì)中，如圖4k所示。焦亡活化標書circRNAs在腎細胞*(RCC)中的表達模式和生物學功能.
與HuR的RRM3結(jié)合，中斷HuR-β-actinmRNA相互作用，抑制β-actin表達，抑制OPC遷移
為闡明lnc-PMIF如何與HuR相互作用調(diào)節(jié)β-actin表達和OPC遷移，首先通過生物信息學分析預測了lnc-PMIF的二級結(jié)構(gòu)，并合成生物素化的全長lnc-PMIF（WT）和截短的lnc-PMIF突變體，分別為突變體A1（無5’莖環(huán)的正義）、突變體A2（有中心莖環(huán)和3’莖環(huán)的正義）和突變體A3（*有3’莖環(huán)的正義1100-1455bp），轉(zhuǎn)染MC3T3-E1細胞，并進行標記RNA鏈霉親和素下拉試驗。蛋白免疫印跡分析顯示，HuR存在于轉(zhuǎn)染W(wǎng)Tlnc-PMIF、截短lnc-PMIF突變體A1或截短lnc-PMIF突變體A2的細胞的下拉部分中，但在轉(zhuǎn)染截短lnc-PMIF突變體A3的細胞的下拉部分中不存在。這些數(shù)據(jù)表明，lnc-PMIF的中心莖環(huán)足以實現(xiàn)lnc-PMIF和HuR之間的相互作用。
單核細胞/巨噬細胞來源的外泌體miR-101-3p和miR-423-5p可轉(zhuǎn)移到MB細胞中
我們發(fā)現(xiàn)miR-101-3p和miR-423-5p在從MB患者血漿分離的PBMC和外泌體中均上調(diào)，而這兩種miRNA在**組織中的表達低于相鄰正常腦組織。這表明含有這兩種miRNA的外泌體來源于免疫細胞，而不是**細胞。為了確定含有miR-101-3p和miR-423-5p的外泌體的來源，我們從THP-1單核細胞培養(yǎng)上清液中分離外泌體，并檢測miR-101-3p和miR-423-5p的表達。我們發(fā)現(xiàn)miR-101-3p和miR-423-5p在分離的外泌體中的表達高于THP-1細胞。然后，我們用來源于轉(zhuǎn)染miR-101-3p/miR-423-5p模擬物或miR-NC的THP-1細胞的外體培養(yǎng)Daoy細胞，并且觀察到這些外泌體也可以轉(zhuǎn)移到Daoy細胞中，培養(yǎng)后miR-101-3p和miR-423-5p的表達水平更高。 FMT處理可以促進下行運動通路的恢復。
circPLCE1-411與HSP90α/RPS3復合物結(jié)合，促進泛素依賴的RPS3降解，抑制NF-κB信號通路
根據(jù)前期研究和相關(guān)文獻我們推測circPLCE1-411可能與HSP90α/RPS3復合物結(jié)合，調(diào)控NF-κB信號通路，從而抑制CRC的進展。我們在HCT8和DLD1細胞中通過免疫沉淀鑒定了circPLCE1-411和HSP90α/RPS3復合物之間的相互作用。我們發(fā)現(xiàn)RPS3蛋白水平隨著circPLCE1-411表達的增加而***降低。然而，RPS3mRNA水平的豐度并沒有隨著circPLCE1-411表達的增加而改變。這提示circPLCE1-411可能通過轉(zhuǎn)錄后機制調(diào)控RPS3。經(jīng)蛋白合成抑制劑環(huán)己亞胺CHX處理后，與對照組相比，HCT8和DLD1細胞中RPS3蛋白降解更快，circPLCE1-411表達增加。 環(huán)狀RNA（circRNA）是一類共價閉合的單鏈RNA.北京標志物標書
TRIM25是介導IGF2BPs泛素化的E3連接酶。凋亡 標書國家自然科學基金
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學實驗團隊發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。凋亡 標書國家自然科學基金
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗