我們已經(jīng)進(jìn)行了snATAC-seq和snRNA-seq來(lái)研究染色質(zhì)可及性如何改善我們對(duì)成熟人類(lèi)腎臟中細(xì)胞狀態(tài)和功能的理解。我們生成了一個(gè)包含轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)的交互式多模態(tài)圖譜(/SingleCell/)。結(jié)合snRNA-seq和snATAC-seq分析提高了檢測(cè)近端小管和厚升肢內(nèi)獨(dú)特細(xì)胞狀態(tài)的能力，并重新定義了可能有助于腎臟再生和細(xì)胞特異性離子通透性的細(xì)胞異質(zhì)性。一、人類(lèi)成年腎臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析1）成人腎臟中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性分析snRNA-seq基于譜系特異性標(biāo)記的表達(dá)(圖1c，補(bǔ)充圖1b)，鑒定了腎皮質(zhì)內(nèi)所有主要細(xì)胞類(lèi)型(圖1b，補(bǔ)充圖1a)。檢測(cè)了近端小管(PT)、壁上皮細(xì)胞(PEC)、粗升肢(TAL)、遠(yuǎn)端小管(DCT1、DCT2)、連接小管(CNT)、**管(PC、ICA、ICB)、內(nèi)皮細(xì)胞(ENDO)、腎小球細(xì)胞類(lèi)型(MES、PODO)、成纖維細(xì)胞(FIB)和少量白細(xì)胞(LEUK)(補(bǔ)充表2、補(bǔ)充數(shù)據(jù)1)。值得注意的是，近端小管亞群中VCAM1表達(dá)增加(PT_VCAM1)。該亞群還表達(dá)了HAVCR1，這是一種急性損傷后近端小管上調(diào)的基因，是長(zhǎng)期腎臟預(yù)后的預(yù)測(cè)因子。 間接量熱法測(cè)定平均呼吸交換商（RQ值）在SCI + FMT組恢復(fù)正常。外泌體標(biāo)書(shū)國(guó)家自然科學(xué)基金
2、CDK4/6i介導(dǎo)的CD8+T細(xì)胞記憶獲得是細(xì)胞固有的
為了確定在CDK4/6i處理的**中觀察到的T細(xì)胞記憶是否由于CDK4/6在這些細(xì)胞內(nèi)的直接抑制，在體外將活化的小鼠CD8+T細(xì)胞暴露于CDK4/6i中，并監(jiān)測(cè)Tcm獲取和分裂數(shù)。***CDK4/6i暴露0、24、72h后，Tcm細(xì)胞平均分裂數(shù)減少，同時(shí)細(xì)胞比例增加，且呈劑量依賴(lài)性，*在24h內(nèi)發(fā)生(Fig.2A)。這表明CDK4/6i不是簡(jiǎn)單地抑制分化，而是直接促進(jìn)記憶形成，表明細(xì)胞周期機(jī)制與分化之間存在方向性關(guān)系。通過(guò)3'RNA-seq進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，在CDK4/6i處理后，記憶相關(guān)轉(zhuǎn)錄本增加，GSEA分析證實(shí)了記憶相關(guān)特征的富集，以及細(xì)胞周期相關(guān)特征的減少，包括E2F靶點(diǎn)(Fig.2B-E)。矛盾的是，CDK4/6抑制也誘導(dǎo)了效應(yīng)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本，包括Gzma、Gzmc和Pdcd1(Fig.2B-C)，這與之前CDK4/6i促進(jìn)T細(xì)胞活化的報(bào)道一致。 重慶課題整包標(biāo)書(shū)單細(xì)胞核測(cè)序能夠獲得組織的細(xì)胞圖譜.
8）人類(lèi)乳腺*患者中LINC00926和PGK1表達(dá)的相關(guān)性及LINC00926與葡萄糖攝取的相關(guān)性
我們通過(guò)IHC和FISH檢測(cè)109例人乳腺*樣本中PGK1和LINC00926的表達(dá)情況。與培養(yǎng)細(xì)胞中LINC00926抑制PGK1的結(jié)果一致，LINC00926的表達(dá)與PGK1的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)，與FOXO3A呈正相關(guān)(圖8A)。通過(guò)18FDGPET掃描評(píng)估葡萄糖攝取增加的乳腺**患者顯示LINC00926和FOXO3A表達(dá)降低，而PGK1表達(dá)增加(圖8B)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明了LINC00926/PGK1軸在乳腺*中的重要病理作用。
結(jié)論我們的研究***證實(shí)了LINC00926通過(guò)抑制糖酵解關(guān)鍵酶PGK1的表達(dá)來(lái)抑制糖酵解，從而在體內(nèi)外抑制乳腺*細(xì)胞的增殖、侵襲和轉(zhuǎn)移。在乳腺*患者中，F(xiàn)OXO3A調(diào)控的LINC00926與PGK1表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)概述了FOXO3A/LINC00926/PGK1軸在Warburg效應(yīng)和乳腺**發(fā)生進(jìn)展中的重要性。因此，上調(diào)LINC00926可能是***PGK1過(guò)表達(dá)的乳腺*患者的一種有前途的方法。
6.靶向遞送lnc-PMIFsiRNA接近骨形成表面的OPCs促進(jìn)老年小鼠骨形成
接下來(lái)評(píng)價(jià)lnc-PMIF在骨形成表面周?chē)睦夏闛PCs中系統(tǒng)靶向沉默對(duì)衰老相關(guān)骨質(zhì)疏松的影響。為促進(jìn)lnc-PMIFsiRNA（即si-PMIF）接近骨形成表面周?chē)腛PCs，si-PMIF或si-NC被包裹在骨形成表面靶向遞送系統(tǒng)（即，(DSS6)-脂質(zhì)體）。21月齡自然衰老的雄性和雌性小鼠靜脈注射(DSS6)-脂質(zhì)體-si-PMIF、(DSS6)-脂質(zhì)體-si-NC或(DSS6)-脂質(zhì)體單藥（溶劑）。si-PMIF處理組Gli1+細(xì)胞中l(wèi)nc-PMIF的表達(dá)***降低，si-PMIF處理組兩種性別小鼠的骨量更高，脛骨干骺端微結(jié)構(gòu)更好，BMD和BV/TV更高，MAR和BFR/BS較高。這些發(fā)現(xiàn)表明，靶向沉默骨形成表面周?chē)鶲PCs中的lnc-PMIF可以促進(jìn)衰老相關(guān)骨質(zhì)疏松小鼠的骨形成。 circSDHC在ccRCC中過(guò)表達(dá)且其過(guò)表達(dá)與低存活率相關(guān).
在乳腺*樣本中，LINC00926的表達(dá)與PGK1的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖1 F)。有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細(xì)胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負(fù)表達(dá)。在相對(duì)轉(zhuǎn)移性細(xì)胞系MDA-MB-231中PGK1表達(dá)量比較高，LINC00926表達(dá)量比較低；而惡性程度較低的細(xì)胞系MCF-7中PGK1表達(dá)量較低，LINC00926表達(dá)量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***增加，而過(guò)表達(dá)LINC00926后，MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***降低(圖1H)。這些結(jié)果表明，LINC00926下調(diào)PGK1的表達(dá)，可能與PGK1介導(dǎo)的乳腺*發(fā)展呈負(fù)相關(guān)。為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對(duì)PCOS大鼠的有益作用.SNP檢測(cè)標(biāo)書(shū)省自然科學(xué)基金
第4周測(cè)定FITC標(biāo)記的葡聚糖(4kd)和血液中FITC水平。外泌體標(biāo)書(shū)國(guó)家自然科學(xué)基金
在沒(méi)有RNA配體的情況下，RIG-I采用一種自動(dòng)抑制的構(gòu)象，CARDs發(fā)出信號(hào)。因此假設(shè)circNDUFB2可能通過(guò)促進(jìn)其CARDs釋放***RIG-I。用Co-IP檢測(cè)RIG-I的CARDs（FLAG-CARD）和螺旋酶結(jié)構(gòu)域（HA-ΔCARD）之間的相互作用。結(jié)果表明circNDUFB2抑制了RIG-I的CARDs和螺旋酶結(jié)構(gòu)域之間的相互作用。此外，circNDUFB2增強(qiáng)了CARDs與線粒體抗病毒信號(hào)蛋白（MAVS）的相互作用。這些結(jié)果表明circNDUFB2可能通過(guò)破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用來(lái)***RIG-I，并使RIG-I保持活性，從而***RIG-I-MAVS信號(hào)級(jí)聯(lián)。外泌體標(biāo)書(shū)國(guó)家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)