2）circPDE4B調(diào)節(jié)軟骨細(xì)胞活力和ECM代謝
為了評估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉(zhuǎn)染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評估了circPDE4B對軟骨細(xì)胞活力的影響。結(jié)果顯示，敲低circPDE4B的表達(dá)降低了軟骨細(xì)胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達(dá)，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達(dá)下調(diào)(圖2C和圖2D)。免疫熒光進(jìn)一步證實，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP13、COL2和aggrecan水平(圖2E、F)。同時，HCs的阿爾新藍(lán)染色顯示，circPDE4B抑制導(dǎo)致軟骨細(xì)胞功能障礙，蛋白多糖藍(lán)染較少(圖2G)。然后通過CCK-8實驗(圖2H)發(fā)現(xiàn)，過表達(dá)circPDE4B增加了軟骨細(xì)胞的活力。在過表達(dá)circPDE4B-HCs中，MMP3、MMP13和ADAMTS4的mRNA和蛋白水平下調(diào)，SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan的mRNA和蛋白水平上調(diào)(圖2I-L)。此外，HCs的阿爾新藍(lán)染色表明，與單獨IL-1β***相比，circPDE4B過表達(dá)和IL-1β共處理減少了軟骨破壞(圖2M)。這些數(shù)據(jù)表明，circPDE4B/circPde4b在HCs中可以促進(jìn)細(xì)胞活力，抑制分解代謝作用。 乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。江蘇胰島素抵抗芯片科研
為了研究 PGE2 是否有助于 M2 活化，來自野生型 (WT) 和Il4ra -/-小鼠的BM 衍生巨噬細(xì)胞 (BMDM)在體外與 PGE2 一起經(jīng)受 IL4/IL13。PGE2 單獨不影響 M2 ***，但**增強了 IL4/IL13 觸發(fā)的 M2 ***。更有趣的是，IL4/IL13 促進(jìn)了巨噬細(xì)胞中ptgs2 的表達(dá)，在 PGE2 的存在下可以進(jìn)一步升高。PGE2 通過與稱為 E-前列腺素 (EP) 1-4 受體的 4 種不同 G 偶聯(lián)受體結(jié)合而發(fā)揮作用。不同受體的亞型決定了不同細(xì)胞類型的特定生理反應(yīng)。通過使用特定的 EP 抑制劑，我們確定 PGE2 促進(jìn) M2 極化主要由 EP2 受體介導(dǎo)。此外，PGE2 可以促進(jìn) IL4Rα 表達(dá)，從而增強 IL4/IL4Rα 信號傳導(dǎo)。在 ADM 階段（第 2 天）之前抑制 PGE2 合成在很大程度上降低了 M2 ***并在第 3 天增加了胰腺中的 ADM 結(jié)構(gòu)?？傊?，這些結(jié)果表明導(dǎo)管樣細(xì)胞和胰腺巨噬細(xì)胞在第 3 天釋放的 PGE2 增強了 M2 活化，并限制了再生胰腺中 ADM 的形成。上海佝僂病大鼠模型科研我們在人類胰腺*細(xì)胞系中過表達(dá)或敲除METTL14。
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細(xì)胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學(xué)實驗團(tuán)隊發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫，包括四種主要類型的分子生物標(biāo)記（化學(xué)，蛋白質(zhì)，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標(biāo)記類別（診斷，預(yù)測，預(yù)后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標(biāo)志物名稱和同義詞，相關(guān)條件或病理，詳細(xì)的疾病描述，詳細(xì)的生物標(biāo)志物描述，生物標(biāo)志物特異性，敏感性和ROC曲線，標(biāo)準(zhǔn)參考值（對于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)志物），變體（對于SNP或遺傳標(biāo)志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質(zhì)標(biāo)記），分子結(jié)構(gòu)（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），組織或生物流體來源（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），染色**置和結(jié)構(gòu)（用于遺傳和核型標(biāo)記），臨床批準(zhǔn)狀態(tài)和相關(guān)文獻(xiàn)參考。2108年俞立團(tuán)隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法。
基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙?；档拖嚓P(guān)區(qū)域***富集，在T細(xì)胞記憶驅(qū)動因子相關(guān)基序乙酰化增加，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細(xì)胞狀態(tài)的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細(xì)胞進(jìn)行了ATAC-seq，觀察到染色質(zhì)開放性的整體降低，T細(xì)胞記憶相關(guān)基因區(qū)域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應(yīng)特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細(xì)胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細(xì)胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應(yīng)基因標(biāo)記，并使用AUCell比較富集評分，確定細(xì)胞池中不同的記憶樣和效應(yīng)樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細(xì)胞簇2和5是記憶樣細(xì)胞，8是效應(yīng)樣細(xì)胞，證明CDK4/6i抑制促進(jìn)異質(zhì)T細(xì)胞池中表型不同的亞群細(xì)胞的記憶分化，增***應(yīng)功能。細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。武漢NF-KB科研
METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長和轉(zhuǎn)移。江蘇胰島素抵抗芯片科研
使用測量細(xì)胞一致性的活細(xì)胞成像作為細(xì)胞生長和擴(kuò)散的代理，來測試SMARCA4消耗的影響是否轉(zhuǎn)化為VCaP細(xì)胞生長的改變。如圖5所示，在沒有雄***的情況下，SMARCA4刪除并不影響細(xì)胞的生長，而在有雄***的情況下，它降低了細(xì)胞的相對融合，盡管程度低于去除AR。SMARCA4刪除同樣會降低LNCaP細(xì)胞的相對融合。
四、SIM2沉默改變了arb亞群的染色質(zhì)可及性
M2沉默降低了2434個arb染色質(zhì)可及性，三分之二受siSIM2影響的arb在雄***暴露前可及(圖6a c中可獲得)，而其余在雄***暴露后可及(圖6a c中重新獲得)。根據(jù)ChIP-SICAP數(shù)據(jù)，siim2受影響的位點中**富集的motif是ARE，盡管其在這些位點的富集程度低于未受siim2影響的位點(NC位點，圖6d）。AR、FOXA1、ERG和HOXB13在sisim2影響的位點的標(biāo)簽密度與NC位點相比均呈上升趨勢(圖6e)，表明SIM2是一種與AR協(xié)同的TF。 江蘇胰島素抵抗芯片科研
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