與CD44v6敲低實(shí)驗(yàn)的結(jié)果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(dá)(圖6H)。過表達(dá)C1QBP并沒有上調(diào)α-SMA的表達(dá)(圖6I)。同時(shí)過表達(dá)CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(dá)(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉(zhuǎn)了Pex誘導(dǎo)的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內(nèi)注射肝轉(zhuǎn)移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉(zhuǎn)移減少。這些結(jié)果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。西藏科研推薦咨詢
此外，為進(jìn)一步驗(yàn)證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區(qū)域，使用ELNAT1不同序列缺失進(jìn)行RNA-pull down分析，以評(píng)估ELNAT1和hnRNPA1結(jié)合所需的區(qū)域。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區(qū)域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預(yù)測(cè)ELNAT1在610-680 nt區(qū)域的莖環(huán)結(jié)構(gòu)可能被hnRNPA1識(shí)別（Figure 4 I），而當(dāng)這一區(qū)域缺失時(shí)，hnRNPA1減弱對(duì)ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對(duì)ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關(guān)重要。
再生胰腺中胰腺巨噬細(xì)胞的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄組譜
為了進(jìn)一步了解AP恢復(fù)過程中巨噬細(xì)胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細(xì)胞用于RNA-seq分析。顯著性差異表達(dá)基因繪制熱圖。為了評(píng)估這些基因簇的功能，使用網(wǎng)絡(luò)工具DAVIDGeneOntology(GO)進(jìn)行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1特征簇）高度表達(dá)的基因特別富集炎癥反應(yīng)和CCR2依賴性趨化性。簇25和27包含在ADM階段（第3天）高表達(dá)的基因，具有不同的表達(dá)模式和功能，表明該階段的巨噬細(xì)胞異質(zhì)性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號(hào)通路相關(guān)的基因在簇27中富集，而與細(xì)胞周期相關(guān)的基因在簇25中富集。
ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS)是-種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動(dòng)子及CpG島區(qū)域,并進(jìn)行Bisulfite測(cè)序,同時(shí)實(shí)現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測(cè)的高分辨率和測(cè)序數(shù)據(jù)的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點(diǎn),與基因表達(dá)、表型性狀息息相關(guān)。RRBS作為-種高性價(jià)比的甲基化研究方法,在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有***的應(yīng)用前景。技術(shù)優(yōu)勢(shì)精確度高:在其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率;重復(fù)性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達(dá)到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測(cè)范圍廣:覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過5百萬個(gè)CpG位點(diǎn);性價(jià)比高:測(cè)序區(qū)域更有針對(duì)性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結(jié)果充分證明"了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為--種更高效經(jīng)濟(jì)的研究方法,可應(yīng)用于檢測(cè)全基因組啟動(dòng)子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。
接受樣品類型a)組織樣品(需提供2100mg組織。必須保存在RNAlater或類似RNA保護(hù)溶液中);b)體外培養(yǎng)細(xì)胞(需提供≥10^6個(gè)細(xì)胞。必須保存在RNAlater或類似RNA保護(hù)溶液中);c)全血(需提供22ml全血);d)總RNA(需提供25ugtotalRNA)。所有類型樣品必須用冰袋寄至公司。冰塊應(yīng)足量,以確保樣品寄至公司時(shí),冰塊未完全融化。服務(wù)內(nèi)容與價(jià)格樣品類型服務(wù)內(nèi)容價(jià)格(人民幣:元)組織樣品,體外培養(yǎng)細(xì)胞,全血RNA制備,基因表達(dá)定量詢價(jià)totalRNA基因表達(dá)定量詢價(jià)提交數(shù)據(jù)服務(wù)報(bào)告提交下列數(shù)據(jù):實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增曲線;熔解曲線;基因表達(dá)定量結(jié)果分析。乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。貴州科研國(guó)家自然科學(xué)基金
促進(jìn)胰腺*的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。西藏科研推薦咨詢
三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉(zhuǎn)錄本
對(duì)YTHDF1基因敲除MGC-803細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞進(jìn)行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄異常(圖3A)?；虮倔w論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管生成、細(xì)胞遷移、粘附和細(xì)胞生長(zhǎng)等方面富集;而定位于負(fù)調(diào)控**進(jìn)展的基因表達(dá)上調(diào)(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個(gè)結(jié)合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個(gè)基因，表明它們高度參與了**相關(guān)途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結(jié)合基因與YTHDF1未結(jié)合基因在轉(zhuǎn)錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結(jié)果一致，即YTHDF1主要調(diào)控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調(diào)控的m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。2365個(gè)轉(zhuǎn)錄本檢測(cè)到m6A修飾，主要發(fā)生在mrna中(98%;圖3 e;補(bǔ)充表S7)，優(yōu)先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測(cè)序結(jié)果一致，m6A峰在30UTR區(qū)域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(cè)(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集分析，發(fā)現(xiàn)Wnt和Hippo信號(hào)通路受到了***影響(圖3H）。假設(shè)YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(zhǎng)(圖3I)。 西藏科研推薦咨詢
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)