大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經(jīng)典鏈特異性 DNA 結(jié)構(gòu)。G4 的熱穩(wěn)定性不同，這可能會影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩(wěn)定性和突變率。因此，根據(jù)其基因組位置、熱穩(wěn)定性和功能性，G4 基因座可能會在不同的選擇壓力下進(jìn)化，而這一點從未被研究過。
一、基因組中G4基因座的密度不均勻
與全基因組平均值相比，CpG島、上游區(qū)域和轉(zhuǎn)錄鏈的G4密度的倍數(shù)差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內(nèi)含子的非轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄鏈、非轉(zhuǎn)錄外顯子鏈和3'UTR的非轉(zhuǎn)錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢不變，復(fù)制起點和增強子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高6.88倍和3.03倍。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。上海課題實驗外包
巨噬細(xì)胞中PI3K-AKT***促進(jìn)ADM期后炎癥消退
基于RNA-seq數(shù)據(jù)，PI3K-AKT信號在ADM期間在巨噬細(xì)胞中顯著富集。當(dāng)觀察PI3K-AKT通路中這些升高的基因時，發(fā)現(xiàn)80%的基因與細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)-受體相互作用、生長因子/細(xì)胞因子-受體相互作用有關(guān)，表明它們參與了巨噬細(xì)胞與相鄰細(xì)胞之間的串?dāng)_。同時，在第3天在CD11b+F4/80+CD206+胰腺巨噬細(xì)胞中觀察到更高的AKT***。在ADM階段抑制巨噬細(xì)胞的PI3K-AKT***時，胰腺修復(fù)/再生明顯受到阻礙。通過流式細(xì)胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)胰腺中M2樣巨噬細(xì)胞（CD11b+F4/80+CD206+）的數(shù)量變化較小，而未成熟巨噬細(xì)胞（CD11b+F4/80mid）、炎性單核細(xì)胞（CD11b+Ly6Chi)和中性粒細(xì)胞(CD11b+Ly6G+)顯著升高?？傊钄嘁认倬奘杉?xì)胞中的PI3K-AKT信號將觸發(fā)促炎反應(yīng)和組織損傷，表明這些巨噬細(xì)胞在ADM階段（第3天）具有***或促消退表型。 醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)實驗課題整體服務(wù)soRNA測序的 整套服務(wù)。
二、G4穩(wěn)定性在基因區(qū)和非基因功能區(qū)之間存在差異
根據(jù)穩(wěn)定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩(wěn)定G4基因座”（342778個），低于19分的為“不穩(wěn)定G4基因座”（327298個），繪制穩(wěn)定性得分分布圖：
三、G4功能受到不同基因區(qū)域的限制
HKT檢驗顯示，G4基因座的進(jìn)化取決于它們位于哪個基因組件內(nèi)。G4基因座在上游、下游基因區(qū)域、5'UTR、3'UTR的優(yōu)勢比***大于1。位于增強子、復(fù)制起點以及在TAD邊界區(qū)域的G4基因座優(yōu)勢比都很高，這一發(fā)現(xiàn)表明這三種區(qū)域的G4基因座是有功能的。
這項工作表明， G4 的覆蓋率、密度、預(yù)測穩(wěn)定性和選擇壓力取決于它們所在的基因成分和非基因功能區(qū)域。自然選擇在基因組的某些功能區(qū)域中保持了高密度的 G4 位點和高穩(wěn)定性的 G4 結(jié)構(gòu)，以及在其他功能區(qū)中保持低密度和低穩(wěn)定性。每個特定區(qū)域組的情況可能取決于維持功能性 G4 的選擇壓力與容納此類結(jié)構(gòu)的成本之間的平衡。
四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細(xì)胞異質(zhì)性
為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達(dá)模式的細(xì)胞亞群，在snRNA-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細(xì)肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達(dá)模式。一組細(xì)胞(SLC12A1+UMOD+)表達(dá)粗升肢標(biāo)記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細(xì)胞表達(dá)另一組TAL特異性標(biāo)記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細(xì)胞根據(jù)之前發(fā)表的標(biāo)記的表達(dá)被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細(xì)胞亞群中表達(dá)(圖4c)。在snATAC-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上進(jìn)行TAL的亞聚類，劃分三個亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點圖顯示每個TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點的直徑對應(yīng)于檢測到的基因活性的細(xì)胞比例，斑點的密度對應(yīng)于相對于所有細(xì)胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉(zhuǎn)錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來識別區(qū)分厚升肢細(xì)胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對這些DAR進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子motif富集(圖4g)。 英拜生物對實驗可行性分析。
結(jié)果1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實驗，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。 根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。rip課題分子生物學(xué)
產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設(shè)。上海課題實驗外包
3）APP/PS1小鼠大腦皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中NOX4水平升高
我們研究了NOX4在APP/PS1雙轉(zhuǎn)基因AD小鼠星形膠質(zhì)細(xì)胞損傷中的作用。我們使用免疫熒光染色檢測APP/PS1小鼠和野生型小鼠皮質(zhì)GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中NOX4的蛋白水平。免疫熒光染色顯示，APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中NOX4陽性染色強度高于WT小鼠(圖3A和B)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中NOX4與GFAP亞細(xì)胞共定位陽性的受損星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量***增加(圖3C)。這些結(jié)果提示APP/PS1小鼠星形膠質(zhì)細(xì)胞受損時NOX4蛋白水平升高。 上海課題實驗外包
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
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