轉(zhuǎn)錄組學(xué) (RNA-Seq) 模塊
RNA-seq 模塊對與衰老相關(guān)的全基因組轉(zhuǎn)錄組變化進(jìn)行編目。RNA-seq 模塊中收集的數(shù)據(jù)集來自與衰老研究相關(guān)的已發(fā)表文章。該模塊收集在特定基因干預(yù)（過表達(dá)、敲除等）時觀察到的轉(zhuǎn)錄組變化，該模塊還收集特定組織和***在生理和病理衰老過程中基因表達(dá)譜的變化。RNA-seq 模塊目前包含 > 18 000 個可能與衰老有關(guān)的差異表達(dá)基因 (DEG)。在 RNA-seq 模塊中，可以通過基因名稱輕松搜索 DEG，并且每個 DEG 條目都包含潛在的實(shí)驗條件和基因表達(dá)的倍數(shù)變化及其發(fā)布的來源?？梢韵螺d每篇文章中的所有搜索結(jié)果和相應(yīng)的DEG數(shù)據(jù)庫。 生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。沈陽課題設(shè)計實(shí)驗
2021年6月，***一篇發(fā)表在Microbiome（IF=11.607）的文章（Microbiota long-term dynamics and prediction of acute graft-versus-host disease in pediatric allogeneic stem cell transplantation.）從共生功能體視點(diǎn)的角度對29名接受同種異體造血干細(xì)胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進(jìn)行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了口腔和鼻子中的細(xì)菌可能預(yù)測急性移植物抗宿主病(aGvHD)。監(jiān)測HSCT患者不同身體部位的微生物群，特別是通過移植前樣本的參與，可能具有預(yù)后價值，并有助于指導(dǎo)個性化***策略。識別具有預(yù)測移植后aGvHD潛力的獨(dú)特細(xì)菌，可能為改進(jìn)預(yù)防性臨床管理提供機(jī)會，包括對微生物群的調(diào)節(jié)。CRO課題課題設(shè)計***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細(xì)胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細(xì)胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個數(shù)據(jù)集中所有巨噬細(xì)胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細(xì)胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標(biāo)識(圖2B和2C)。然后使用每個細(xì)胞簇中**個上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關(guān)的已知生物學(xué)過程的誘導(dǎo)。
四、TEA-seq轉(zhuǎn)錄本、表位和可及性的三峰測量
A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業(yè)平臺的發(fā)布，我們推斷通透細(xì)胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質(zhì)表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經(jīng)過試驗和關(guān)鍵步驟的優(yōu)化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達(dá)平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標(biāo)記抗體組合了數(shù)千個單細(xì)胞的所有三種測量結(jié)果.
B.D.在對裝入4孔的細(xì)胞進(jìn)行初始數(shù)據(jù)處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標(biāo)準(zhǔn)的細(xì)胞條形碼，有2,500,500個獨(dú)特的ATAC-seq片段(中值=8762個獨(dú)特的ATAC片段)，有>500個基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個RNAUMIs;中位數(shù)=檢測到129,249個基因)，500個ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質(zhì)豐度測量允許檢測許多附加的相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細(xì)胞上表達(dá)的趨化因子受體和CD38，一種表達(dá)于多種免疫細(xì)胞表面的糖蛋白. 也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。
固醇調(diào)控元件結(jié)合蛋白(SREBPs)是***高脂血癥特征性膽固醇、脂肪酸和甘油三酯生物合成的主要轉(zhuǎn)錄因子。本研究中發(fā)現(xiàn)了一種小分子，白樺素，它通過誘導(dǎo)SREBP裂解***蛋白(SCAP) 與Insig相互作用特異性地抑制SREBP的成熟，進(jìn)而降低膽固醇和脂肪酸的生物合成，改善飲食誘導(dǎo)的肥胖，降低血清和組織中的脂質(zhì)含量，提高胰島素敏感性，減小***斑塊的大小。樺樹皮中含有豐富的白樺素，有望成為開發(fā)***高脂血癥藥物的先導(dǎo)化合物。本研究于2021年1月發(fā)表在《Cell Metabolism》IF:21.567期刊上。產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測試的假設(shè)。CRO課題課題設(shè)計
英拜生物對整體實(shí)驗實(shí)施的全局把控。沈陽課題設(shè)計實(shí)驗
該數(shù)據(jù)庫還將解剖學(xué)及其相關(guān)表型與環(huán)境化學(xué)物質(zhì)聯(lián)系起來，使它們可計算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學(xué)和表型景觀的解剖學(xué)視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫(yī)學(xué)主題詞中“解剖學(xué)”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個用于解剖結(jié)構(gòu)和區(qū)域、生理系統(tǒng)、流體和組織、細(xì)胞和亞細(xì)胞成分的術(shù)語。 目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。沈陽課題設(shè)計實(shí)驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗并參與實(shí)驗課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實(shí)驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗：DNA甲基化實(shí)驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實(shí)驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗