接著，我們利用NMR進(jìn)一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號(hào)的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結(jié)果表明，F(xiàn)TO干擾了SsD的狀態(tài)。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細(xì)胞對(duì)SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細(xì)胞中，SsD在0.05-0.14 nmol/百萬細(xì)胞中檢測(cè)到。HPLC顯示SsD對(duì)體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細(xì)胞系統(tǒng)中，斑點(diǎn)印跡試驗(yàn)證實(shí)了SsD介導(dǎo)的FTO活性競(jìng)爭(zhēng)性抑制(圖3H)。綜上所述， FTO是SsD的直接靶點(diǎn)，可能是SsD誘導(dǎo)的白血病細(xì)胞生長抑制作用的主要介質(zhì)。英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。RNA甲基化課題一站式
五、npm1突變的AML亞型可預(yù)測(cè)總生存率
評(píng)估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(guān)(圖5A;補(bǔ)充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(guān)(Log-rank檢驗(yàn)p=0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預(yù)測(cè)因素，我們還擬合了一個(gè)多變量Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型，調(diào)整了臨床病理參數(shù)，如性別、白細(xì)胞計(jì)數(shù)、年齡、核型和突變，包括FLT3-itd、FLT3-TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補(bǔ)預(yù)后價(jià)值(p-值=0.01，圖5B)。 TRF課題整包服務(wù)高通量測(cè)序的后續(xù)成文服務(wù)。
脂質(zhì)氧化先于胞質(zhì)Ca2+的增加和質(zhì)膜的破壞
體積細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中Ferroptosis特征之間的詳細(xì)時(shí)間關(guān)系被***后群體細(xì)胞發(fā)生Ferroptosis的異質(zhì)性所掩蓋。為了解決這個(gè)問題，作者使用活細(xì)胞共聚焦顯微鏡在單細(xì)胞水平上量化了Fluo-4AM信號(hào)、細(xì)胞圓度和PI攝入量的增加。從單個(gè)細(xì)胞獲得的動(dòng)力學(xué)曲線(圖2C,F,K)中，計(jì)算出每個(gè)ferroptotic表型(t50)實(shí)現(xiàn)50%變化所需的時(shí)間，這使得可以設(shè)置Ferroptosis各過程之間的滯后時(shí)間(圖2D,G,L)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與所使用的Ferroptosis觸發(fā)器無關(guān)，胞漿Ca2+的增加先于細(xì)胞圓縮和質(zhì)膜完全坍塌(圖2A,B)。從流式細(xì)胞術(shù)實(shí)驗(yàn)(圖1G)可以看出，Erastin-1存在時(shí)，胞質(zhì)Ca2+的增加是一個(gè)雙相行為的兩步過程(圖2C)。***個(gè)事件在比較大Ca2+信號(hào)的40%左右達(dá)到飽和，與不相關(guān)的鈣(Ca2+un)增加相對(duì)應(yīng)，因?yàn)樗鼪]有受到Ferroptosis的抑制(圖1G)。
三、ICICLE-seq聯(lián)合測(cè)量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測(cè)試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測(cè)量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測(cè)量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識(shí)別細(xì)胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識(shí)別細(xì)胞類型特異性聚類。 TIMEOR是***個(gè)基于 Web 的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法。
胰管腺*(PDAC)有明顯的肝轉(zhuǎn)移傾向。促*分泌體通過外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。2021年4月發(fā)表于Gut（IF=19.819）的文章“Exosome-delivered CD44v6/C1QBP complex drives pancreatic cancer liver metastasis by promoting fibrotic liver microenvironment”對(duì)此進(jìn)行了探究。本研究旨在探討PDAC來源的外泌體(Pex)調(diào)控肝臟微環(huán)境、促進(jìn)轉(zhuǎn)移的潛在機(jī)制。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物對(duì)于肝纖維化微環(huán)境和PDAC肝轉(zhuǎn)移的形成是必不可少的。高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。創(chuàng)傷性腦損傷課題分子生物學(xué)
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。RNA甲基化課題一站式
為了完全理解HoxBlinc過表達(dá)調(diào)控HSPC造血轉(zhuǎn)錄程序的機(jī)制，進(jìn)行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細(xì)胞中繪制基因組HoxBlinc結(jié)合位點(diǎn)。HoxBlinc的過表達(dá)***增加了其與HoxB前基因啟動(dòng)子區(qū)域和其他反式靶點(diǎn)的結(jié)合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細(xì)胞基因組中HoxBlinc結(jié)合位點(diǎn)的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區(qū)相互作用，包括基因間區(qū)、內(nèi)含子和啟動(dòng)子。值得強(qiáng)調(diào)的是，HoxBlinc的過表達(dá)***增加了其與啟動(dòng)子和UTR的占用（圖5e）。整合來自WT和HoxBlincTg HSPC的ChIRP-seq、RNA-seq和ATAC-seq數(shù)據(jù)集顯示，大約74%的基因HoxBlinc結(jié)合增加表現(xiàn)在基因表達(dá)水平增加兩倍以上（圖5f），44.7%的基因表現(xiàn)出啟動(dòng)子染色質(zhì)可及性增強(qiáng)（圖5g）。這些數(shù)據(jù)表明，HoxBlinc直接結(jié)合造血特異性靶基因，主要是NPM1c+特征基因，并介導(dǎo)染色質(zhì)的長程相互作用，驅(qū)動(dòng)HSPC的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。RNA甲基化課題一站式
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)