3.YTHDC2抑制LUAD的胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
為了研究YTHDC2對(duì)代謝物的影響，作者對(duì)YTHDC2低表達(dá)和高表達(dá)的LUAD標(biāo)本(分別稱為YTHDC2low和YTHDC2high)進(jìn)行代謝組學(xué)分析(n=20/組)。如圖3A顯示，GSH代謝在KEGG通路中排名前20。在***改變的代謝產(chǎn)物中，與YTHDC2high的**相比，YTHDC2low的**中胱氨酸含量增加了3.975倍(圖3B)。此外，在cohort#1(n=100)中，YTHDC2和胞內(nèi)胱氨酸呈負(fù)相關(guān)(圖3C)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2減少了細(xì)胞內(nèi)的胱氨酸。 提供整體課題外包實(shí)驗(yàn)構(gòu)思。褪黑素課題一站式
為了確定CDK4 /6i誘導(dǎo)的記憶形成是否通過(guò)細(xì)胞周期的RB介導(dǎo)的G1期阻滯，用G1阻滯劑處理細(xì)胞，胸腺嘧啶，通過(guò)阻止DNA合成和進(jìn)入S期，**于RB的誘導(dǎo)G1阻滯。結(jié)果顯示胸腺嘧啶處理的細(xì)胞表型復(fù)制了CDK4/6抑制，并在很大程度上挽救了Rb1 KO細(xì)胞中Tcm的形成(Fig. 3J) ，表明RB介導(dǎo)的G1阻滯本身有助于CDK4 /6i誘導(dǎo)的記憶分化。通過(guò)3'RNA-seq進(jìn)一步分析Rb1 KO細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)記憶相關(guān)基因下調(diào)和效應(yīng)標(biāo)記增加（圖3K-L），CDK4/6抑制后未能逆轉(zhuǎn)（圖3M-N）。這些結(jié)果表明CDK4/6i介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄重編程和記憶形成是通過(guò)RB依賴的G1細(xì)胞周期停滯和同時(shí)抑制CDK4/6信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。標(biāo)書(shū)課題樣本檢測(cè)也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。
三、SMARCA4調(diào)節(jié)AR靶基因的表達(dá)，參與細(xì)胞外基質(zhì)組織和細(xì)胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對(duì)有DHT和沒(méi)有DHT的VCaP細(xì)胞基因表達(dá)的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調(diào)的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調(diào)和上調(diào)的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個(gè)差異表達(dá)基因(DEGs)，其中363個(gè)基因雄******調(diào)控(圖4b, c）。對(duì)差異雄***調(diào)節(jié)基因集進(jìn)行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應(yīng)答基因的表達(dá)，例如，分支結(jié)構(gòu)的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細(xì)胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細(xì)胞對(duì)藥物的反應(yīng)中富集的基因的表達(dá)(圖4d)。上述結(jié)果表明smarca4介導(dǎo)的染色質(zhì)可及性變化促進(jìn)了它們的表達(dá)。
1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對(duì)3個(gè)臨床OA和3個(gè)對(duì)照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個(gè)***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們?cè)u(píng)估了每個(gè)病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時(shí)，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對(duì)應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測(cè)到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對(duì)一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測(cè)了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時(shí)間依賴性(圖1D)。核分離實(shí)驗(yàn)結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。 高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。
大約1%的人類基因組能夠折疊成G四鏈體(Gquadruplexes，G4s)——在富含G的基序上形成的非經(jīng)典鏈特異性DNA結(jié)構(gòu)。G4的熱穩(wěn)定性不同，這可能會(huì)影響它們的功能。然而，G4s也可能阻礙復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩(wěn)定性和突變率。因此，根據(jù)其基因組位置、熱穩(wěn)定性和功能性，G4基因座可能會(huì)在不同的選擇壓力下進(jìn)化，而這一點(diǎn)從未被研究過(guò)。一、基因組中G4基因座的密度不均勻與全基因組平均值相比，CpG島、上游區(qū)域和轉(zhuǎn)錄鏈的G4密度的倍數(shù)差異特別**別為、和。相比之下，內(nèi)含子的非轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄鏈、非轉(zhuǎn)錄外顯子鏈和3'UTR的非轉(zhuǎn)錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢(shì)不變，復(fù)制起點(diǎn)和增強(qiáng)子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高倍和倍。二、G4穩(wěn)定性在基因區(qū)和非基因功能區(qū)之間存在差異根據(jù)穩(wěn)定性得分將G4基因座分為2組，高于19分的為“穩(wěn)定G4基因座”（342778個(gè)），低于19分的為“不穩(wěn)定G4基因座”（327298個(gè)）。Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。標(biāo)書(shū)課題樣本檢測(cè)
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。褪黑素課題一站式
為了確定METTL3促進(jìn)**細(xì)胞增殖的機(jī)制，檢測(cè)了METTL3在ESCC細(xì)胞上轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)中的作用。METTL3缺失降低了KYSE180細(xì)胞中m6A的總豐度。甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）和m6A特異性抗體，然后進(jìn)行RNA測(cè)序（MeRIP-seq），發(fā)現(xiàn)KYSE180的mRNA中鑒定的m6A位點(diǎn)與RRACH序列一致。m6A信號(hào)在mRNAs的終止密碼子和3′-非翻譯區(qū)富集。在MeRIP-seq中METTL3缺失減少了1101個(gè)基因的mRNAs中1199個(gè)m6A峰。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn)METTL3缺失調(diào)節(jié)2973個(gè)基因的表達(dá)。二者取交集發(fā)現(xiàn)共有93個(gè)基因重疊。MeRIP-seq中細(xì)胞成分（CC）項(xiàng)的基因本體（GO）富集分析表明，在METTL3缺失的KYSE180細(xì)胞中，β-連環(huán)蛋白降解復(fù)合物（的基因組（包括APC）中m6A水平***降低。褪黑素課題一站式
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
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