一、上傳數(shù)據(jù)
可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時(shí)序count表達(dá)文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個(gè)問題，然后點(diǎn)擊“Run”開始進(jìn)行質(zhì)控
二、初級(jí)分析
數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進(jìn)行初級(jí)分析，包括：差異表達(dá)量計(jì)算、基因簇分析。差異計(jì)算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實(shí)際情況自由選擇。
三、次級(jí)分析
次級(jí)分析用于評(píng)估豐富度、因子結(jié)合和時(shí)間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級(jí)分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識(shí)別基因簇中高表達(dá)的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預(yù)測(cè)影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子；TemporalRelations，識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRN）。 采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。重慶細(xì)胞增殖標(biāo)書
在缺氧條件下持續(xù)刺激的T細(xì)胞出現(xiàn)衰竭
為了確定缺氧是否會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞衰竭，在體外建立暴露于缺氧應(yīng)激的模型。a，體外CD8+ T細(xì)胞d10的TNF和IFN-γ的產(chǎn)生，在缺氧或缺氧條件下，用抗cd3 /CD28珠急性或持續(xù)***d2- 5，然后在常氧或缺氧條件下額外培養(yǎng)5天。b，，圖2中使用的刺激方案生成的第3天CD8+ T細(xì)胞CTV稀釋液的代表性直方圖和division分析。c, CD8+ T細(xì)胞的擴(kuò)增(左)和累積倍增(右)。d，第3天或第4天產(chǎn)生的CD8+ T細(xì)胞的染色稀釋(增殖)與細(xì)胞死亡(活/死)染色。e, PD-1在cd4 + T細(xì)胞中的平均熒光強(qiáng)度。.f–h。第3天CD8+ T細(xì)胞的流式圖。 專業(yè)基金標(biāo)書構(gòu)思評(píng)估了丙酸丁酸和異丁酸的含量是否與運(yùn)動(dòng)恢復(fù)或腸道完整性相關(guān)。
2）Pex增強(qiáng)肝衛(wèi)星細(xì)胞(HSCs)的活性
為了證實(shí)Pex的生物學(xué)功能，將原代小鼠肝細(xì)胞與Pex孵育，Pex被受體細(xì)胞吸收。然后使用免疫熒光染色對(duì)原發(fā)性肝細(xì)胞的類型進(jìn)行表征，結(jié)果顯示，desmin+HSCs和F4/80+Kupffer細(xì)胞吸收了Pex(圖2A)。我們接下來研究了Pex對(duì)HSCs生物學(xué)行為的影響，發(fā)現(xiàn)Pex***增強(qiáng)了HSCs的增殖和遷移能力(圖2B和C)。Pex與Npex處理的HSCs的凋亡沒有***差異(圖2D)。westernblot和免疫熒光檢測(cè)結(jié)果顯示，Pex***上調(diào)α-SMA的表達(dá)，說明Pex能促進(jìn)HSC的活化(圖2E和F)。我們觀察到Pex可以通過下調(diào)vitronectin和tenascinC的表達(dá)，上調(diào)collagenI和fibronectin的表達(dá)來調(diào)節(jié)HSCs中的ECM分泌(圖2G)。
在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質(zhì)編碼基因BCL9L。BCL9L在10種**類型的**組織中***上調(diào)。其表達(dá)水平與m6A信號(hào)呈正相關(guān)（r=0.35）和m6A亞型在總?cè)丝谥?。在?薈萃分析（HR）中，BCL9L的高表達(dá)與總體生存率降低***相關(guān)。這一發(fā)現(xiàn)在6個(gè)外部驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中得到證實(shí)，包括肺*，胃*，乳腺*，肝*和卵巢*，乳腺*。BCL9L是Wnt信號(hào)通路的重要成員，與Wnt信號(hào)通路的ssGSEA富集分?jǐn)?shù)***相關(guān)。在參與Wnt信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的5個(gè)m6A互作基因（MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2）中，BCL9L與MYC有很強(qiáng)的相關(guān)性（r=0.34）和CTNNB1（r=0.36）。此外，我們驗(yàn)證了外部數(shù)據(jù)集中的109個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。在PFDR的meta分析中，40個(gè)基因（37.7%）與生存率相關(guān)<0.05，表明它們?cè)?*中起重要作用?？傊?，這項(xiàng)研究表明m6A調(diào)節(jié)因子和相互作用基因可能在**預(yù)后中起重要作用。我們對(duì)m6A模式的系統(tǒng)評(píng)價(jià)提高了對(duì)**微環(huán)境中RNA甲基化失調(diào)的理解。預(yù)測(cè)的相互作用靶基因可能為臨床***靶點(diǎn)提供更多的信息。脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現(xiàn)出腸道菌群紊亂而腸道失調(diào)加重SCI模型中的神經(jīng)損傷。
2、HMH-exo增強(qiáng)低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞系的轉(zhuǎn)移潛力
為了探究HCC轉(zhuǎn)移時(shí)外泌體在細(xì)胞與細(xì)胞串?dāng)_中的可能作用，作者實(shí)驗(yàn)HMH-exo預(yù)處理低轉(zhuǎn)移性的HCC細(xì)胞系。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與LMH-exo或者PBS預(yù)處理組相比，HMH-exo***增強(qiáng)了低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞系的轉(zhuǎn)移能力；隨后作者使用低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞系構(gòu)建了體內(nèi)原位異種移植瘤模型，成瘤后使用外泌體***6周，***檢測(cè)肝臟**和肺轉(zhuǎn)移，結(jié)果顯示與其它組相比，HMH-exo組的肝臟**更大，肺轉(zhuǎn)移結(jié)節(jié)更多。（圖2）。這些結(jié)果表明HMH-exo可以在體內(nèi)外增強(qiáng)低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞的轉(zhuǎn)移能力。 circNDUFB2過表達(dá)影響934個(gè)基因的表達(dá)水平。2021自然科學(xué)基金指南
circNDUFB2與IGF2BPs相互作用促進(jìn)泛素/蛋白酶體介導(dǎo)的IGF2BPs降解.重慶細(xì)胞增殖標(biāo)書
tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調(diào)控RBM17在PTC細(xì)胞中的表達(dá)
為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機(jī)制，作者合成了生物素標(biāo)記的tiRNA-Gly及其反義序列，進(jìn)行RNApull-down實(shí)驗(yàn)，進(jìn)而挖掘K1細(xì)胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了一個(gè)50KD左右大小的條帶，選擇經(jīng)質(zhì)譜測(cè)定肽數(shù)>3和獨(dú)特肽數(shù)>3的蛋白，獲得了5個(gè)可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗(yàn)證（圖2B）。RIP實(shí)驗(yàn)也證實(shí)tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進(jìn)一步RIP實(shí)驗(yàn)表明，tiRNA-Gly在RBM17全長(zhǎng)序列中***富集，但在UHM截?cái)嗪蟮男蛄兄懈患?**下降，表明tiRNA-Gly和RBM17的相互作用依賴UHM（圖3D）。此外，與tiRNA-Gly的相互作用促進(jìn)了K1細(xì)胞RBM17從細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核，雖然tiRNA-Gly主要定位于細(xì)胞質(zhì)，但同時(shí)導(dǎo)致K1細(xì)胞胞質(zhì)RBM17蛋白水平降低，核RBM17蛋白水平升高（圖3E-G）。因此，這些研究表明tiRNA-Gly與RBM17的UHM結(jié)合促進(jìn)RBM17的核轉(zhuǎn)運(yùn)。 重慶細(xì)胞增殖標(biāo)書
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)