6.ELNAT1通過(guò)UBC9誘導(dǎo)的hnRNPA1的SUMOylation被封裝到EVs中
UBC9可以催化靶蛋白的SUMOylation來(lái)調(diào)節(jié)它們與生物分子的相互作用和細(xì)胞運(yùn)輸。Figure6A顯示，通過(guò)co-IP分析，觀察到一個(gè)明顯的15~25kDa條帶被hnRNPA1特異性富集。此外，IP分析顯示UBC9過(guò)表達(dá)增強(qiáng)了hnRNPA1的SUMO2連接，表明UBC9誘導(dǎo)hnRNPA1的SUMOylation（Figure6B）。將hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點(diǎn)賴氨酸3（K3）和賴氨酸113（K113）用精氨酸替代（Figure6C），并通過(guò)co-IP分析表明，證明了hnRNPA1中SUMOylation修飾的位點(diǎn)是K113（Figure6D）。ELNAT1過(guò)表達(dá)上調(diào)了hnRNPA1K113的SUMO化，而敲除UBC9則消除了這個(gè)影響（Figure6E）。 WB結(jié)果顯示結(jié)腸中炎癥分子的相對(duì)表達(dá)似乎低于脊髓中的?？茖W(xué)課題
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標(biāo)記Mab414，它可以識(shí)別包括Nup62在內(nèi)的幾個(gè)Nups的FG結(jié)構(gòu)域，我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個(gè)主要的同質(zhì)的環(huán)狀標(biāo)記。非腦外傷對(duì)照組的腹神經(jīng)索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規(guī)則，顯示核形態(tài)紊亂。我們?cè)谀X外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團(tuán)塊)的出現(xiàn)(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細(xì)胞百分比明顯高于非TBI對(duì)照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細(xì)胞質(zhì)共聚集，而對(duì)照大腦顯示很少或沒(méi)有共聚集(圖2C)。定量結(jié)果顯示，與對(duì)照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽(yáng)性細(xì)胞百分比***升高(圖2D)。Ran***1對(duì)Ran-GTP的水解對(duì)于核出口過(guò)程中貨物進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)至關(guān)重要。Ran***1維持核/細(xì)胞質(zhì)Ran梯度，其丟失會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞死亡。在非tbi對(duì)照組大腦中，Ran***1在核膜內(nèi)分布均勻，少數(shù)細(xì)胞表現(xiàn)出強(qiáng)烈的核信號(hào)。 課題申報(bào)circRNAs在腎細(xì)胞*(RCC)中的表達(dá)模式和生物學(xué)功能.
一、PBMC單核、單細(xì)胞ATAC序列優(yōu)化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細(xì)胞分離純化的PBMCs之間的一個(gè)主要區(qū)別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細(xì)胞。我們使用熒光***細(xì)胞分選(FACS)從高中性粒細(xì)胞含量的PBMC樣本中檢測(cè)去除死細(xì)胞和碎片的方法，包括去除中性粒細(xì)胞和不去除中性粒細(xì)胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來(lái)分離細(xì)胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進(jìn)行snATAC-seq，測(cè)序，并將數(shù)據(jù)質(zhì)量指標(biāo)(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個(gè)主要的細(xì)胞條碼群體。細(xì)胞核制備的scATAC-seq文庫(kù)包含更多來(lái)自核小體DN**段的reads，而來(lái)自細(xì)胞核的非細(xì)胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細(xì)胞條形碼更多。
鑒于以上結(jié)果，作者想進(jìn)一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結(jié)果。結(jié)果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質(zhì)合成抑制劑環(huán)己胺(CHX)處理細(xì)胞，tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染后增加了K1細(xì)胞內(nèi)源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對(duì)照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內(nèi)源性RBM17在轉(zhuǎn)染tiRNA-Gly的K1細(xì)胞中的積累量**高于轉(zhuǎn)染siRNA-NC的K1細(xì)胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細(xì)胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過(guò)表達(dá)***抑制了泛素化RBM17的水平（圖3L）。綜上所述，tiRNA-Gly可以穩(wěn)定RBM17蛋白通過(guò)泛素/蛋白酶體依賴性降解。circNDUFB2可通過(guò)破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用。
TransCirc數(shù)據(jù)庫(kù)整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測(cè)結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。
我們使用miR-127-3p抑制劑和模擬物在circSDHC缺失或過(guò)表達(dá)后進(jìn)行拯救實(shí)驗(yàn).科學(xué)課題
為了進(jìn)一步研究MAO-A是否作為巨噬細(xì)胞自主因子直接調(diào)控TAM極化從而影響抗**免疫，進(jìn)行了巨噬細(xì)胞過(guò)繼轉(zhuǎn)移**實(shí)驗(yàn)。從Maoa WT和KO小鼠中獲取BM細(xì)胞，然后培養(yǎng)成骨髓源性巨噬細(xì)胞(bone marrow macrophages, BMDMs)。然后將這些Maoa WT或KO BMDMs與B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞混合，皮下注射到BoyJ WT受體小鼠中建立實(shí)體**（圖2g）。在本實(shí)驗(yàn)中，MAO-A缺乏的比較***于TAM細(xì)胞。在接受Maoa KO BMDMs小鼠中觀察到**生長(zhǎng)抑制（圖2h-i），TAM免疫抑制markers下調(diào)（圖2j），免疫刺激markers上調(diào)（圖2k-l），以及增強(qiáng)**浸潤(rùn)C(jī)D8+T細(xì)胞***（圖2m）。綜上所述，這些體內(nèi)研究表明MAO-A作為一種直接調(diào)節(jié)TAM極化的自主因子，從而影響T細(xì)胞抗**反應(yīng)性和影響**生長(zhǎng)。科學(xué)課題
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)