m6A RNA甲基化是mRNA轉(zhuǎn)錄后**常見的內(nèi)部甲基化。這是一個(gè)由m6A WER系統(tǒng)控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結(jié)果取決于特異性閱讀器的識(shí)別并結(jié)合。目前研究發(fā)現(xiàn)抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關(guān)。該研究2021年1月發(fā)表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。
1.YTHDC2表達(dá)在LUAD中被抑制，且與臨床預(yù)后差相關(guān)
為了驗(yàn)證m6A閱讀器在肺*的表達(dá)，作者通過GEPIA數(shù)據(jù)庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示，與正常肺相比，LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達(dá)下調(diào)，而結(jié)合Oncomine數(shù)據(jù)庫和Kaplan-Meier圖譜進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(guān)(圖1D)，這證實(shí)了YTHDC2與LUAD存在負(fù)相關(guān)的關(guān)系。 PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對(duì)照組大鼠完全不同.醫(yī)院自然科學(xué)基金
YTHDC2調(diào)節(jié)SLC7A11 mRNA的穩(wěn)定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗(yàn)證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細(xì)胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細(xì)胞中過表達(dá)METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細(xì)胞中降低METTL3表達(dá)阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質(zhì)活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細(xì)胞中的作用是依賴m6A。
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點(diǎn)，在H1975細(xì)胞中METTL3敲除前后分別進(jìn)行了MeRIP-seq研究。在H1975細(xì)胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(diǎn)(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(qū)(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進(jìn)行MeRIP-qPCR。在H1975細(xì)胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點(diǎn)周圍。相反，當(dāng)METTL3在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時(shí)，觀察到相反的結(jié)果(圖6C)。 2021年國家自然科學(xué)基金限項(xiàng)LAG抗體***富集ciRS-7但未富集circNDUFB2.
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會(huì)影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會(huì)增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會(huì)造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進(jìn)而影響疾病進(jìn)程。
1.構(gòu)建LIR預(yù)測(cè)模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗(yàn)證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測(cè)，并對(duì)預(yù)測(cè)到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進(jìn)行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預(yù)測(cè)
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進(jìn)行整合，獲得2,963,952個(gè)獨(dú)特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報(bào)道過與**自噬有關(guān)。
3.分析突變的LIR基序（LAMs）在泛*中的作用
使用TCGA數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)，STDB1在泛*中為抑制**；在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中為促進(jìn)**。
6）DRD2通過下調(diào)DDX5和eEF1A2來抑制NF-κB通路的***和**的發(fā)生DRD2異位表達(dá)***抑制了p65和NF-κB靶基因IL-10的mRNA表達(dá)(圖6A)，表明在沒有配體***的情況下，DRD2是NF-κB通路的負(fù)調(diào)控因子。除了結(jié)合***β-arrestin2外，DRD2還可能通過其他方式抑制NF-κB信號(hào)通路。采用Co-IP法分離可能的結(jié)合蛋白，并采用質(zhì)譜法進(jìn)行蛋白鑒定。MDA-MB231和BT549細(xì)胞的所有結(jié)合蛋白中，DDX5、eEF1A2和ICAM-1均被異位表達(dá)的DRD2下調(diào)(圖6B-C)。根據(jù)以往的研究，DDX5和eEF1A2是幾種**中的兩種致*基因。WB也證實(shí)了DDX5和eEF1A2蛋白水平下調(diào)(圖6D)。在293T和MDA-MB231中，通過Co-IP和IB實(shí)驗(yàn)證實(shí)了DRD2、DDX5和eEF1A2的結(jié)合(圖6E)，表明這三種蛋白形成了一個(gè)復(fù)合物。探討SCI腸道微生物失調(diào)與神經(jīng)炎癥之間的分子相互作用。
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運(yùn)輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并改變修飾RNA分子的命運(yùn)。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運(yùn)輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細(xì)胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學(xué)實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評(píng)估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。FMT處理可以促進(jìn)下行運(yùn)動(dòng)通路的恢復(fù)。國家自然科學(xué)基金評(píng)審
FMT處理可以調(diào)節(jié)SCI小鼠的微生物群組成以改善腸道微生物失調(diào)。醫(yī)院自然科學(xué)基金
在Jurkat和小鼠T細(xì)胞中檢測(cè)到多個(gè)肽上特異性磷酸化位點(diǎn)的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標(biāo)RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細(xì)胞蛋白組學(xué)中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導(dǎo)的記憶形成是由RB介導(dǎo)。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達(dá)上調(diào)(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉(zhuǎn)錄對(duì)CDK4/6i的響應(yīng)，包括SELL，其被CDK4/6i誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級(jí)小鼠CD8+T細(xì)胞的Tcm形成(Fig. 3J)。醫(yī)院自然科學(xué)基金
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