一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達(dá)增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽(yáng)性標(biāo)記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達(dá)缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測(cè)其在ER+乳腺*中的相對(duì)表達(dá)和功能。INPP4B蛋白表達(dá)缺失與三陰性乳腺*相關(guān)(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達(dá)在14 40%的乳腺*相對(duì)于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補(bǔ)充圖1 b, c)。在mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測(cè)130例原發(fā)人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(dá)(圖1c)。INPP4B表達(dá)降低與三陰性乳腺*相關(guān)，而***增加的INPP4B表達(dá)在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(guān)(圖1c, d和補(bǔ)充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數(shù)據(jù)集，我們發(fā)現(xiàn)只有1%的乳腺*表現(xiàn)出INPP4B基因改變，如突變、截?cái)?、擴(kuò)增或缺失。INPP4B mRNA表達(dá)與PTEN或AKT1突變無(wú)關(guān)，但與pik3a突變狀態(tài)正相關(guān)(圖1e和補(bǔ)充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達(dá)也***升高(補(bǔ)充圖1g)。進(jìn)一步分層研究發(fā)現(xiàn)，INPP4B高表達(dá)與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(guān)(圖1f)。 FMT可能通過(guò)***IL-1β/ NF-κB信號(hào)通路來(lái)緩解神經(jīng)炎癥。內(nèi)分泌標(biāo)書(shū)推薦咨詢
UCP1激動(dòng)劑CL316243也得到了類似的結(jié)果。這些結(jié)果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證這一調(diào)控關(guān)系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點(diǎn)注射UCP1特異性過(guò)表達(dá)腺病毒的方法建立AKI過(guò)表達(dá)UCP1的動(dòng)物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過(guò)表達(dá)UCP1可***緩解AKI動(dòng)物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1激動(dòng)劑CL316243在AKI動(dòng)物模型中誘導(dǎo)UCP1過(guò)表達(dá)，也觀察到了相同的結(jié)果(圖3F-H)。因此，所有證據(jù)表明，隨著UCP1表達(dá)的增加，AKI模型中的脂質(zhì)含量降低。代謝標(biāo)書(shū)技術(shù)指導(dǎo)采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。
此外，為進(jìn)一步驗(yàn)證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區(qū)域，使用ELNAT1不同序列缺失進(jìn)行RNA-pull down分析，以評(píng)估ELNAT1和hnRNPA1結(jié)合所需的區(qū)域。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區(qū)域（Figure 4 G, H）。并通過(guò)POSTAR2預(yù)測(cè)ELNAT1在610-680 nt區(qū)域的莖環(huán)結(jié)構(gòu)可能被hnRNPA1識(shí)別（Figure 4 I），而當(dāng)這一區(qū)域缺失時(shí)，hnRNPA1減弱對(duì)ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對(duì)ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關(guān)重要。
TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)于其對(duì)底物的泛素連接酶活性是必需的。構(gòu)建了一個(gè)帶有FLAG標(biāo)記RNA結(jié)合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對(duì)IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對(duì)于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結(jié)果表明，TRIM25通過(guò)泛素-蛋白酶體途徑促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)其在底物泛素化中的作用至關(guān)重要。
已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標(biāo)有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對(duì)IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circNDUFB2的存在。 circNDUFB2的丟失顯示了TRIM25對(duì)IGF2BPs泛素化和降解的顯著減弱作用。進(jìn)一步驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)并檢查circNDUFB2是否充當(dāng)支架來(lái)增強(qiáng)TRIM25與IGF2BP的結(jié)合，進(jìn)行了Co-IP分析。在帶有circNDUFB2但沒(méi)有circNDUFB2-MUT過(guò)表達(dá)的A549細(xì)胞中，TRIM25和IGF2BP之間的關(guān)聯(lián)得到增強(qiáng)。由于circNDUFB2對(duì)RNA核酸外切酶的抗性，使用RNase A***會(huì)嚴(yán)重破壞相互作用。此外，在METTL3 / 14敲低后，IGF2BP的泛素化作用顯著降低。結(jié)果表明，circNDUFB2充當(dāng)支架，以增強(qiáng)TRIM25和IGF2BPs之間的相互作用，隨后促進(jìn)TRIM25介導(dǎo)的IGF2BPs泛素化和降解。 大部分circSDHC定位于細(xì)胞質(zhì).
TFAP2B也有類似的模式，它調(diào)節(jié)遠(yuǎn)端腎單位的發(fā)育30。TFAP2B轉(zhuǎn)錄因子活性在粗升肢和遠(yuǎn)端曲小管中增加(圖3b,motif活性)，TFAP2B染色質(zhì)可及性增加(圖3b，基因活性)，TFAP2B轉(zhuǎn)錄增加(圖3b，基因表達(dá))。我們對(duì)遠(yuǎn)曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細(xì)胞(PC)進(jìn)行了偽時(shí)間排序，這些細(xì)胞在snRNA和snATAC數(shù)據(jù)集中都形成了一組不同的轉(zhuǎn)錄相關(guān)細(xì)胞類型。在HNF4A中，觀察到近曲小管中有一個(gè)CCAN，在啟動(dòng)子、基因體和遠(yuǎn)端區(qū)域的差異開(kāi)放區(qū)域(圖3c，紅框)之間有多個(gè)連接(紅色或藍(lán)色弧線)(圖3c)。circSDHC來(lái)源于第1染色體上的SDHC基因.cancer標(biāo)書(shū)贈(zèng)送提供技術(shù)路線
circNDUFB2敲低促進(jìn)這些表型。內(nèi)分泌標(biāo)書(shū)推薦咨詢
使用SmartSeq2協(xié)議對(duì)15個(gè)胎兒的單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq處理（圖1 a）。
基于差異表達(dá)(DE)分析和按標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)***性排序的前20個(gè)標(biāo)記基因。紅細(xì)胞(表達(dá)HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達(dá)FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細(xì)胞祖細(xì)胞和單核細(xì)胞(表達(dá)CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細(xì)胞、肥大細(xì)胞(表達(dá)CD63、GATA2和HDC)、漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞(pDCs;表達(dá)IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環(huán)pDCs(表達(dá)pDC和增殖標(biāo)記物;例如，MKI67)和粒細(xì)胞1、2和3(表達(dá)AZU1、MPO和PRTN3)(圖1B)單細(xì)胞分析顯示，在所有免疫表型定義的干細(xì)胞和祖細(xì)胞群體中存在***的轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性，一些表型祖細(xì)胞群體(如造血干細(xì)胞、MPPs、cmp、gmp、MEPs和CLPs)由超過(guò)10個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄定義群體組成（圖1c）.注釋了23個(gè)不同群體（圖1 d）. 內(nèi)分泌標(biāo)書(shū)推薦咨詢
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)