OARSI分級(圖6E)進一步提示小鼠SHAM+載體和DMM+circPde4b組軟骨降解較少，而DMM+載體和DMM+circPde4b+RIC8A組軟骨降解情況相反。熱板試驗、膝關節(jié)伸展試驗和電擊刺激跑步機試驗顯示，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的不適和膝關節(jié)疼痛多于SHAM+載體組和DMM+circPde4b組(圖6F)。小鼠膝關節(jié)的三維微CT重建顯示，DMM+NC組和DMM+circPde4b+RIC8A組比SHAM+載體和DMM+circPde4b組有更多的骨贅(圖6G)。此外，四組中RIC8A和p-p38標記的免疫組化染色顯示過表達circPde4b下調了RIC8A和p-p38的表達，從而抑制了DMM手術引起的OA進展(圖6H，I)。綜上所述，在小鼠中，circPde4b和RIC8A參與了OA的發(fā)病機制（圖6J）。
結論：我們的研究描述了一種新的circRNA在OA中的機制。我們發(fā)現(xiàn)circPDE4B可以作為蛋白質降解的支架，在OA的進展中發(fā)揮重要作用。在臨床前動物模型中，CircPDE4B被發(fā)現(xiàn)調節(jié)細胞外基質代謝，阻止軟骨基質的形成，證實了其對OA發(fā)生的潛在***作用。機制上，circPDE4B可作為促進RIC8A-MID1結合的支架，降低RIC8A依賴的p38信號通路的***，從而調節(jié)OA的進展。 LAG抗體***富集ciRS-7但未富集circNDUFB2.臨床醫(yī)學標書省自然科學基金
隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當YTHDC2在H1299細胞中過表達時，并過表達SLC7A11完全恢復了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉錄的關鍵轉錄因子，ATF4在H1299細胞中上調SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結合臨床分析，YTHDC2表達下調，而SLC7A11表達上調(圖4K、L)，并且它們在**中呈負相關(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
作者為研究YTHDC2是否在轉錄被阻斷后調控SLC7A11mRNA的穩(wěn)定性，通過泛轉錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細胞，發(fā)現(xiàn)YTH結構域對于YTHDC2縮短H1299細胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關重要(圖5A)。在H1975細胞中，CRISPR/Cas9技術使YTHDC2功能喪失，然后YTHDC2重構，進一步證實YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶，負責3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失，減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學水平上，用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細胞，也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 內分泌標書創(chuàng)新服務circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平。
急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學上的異質性疾病，其特征是克隆擴增和突變的造血干細胞和祖細胞分化受損。在AML**常見的驅動突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對插入是穩(wěn)定的，在20%-30%的病例中發(fā)生。由于其生物學意義和預后影響，NPM1突變在世界衛(wèi)生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個獨特的白血病實體，并在預后和***決策中發(fā)揮重要作用。NPM1突變通常與誘導和鞏固化療后患者生存的良好影響相關。在NPM1突變的AML中，F(xiàn)LT3-ITD突變經(jīng)常與DNMT3A突變同時發(fā)生，這本身與接受標準誘導***的患者預后更差有關。大多數(shù)關于NPM1突變的AML的研究都集中在其他突變的同時發(fā)生，而突變型NPM1患者基因表達水平的異質性及其生物學意義尚未得到***研究。
1.下載GEO數(shù)據(jù)（./geo/）并進行預處理下載數(shù)據(jù)集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進行原始數(shù)據(jù)的合并和預處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針I(yè)D轉換為基因名。，這些數(shù)據(jù)可從CIBERSORT網(wǎng)站（CIBERSORT./）進行下載。使用CIBERSORT對表達文件的P值和均方根誤差進行計數(shù)，獲得免疫細胞收據(jù)，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進行結果的可視化。
3.免疫浸潤細胞分析對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關分析，結果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協(xié)同的作用。 PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對照組大鼠完全不同.
3.Tempol可改善PCOS大鼠全身和腸道的氧化應激
DHEA+PBS組大鼠血清MDA水平明顯高于油+PBS組，血清T-AOC水平明顯低于oil+PBS組。給藥Tempol可***降低PCOS大鼠血清MDA水平，提高血清T-AOC水平(圖3A-B)。研究發(fā)現(xiàn)，DHEA聯(lián)合或不聯(lián)合tempol對血清3’-NT和AGEs水平均無影響(圖3C-D)。作者測定卵巢中氧化應激生物標志物的水平，PCOS大鼠卵巢MDA、3-NT、AGEs水平高于對照組，但差異無統(tǒng)計學意義(圖3E-G)，PCOS大鼠卵巢T-AOC水平未見明顯下降(圖3H)；然而，這些大鼠的SOD活性降低(圖3I)。WB分析顯示，PCOS大鼠卵巢中SOD1表達下降，而SOD2表達未發(fā)生變化(圖3J)。Tempol對PCOS大鼠這些氧化應激標志物的水平?jīng)]有明顯影響，甚至進一步降低了卵巢SOD活性(圖3E-I)，這表明Tempol對卵巢氧化應激沒有直接影響。 我們構建了生物素標記的circSDHC探針.服務標書國家自然科學基金
FMT處理可恢復SCI小鼠中糞便短鏈脂肪酸(SCFAs)。臨床醫(yī)學標書省自然科學基金
三、SMARCA4調節(jié)AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節(jié)基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 臨床醫(yī)學標書省自然科學基金
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗