系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)患者大多數(shù)存在I型IFN刺激基因(ISGs)的高表達。線粒體異常也有報道，但I型IFN暴露對這些變化的貢獻尚不清楚。此外，I型IFN通過上調(diào)脂肪酸氧化(FAO)和氧化磷酸化(OXPHOS)促進漿細(xì)胞樣樹突狀細(xì)胞（pDCs）的線粒體功能。本文數(shù)據(jù)表明，I型IFN暴露通過代謝重編程促進CD8 + T細(xì)胞死亡，有助于SLE發(fā)病。本文于2021年3月發(fā)表在《Nature Communications》IF:12.121。
1、ISGs高表達患者OXPHOS基因下調(diào)
為了確定是否T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組特征可以幫助鑒定SLE患者的疾病活動，作者對來源于***和未***女性的CD8+T和CD4+T細(xì)胞的mRNA進行測序。對DEGs進行聚類熱圖分析，發(fā)現(xiàn)SLE患者根據(jù)ISG表達水平被分為***的兩類：SLE-1和SLE-2（Fig.1a,b）。在兩種T細(xì)胞中，SLE-2類群的患者具有更強烈的I型IFN特征。在CD4+T細(xì)胞中，這種特征伴隨著參與JAK-STAT信號和T細(xì)胞共刺激的基因，而在CD8+T細(xì)胞中，ISG基因的高表達與基因參與細(xì)胞周期，響應(yīng)DNA損傷和凋亡有關(guān)（Fig.1a,b）。 將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。臨床醫(yī)學(xué)課題推薦咨詢
7）miR-155負(fù)調(diào)控SOCS6表達，***NF-κB通路
為了進一步探討外泌體miR-155誘導(dǎo)EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫預(yù)測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結(jié)合(圖7A)。結(jié)合GSE49329和GSE49330數(shù)據(jù)庫，我們發(fā)現(xiàn)miR-155的表達與SOCS6的表達呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標(biāo)，我們根據(jù)預(yù)測的結(jié)合位點(圖7C)構(gòu)建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。熒光素酶報告實驗顯示，與對照組相比，共轉(zhuǎn)染SOCS6的WT-3’UTR時，miR-155過表達明顯降低了熒光素酶活性(圖7D)。qRT-PCR和westernblot進一步顯示，miR-155過表達導(dǎo)致SOCS6表達降低，而miR-155敲低上調(diào)SOCS6mRNA和蛋白水平(圖7E和F)。GO分析顯示miR-155可以負(fù)向調(diào)控細(xì)胞-細(xì)胞粘附，參與調(diào)控成纖維細(xì)胞增殖(圖7G)。從GO分析可知，miR-155可能介導(dǎo)NF-κB信號通路(圖7G)。過表達miR-155可***提高細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中p65蛋白的水平，而敲低miR-155可起到相反的作用(圖7H)。 醫(yī)學(xué)相關(guān)課題創(chuàng)新服務(wù)高通量測序后續(xù)的機制實驗。
2）circPDE4B調(diào)節(jié)軟骨細(xì)胞活力和ECM代謝
為了評估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉(zhuǎn)染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評估了circPDE4B對軟骨細(xì)胞活力的影響。結(jié)果顯示，敲低circPDE4B的表達降低了軟骨細(xì)胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達下調(diào)(圖2C和圖2D)。免疫熒光進一步證實，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP13、COL2和aggrecan水平(圖2E、F)。同時，HCs的阿爾新藍染色顯示，circPDE4B抑制導(dǎo)致軟骨細(xì)胞功能障礙，蛋白多糖藍染較少(圖2G)。然后通過CCK-8實驗(圖2H)發(fā)現(xiàn)，過表達circPDE4B增加了軟骨細(xì)胞的活力。在過表達circPDE4B-HCs中，MMP3、MMP13和ADAMTS4的mRNA和蛋白水平下調(diào)，SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan的mRNA和蛋白水平上調(diào)(圖2I-L)。此外，HCs的阿爾新藍染色表明，與單獨IL-1β***相比，circPDE4B過表達和IL-1β共處理減少了軟骨破壞(圖2M)。這些數(shù)據(jù)表明，circPDE4B/circPde4b在HCs中可以促進細(xì)胞活力，抑制分解代謝作用。
2017年俞立團隊進一步研究發(fā)現(xiàn)，整合素與ECM蛋白的配對結(jié)合決定了遷移體的形成[2]，該研究成果也發(fā)表在CellResearch期刊。2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法[3]。2019年，俞立團隊發(fā)現(xiàn)Tspan4和膽固醇在遷移體形成時組織成為微米級大型微結(jié)構(gòu)域，這一結(jié)構(gòu)即遷移體的基本結(jié)構(gòu)，還證實遷移體的形成是局部富集的Tspan4使遷移體所在膜結(jié)構(gòu)的剛度增加而產(chǎn)生的一種生物物理過程[4]，該研究成果發(fā)表于NatureCellBiology期刊中（IF=）。并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關(guān)基因）突變體斑馬魚的***形態(tài)發(fā)生受損，并闡明遷移體誘導(dǎo)胚胎細(xì)胞至正確的位置，從而影響***形態(tài)發(fā)生[5]。2019年俞立團隊還發(fā)表了關(guān)于遷移體標(biāo)志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。2021年5月，俞立團隊在Cell期刊（IF=）上發(fā)表文章，文章主要講述在外界刺激下，細(xì)胞中受損的線粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團隊利用斷層成像技術(shù)研究不同物種的大規(guī)模細(xì)胞遷移和神經(jīng)活動。我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰(zhàn)性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進白血病*基因介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和白血病發(fā)生。因此為大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m(xù)6A去甲基化活性。SsD在體外和體內(nèi)均能***抑制AML細(xì)胞增殖，促進細(xì)胞凋亡和細(xì)胞周期阻滯。機制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性，導(dǎo)致相關(guān)通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導(dǎo)的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性?？傊現(xiàn)TO依賴的m6A RNA甲基化介導(dǎo)了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物?？梢陨蟼髟嫉膄ast文件。課題詢問報價
可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。臨床醫(yī)學(xué)課題推薦咨詢
6.大腸腺瘤預(yù)測模型的特異性驗證
提高標(biāo)志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標(biāo)志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩?。–D），潰瘍性結(jié)腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾?。∟AFLD）和2型糖尿?。═2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。
7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析
在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產(chǎn)物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。比較腺瘤和CRC，輔助因子，輔基，電子載體，維生素生物合成（例如MK-10生物合成）以及氨基酸降解和發(fā)酵的途徑富含**。另一方面，腺瘤的細(xì)胞結(jié)構(gòu)生物合成以及脂肪酸和脂質(zhì)的生物合成/降解途徑減少。 臨床醫(yī)學(xué)課題推薦咨詢
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗